include/nrama.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _nrama_h
  40 #define _nrama_h
  41 #include "visibility.h"
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "statutil.h"
  44 #include "mshift.h"
  45
  46 #ifdef __cplusplus
  47 extern "C" {
  48 #endif
  49
  50 typedef struct {
  51   gmx_bool bShow;
  52   char *label;
  53   int  iphi,ipsi; /* point in the dih array of xr... */
  54 } t_phipsi;
  55
  56 typedef struct {
  57   atom_id ai[4];
  58   int     mult;
  59   real    phi0;
  60   real    ang;
  61 } t_dih;
  62
  63 typedef struct {
  64   int       ndih;
  65   t_dih     *dih;
  66   int       npp;
  67   t_phipsi  *pp;
  68   t_trxstatus *traj;
  69   int       natoms;
  70   int       amin,amax;
  71   real      t;
  72   rvec      *x;
  73   matrix    box;
  74   t_idef    *idef;
  75   int       ePBC;
  76   output_env_t oenv;
  77 } t_xrama;
  78
  79 GMX_LIBGMX_EXPORT
  80 t_topology *init_rama(const output_env_t oenv, const char *infile,
  81                              const char *topfile, t_xrama *xr,int mult);
  82
  83 GMX_LIBGMX_EXPORT
  84 gmx_bool new_data(t_xrama *xr);
  85
  86 #ifdef __cplusplus
  87 }
  88 #endif
  89
  90 #endif  /* _nrama_h */