include/nrjac.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _nrjac_h
  40 #define _nrjac_h
  41 #include "visibility.h"
  42 #include "typedefs.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48 GMX_LIBGMX_EXPORT
  49 void jacobi(double **a, int n, double d[], double **v, int *nrot);
  50 /*
  51  * real   **omega = input matrix a[0..n-1][0..n-1] must be symmetric
  52  * int     natoms = number of rows and columns
  53  * real      NULL = d[0]..d[n-1] are the eigenvalues of a[][]
  54  * real       **v = v[0..n-1][0..n-1] the eigenvectors:
  55  *                                    v[i][j] is component i of vector j
  56  * int      *irot = number of jacobi rotations
  57  */
  58
  59 GMX_LIBGMX_EXPORT
  60 int m_inv_gen(real **m, int n, real **minv);
  61 /* Produces minv, a generalized inverse of m.
  62  * Inversion is done via diagonalization,
  63  * eigenvalues smaller than 1e-6 times the average diagonal element
  64  * are assumed to be zero.
  65  * For zero eigenvalues 1/eigenvalue is set to zero for the inverse matrix.
  66  * Returns the number of zero eigenvalues.
  67  */
  68
  69 #ifdef __cplusplus
  70 }
  71 #endif
  72
  73 #endif