include/mshift.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *       This source code is part of
   5  *
   6  *        G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  * GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *               VERSION 2.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-1999
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * Please refer to:
  17  * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  18  * H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  19  * Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  20  *
  21  * Also check out our WWW page:
  22  * http://md.chem.rug.nl/~gmx
  23  * or e-mail to:
  24  * gromacs@chem.rug.nl
  25  *
  26  * And Hey:
  27  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  28  */
  29
  30 #ifndef _mshift_h
  31 #define _mshift_h
  32
  33 static char *SRCID_mshift_h = "$Id$";
  34
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #ifdef HAVE_IDENT
  40 #ident  "@(#) mshift.h 1.11 2/2/97"
  41 #endif /* HAVE_IDENT */
  42
  43 #include "typedefs.h"
  44
  45 extern t_graph *mk_graph(t_idef *idef,int natoms,bool bShakeOnly,bool bSettle);
  46 /* Build a graph from an idef description. The graph can be used
  47  * to generate mol-shift indices.
  48  * If bShakeOnly, only the connections in the shake list are used.
  49  * If bSettle && bShakeOnly the settles are used too.
  50  */
  51 extern void done_graph(t_graph *g);
  52 /* Free the memory in g */
  53
  54 extern void p_graph(FILE *log,char *title,t_graph *g);
  55 /* Print a graph to log */
  56
  57 extern void mk_mshift(FILE *log,t_graph *g,matrix box,rvec x[]);
  58 /* Calculate the mshift codes, based on the connection graph in g. */
  59
  60 extern void shift_atom(t_graph *g,matrix box,rvec x[],rvec x_s[],atom_id ai);
  61 /* Shift single atom ai */
  62
  63 extern void shift_x(t_graph *g,matrix box,rvec x[],rvec x_s[]);
  64 /* Add the shift vector to x, and store in x_s (may be same array as x) */
  65
  66 extern void shift_self(t_graph *g,matrix box,rvec x[]);
  67 /* Id. but in place */
  68
  69 extern void unshift_atom(t_graph *g,matrix box,rvec x[],rvec x_s[],atom_id ai);
  70 /* Unshift single atom ai */
  71
  72 extern void unshift_x(t_graph *g,matrix box,rvec x[],rvec x_s[]);
  73 /* Subtract the shift vector from x_s, and store in x (may be same array) */
  74
  75 extern void unshift_self(t_graph *g,matrix box,rvec x[]);
  76 /* Id, but in place */
  77
  78 #endif  /* _mshift_h */