include/gpp_atomtype.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _gpp_atomtype_h
  37 #define _gpp_atomtype_h
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include "typedefs.h"
  41 #include "macros.h"
  42 #include "grompp.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48 typedef struct gpp_atomtype *gpp_atomtype_t;
  49
  50 int get_atomtype_type(const char *str,gpp_atomtype_t at);
  51 /* Return atomtype corresponding to case-insensitive str
  52    or NOTSET if not found */
  53
  54 int get_atomtype_ntypes(gpp_atomtype_t at);
  55 /* Return number of atomtypes */
  56
  57 char *get_atomtype_name(int nt,gpp_atomtype_t at);
  58 /* Return name corresponding to atomtype nt, or NULL if not found */
  59
  60 real get_atomtype_massA(int nt,gpp_atomtype_t at);
  61 real get_atomtype_massB(int nt,gpp_atomtype_t at);
  62 real get_atomtype_qA(int nt,gpp_atomtype_t at);
  63 real get_atomtype_qB(int nt,gpp_atomtype_t at);
  64 real get_atomtype_radius(int nt,gpp_atomtype_t at);
  65 real get_atomtype_vol(int nt,gpp_atomtype_t at);
  66 real get_atomtype_surftens(int nt,gpp_atomtype_t at);
  67 real get_atomtype_gb_radius(int nt,gpp_atomtype_t at);
  68 real get_atomtype_S_hct(int nt,gpp_atomtype_t at);
  69 int get_atomtype_ptype(int nt,gpp_atomtype_t at);
  70 int get_atomtype_batype(int nt,gpp_atomtype_t at);
  71 int get_atomtype_atomnumber(int nt,gpp_atomtype_t at);
  72
  73 /* Return the above variable for atomtype nt, or NOTSET if not found */
  74
  75 real get_atomtype_nbparam(int nt,int param,gpp_atomtype_t at);
  76 /* Similar to the previous but returns the paramth parameter or NOTSET */
  77
  78 gpp_atomtype_t init_atomtype(void);
  79 /* Return a new atomtype structure */
  80
  81 void done_atomtype(gpp_atomtype_t at);
  82 /* Free the memory in the structure */
  83
  84 int set_atomtype(int nt,gpp_atomtype_t at,t_symtab *tab,
  85                         t_atom *a,const char *name,t_param *nb,
  86                         int bondatomtype,
  87                         real radius,real vol,real surftens,int atomnumber,
  88                         real gb_radius, real S_hct);
  89 /* Set the values of an existing atom type nt. Returns nt on success or
  90    NOTSET on error. */
  91
  92 int
  93 set_atomtype_gbparam(gpp_atomtype_t at, int i,
  94                      real radius,real vol,real surftens,
  95                      real gb_radius, real S_hct);
  96
  97 int add_atomtype(gpp_atomtype_t at,t_symtab *tab,
  98                         t_atom *a,const char *name,t_param *nb,
  99                         int bondatomtype,
 100                         real radius,real vol,real surftens,real atomnumber,
 101                         real gb_radius, real S_hct);
 102 /* Add a complete new atom type to an existing atomtype structure. Returns
 103    the number of the atom type. */
 104
 105 void print_at (FILE * out, gpp_atomtype_t at);
 106 /* Print an atomtype record to a text file */
 107
 108 void renum_atype(t_params plist[],gmx_mtop_t *mtop,
 109                         int *wall_atomtype,
 110                         gpp_atomtype_t at,bool bVerbose);
 111
 112 void copy_atomtype_atomtypes(gpp_atomtype_t atype,t_atomtypes *atypes);
 113 /* Copy from one structure to another */
 114
 115 #ifdef __cplusplus
 116 }
 117 #endif
 118
 119 #endif  /* _gpp_atomtype_h */
 120
 121
 122
 123
 124
 125
 126
 127