include/gpp_atomtype.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _gpp_atomtype_h
  40 #define _gpp_atomtype_h
  41
  42 #include <stdio.h>
  43 #include "visibility.h"
  44 #include "typedefs.h"
  45 #include "macros.h"
  46 #include "grompp.h"
  47
  48 #ifdef __cplusplus
  49 extern "C" {
  50 #endif
  51
  52 typedef struct gpp_atomtype *gpp_atomtype_t;
  53
  54 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  55 int get_atomtype_type(const char *str, gpp_atomtype_t at);
  56 /* Return atomtype corresponding to case-insensitive str
  57    or NOTSET if not found */
  58
  59 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  60 int get_atomtype_ntypes(gpp_atomtype_t at);
  61 /* Return number of atomtypes */
  62
  63 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  64 char *get_atomtype_name(int nt, gpp_atomtype_t at);
  65 /* Return name corresponding to atomtype nt, or NULL if not found */
  66
  67 real get_atomtype_massA(int nt, gpp_atomtype_t at);
  68 real get_atomtype_massB(int nt, gpp_atomtype_t at);
  69 real get_atomtype_qA(int nt, gpp_atomtype_t at);
  70 real get_atomtype_qB(int nt, gpp_atomtype_t at);
  71 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  72 real get_atomtype_radius(int nt, gpp_atomtype_t at);
  73 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  74 real get_atomtype_vol(int nt, gpp_atomtype_t at);
  75 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  76 real get_atomtype_surftens(int nt, gpp_atomtype_t at);
  77 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  78 real get_atomtype_gb_radius(int nt, gpp_atomtype_t at);
  79 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  80 real get_atomtype_S_hct(int nt, gpp_atomtype_t at);
  81 int get_atomtype_ptype(int nt, gpp_atomtype_t at);
  82 int get_atomtype_batype(int nt, gpp_atomtype_t at);
  83 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  84 int get_atomtype_atomnumber(int nt, gpp_atomtype_t at);
  85
  86 /* Return the above variable for atomtype nt, or NOTSET if not found */
  87
  88 real get_atomtype_nbparam(int nt, int param, gpp_atomtype_t at);
  89 /* Similar to the previous but returns the paramth parameter or NOTSET */
  90
  91 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  92 gpp_atomtype_t init_atomtype(void);
  93 /* Return a new atomtype structure */
  94
  95 void done_atomtype(gpp_atomtype_t at);
  96 /* Free the memory in the structure */
  97
  98 int set_atomtype(int nt, gpp_atomtype_t at, t_symtab *tab,
  99                  t_atom *a, const char *name, t_param *nb,
 100                  int bondatomtype,
 101                  real radius, real vol, real surftens, int atomnumber,
 102                  real gb_radius, real S_hct);
 103 /* Set the values of an existing atom type nt. Returns nt on success or
 104    NOTSET on error. */
 105
 106 int
 107 set_atomtype_gbparam(gpp_atomtype_t at, int i,
 108                      real radius, real vol, real surftens,
 109                      real gb_radius, real S_hct);
 110
 111 int add_atomtype(gpp_atomtype_t at, t_symtab *tab,
 112                  t_atom *a, const char *name, t_param *nb,
 113                  int bondatomtype,
 114                  real radius, real vol, real surftens, real atomnumber,
 115                  real gb_radius, real S_hct);
 116 /* Add a complete new atom type to an existing atomtype structure. Returns
 117    the number of the atom type. */
 118
 119 void print_at (FILE * out, gpp_atomtype_t at);
 120 /* Print an atomtype record to a text file */
 121
 122 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
 123 void renum_atype(t_params plist[], gmx_mtop_t *mtop,
 124                  int *wall_atomtype,
 125                  gpp_atomtype_t at, gmx_bool bVerbose);
 126
 127 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
 128 void copy_atomtype_atomtypes(gpp_atomtype_t atype, t_atomtypes *atypes);
 129 /* Copy from one structure to another */
 130
 131 #ifdef __cplusplus
 132 }
 133 #endif
 134
 135 #endif  /* _gpp_atomtype_h */