include/nonbonded.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _nonbonded_h
  40 #define _nonbonded_h
  41 #include "visibility.h"
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "pbc.h"
  44 #include "network.h"
  45 #include "tgroup.h"
  46 #include "genborn.h"
  47
  48 #ifdef __cplusplus
  49 extern "C" {
  50 #endif
  51 #if 0
  52 } /* fixes auto-indentation problems */
  53 #endif
  54
  55
  56
  57 GMX_LIBGMX_EXPORT
  58 void
  59 gmx_nonbonded_setup(FILE *         fplog,
  60                     t_forcerec *   fr,
  61                     gmx_bool       bGenericKernelOnly);
  62
  63
  64
  65
  66
  67 GMX_LIBGMX_EXPORT
  68 void
  69 gmx_nonbonded_set_kernel_pointers(FILE *       fplog,
  70                                   t_nblist *   nl,
  71                                   gmx_bool     bElecAndVdwSwitchDiffers);
  72
  73
  74
  75 #define GMX_NONBONDED_DO_LR             (1<<0)
  76 #define GMX_NONBONDED_DO_FORCE          (1<<1)
  77 #define GMX_NONBONDED_DO_FOREIGNLAMBDA  (1<<2)
  78 #define GMX_NONBONDED_DO_POTENTIAL      (1<<3)
  79 #define GMX_NONBONDED_DO_SR             (1<<4)
  80
  81 GMX_LIBGMX_EXPORT
  82 void
  83 do_nonbonded(t_commrec *cr, t_forcerec *fr,
  84              rvec x[], rvec f_shortrange[], rvec f_longrange[], t_mdatoms *md, t_blocka *excl,
  85              gmx_grppairener_t *grppener, rvec box_size,
  86              t_nrnb *nrnb, real *lambda, real dvdlambda[],
  87              int nls, int eNL, int flags);
  88
  89 /* Calculate VdW/charge listed pair interactions (usually 1-4 interactions).
  90  * global_atom_index is only passed for printing error messages.
  91  */
  92 real
  93 do_nonbonded_listed(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[],
  94                     const rvec x[], rvec f[], rvec fshift[], const t_pbc *pbc, const t_graph *g,
  95                     real *lambda, real *dvdl, const t_mdatoms *md, const t_forcerec *fr,
  96                     gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index);
  97
  98 #ifdef __cplusplus
  99 }
 100 #endif
 101
 102 #endif