include/network.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _network_h
  40 #define _network_h
  41
  42
  43 /*
  44  * This module defines the interface of the actual communication routines.
  45  */
  46
  47 #include <stdio.h>
  48 #include "visibility.h"
  49 #include "types/simple.h"
  50 #include "types/commrec.h"
  51 #include "typedefs.h"
  52 #include "main.h"
  53 #include "gmx_fatal.h"
  54
  55 #ifdef __cplusplus
  56 extern "C" {
  57 #endif
  58
  59 int gmx_setup(int *argc, char **argv, int *nnodes);
  60 /* Initializes the parallel communication, return the ID of the node */
  61
  62 int gmx_node_num(void);
  63 /* return the number of nodes in the ring */
  64
  65 int gmx_node_rank(void);
  66 /* return the rank of the node */
  67
  68 GMX_LIBGMX_EXPORT
  69 int gmx_physicalnode_id_hash(void);
  70 /* Return a non-negative hash that is, hopefully, unique for each physical node.
  71  * This hash is useful for determining hardware locality.
  72  */
  73
  74 GMX_LIBGMX_EXPORT
  75 int gmx_hostname_num(void);
  76 /* Ostensibly, returns a integer characteristic of and unique to each
  77    physical node in the MPI system. If the first part of the MPI
  78    hostname (up to the first dot) ends with a number, returns this
  79    number. If the first part of the MPI hostname does not ends in a
  80    number (0-9 characters), returns 0.
  81  */
  82
  83 GMX_LIBGMX_EXPORT
  84 void gmx_setup_nodecomm(FILE *fplog, t_commrec *cr);
  85 /* Sets up fast global communication for clusters with multi-core nodes */
  86
  87 GMX_LIBGMX_EXPORT
  88 void gmx_init_intranode_counters(t_commrec *cr);
  89 /* Initializes intra-physical-node MPI process/thread counts and ID. */
  90
  91 gmx_bool gmx_mpi_initialized(void);
  92 /* return TRUE when MPI_Init has been called.
  93  * return FALSE when MPI_Init has not been called OR
  94  * when GROMACS was compiled without MPI support.
  95  */
  96
  97 void gmx_barrier(const t_commrec *cr);
  98 /* Wait till all processes in cr->mpi_comm_mygroup have reached the barrier */
  99
 100 GMX_LIBGMX_EXPORT
 101 void gmx_bcast(int nbytes, void *b, const t_commrec *cr);
 102 /* Broadcast nbytes bytes from the master to cr->mpi_comm_mygroup */
 103
 104 GMX_LIBGMX_EXPORT
 105 void gmx_bcast_sim(int nbytes, void *b, const t_commrec *cr);
 106 /* Broadcast nbytes bytes from the sim master to cr->mpi_comm_mysim */
 107
 108 GMX_LIBGMX_EXPORT
 109 void gmx_sumi(int nr, int r[], const t_commrec *cr);
 110 /* Calculate the global sum of an array of ints */
 111
 112 void gmx_sumli(int nr, gmx_large_int_t r[], const t_commrec *cr);
 113 /* Calculate the global sum of an array of large ints */
 114
 115 GMX_LIBGMX_EXPORT
 116 void gmx_sumf(int nr, float r[], const t_commrec *cr);
 117 /* Calculate the global sum of an array of floats */
 118
 119 GMX_LIBGMX_EXPORT
 120 void gmx_sumd(int nr, double r[], const t_commrec *cr);
 121 /* Calculate the global sum of an array of doubles */
 122
 123 void gmx_sumf_comm(int nr, float r[], MPI_Comm mpi_comm);
 124 /* Calculate the global sum of an array of floats */
 125
 126 void gmx_sumd_comm(int nr, double r[], MPI_Comm mpi_comm);
 127 /* Calculate the global sum of an array of doubles */
 128
 129 GMX_LIBGMX_EXPORT
 130 void gmx_sumi_sim(int nr, int r[], const gmx_multisim_t *ms);
 131 /* Calculate the sum over the simulations of an array of ints */
 132
 133 GMX_LIBGMX_EXPORT
 134 void gmx_sumli_sim(int nr, gmx_large_int_t r[], const gmx_multisim_t *ms);
 135 /* Calculate the sum over the simulations of an array of large ints */
 136
 137 GMX_LIBGMX_EXPORT
 138 void gmx_sumf_sim(int nr, float r[], const gmx_multisim_t *ms);
 139 /* Calculate the sum over the simulations of an array of floats */
 140
 141 GMX_LIBGMX_EXPORT
 142 void gmx_sumd_sim(int nr, double r[], const gmx_multisim_t *ms);
 143 /* Calculate the sum over the simulations of an array of doubles */
 144
 145 void gmx_abort(int nodeid, int nnodes, int errorno);
 146 /* Abort the parallel run */
 147
 148 GMX_LIBGMX_EXPORT
 149 void gmx_finalize_par(void);
 150 /* Finish the parallel run in an ordered manner */
 151
 152 #ifdef GMX_DOUBLE
 153 #define gmx_sum_comm  gmx_sumd_comm
 154 #define gmx_sum       gmx_sumd
 155 #define gmx_sum_sim   gmx_sumd_sim
 156 #else
 157 #define gmx_sum_comm  gmx_sumf_comm
 158 #define gmx_sum       gmx_sumf
 159 #define gmx_sum_sim   gmx_sumf_sim
 160 #endif
 161
 162 #ifdef DEBUG_GMX
 163 #define debug_gmx() do { FILE *fp = debug ? debug : stderr; \
 164                          if (bDebugMode()) { fprintf(fp, "NODEID=%d, %s  %d\n", gmx_mpi_initialized() ? gmx_node_rank() : -1, __FILE__, __LINE__); } fflush(fp); } while (0)
 165 #else
 166 #define debug_gmx()
 167 #endif
 168
 169 #ifdef __cplusplus
 170 }
 171 #endif
 172
 173
 174 #endif  /* _network_h */