include/index.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science
  35  */
  36 static char *SRCID_index_h = "$Id$";
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 extern t_block *new_block(void);
  42 /* allocate new block */
  43
  44 extern void write_index(char *outf, t_block *b,char **gnames);
  45 /* Writes index blocks to outf (writes an indexfile) */
  46
  47 void add_grp(t_block *b,char ***gnames,int nra,atom_id a[],char *name);
  48 /* Ads group a with name name to block b and namelist gnames */
  49
  50 extern void analyse(t_atoms *atoms,t_block *gb,char ***gn,
  51                     bool bASK,bool bVerb);
  52 /* Makes index groups gb with names gn for atoms in atoms.
  53  * bASK=FALSE gives default groups.
  54  */
  55
  56 extern bool is_protein(char *resnm);
  57 /* gives true if resnm occurs in aminoacids.dat */