added Verlet scheme and NxN non-bonded functionality
[alexxy/gromacs.git] / include / mvdata.h
1 /*
2  * 
3  *                This source code is part of
4  * 
5  *                 G   R   O   M   A   C   S
6  * 
7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
8  * 
9  *                        VERSION 3.2.0
10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
14
15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
18  * of the License, or (at your option) any later version.
19  * 
20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
26  * 
27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
29  * 
30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
31  * 
32  * And Hey:
33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
34  */
35
36 #ifndef _mvdata_h
37 #define _mvdata_h
38
39 #include "typedefs.h"
40 #include "types/commrec.h"
41
42 #ifdef __cplusplus
43 extern "C" {
44 #endif
45
46 void bcast_ir_mtop(const t_commrec *cr,
47                          t_inputrec *inputrec,gmx_mtop_t *mtop);
48 /* Broadcasts ir and mtop from the master to all nodes in cr->mpi_comm_mygroup.
49  */
50
51 void bcast_state_setup(const t_commrec *cr,t_state *state);
52 /* Broadcasts the state sizes and flags
53  * from the master to all nodes in cr->mpi_comm_mygroup.
54  * The arrays are not broadcasted.
55  */
56
57 void bcast_state(const t_commrec *cr,t_state *state,gmx_bool bAlloc);
58 /* Broadcasts state from the master to all nodes in cr->mpi_comm_mygroup.
59  * The arrays in state are allocated when bAlloc is TRUE.
60  */
61
62
63 /* Routines for particle decomposition only in mvxvf.c */
64
65 void move_cgcm(FILE *log,const t_commrec *cr,rvec cg_cm[]);
66                      
67 void move_rvecs(const t_commrec *cr,gmx_bool bForward,gmx_bool bSum,
68                        int left,int right,rvec vecs[],rvec buf[],
69                        int shift,t_nrnb *nrnb);
70
71 void move_reals(const t_commrec *cr,gmx_bool bForward,gmx_bool bSum,
72                        int left,int right,real reals[],real buf[],
73                        int shift,t_nrnb *nrnb);
74
75 void move_x(FILE *log,const t_commrec *cr,
76                    int left,int right,rvec x[],t_nrnb *nrnb);
77                     
78 void move_rborn(FILE *log,const t_commrec *cr,
79                        int left,int right,real rborn[],t_nrnb *nrnb);
80
81 void move_f(FILE *log,const t_commrec *cr,
82                    int left,int right,rvec f[],rvec fadd[],
83                    t_nrnb *nrnb);
84
85 void move_gpol(FILE *log,const t_commrec *cr,
86                       int left,int right,real gpol[],real gpol_add[],
87                       t_nrnb *nrnb);
88
89 #ifdef __cplusplus
90 }
91 #endif
92
93 #endif  /* _mvdata_h */