include/gmxfio.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _gmxfio_h
  37 #define _gmxfio_h
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include "visibility.h"
  41 #include "sysstuff.h"
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "xdrf.h"
  44 #include "futil.h"
  45
  46 /* types */
  47
  48
  49 /* Enumerated for different items in files */
  50 enum { eitemHEADER, eitemIR, eitemBOX,
  51        eitemTOP, eitemX, eitemV, eitemF, eitemNR };
  52
  53 /* Enumerated for data types in files */
  54 enum { eioREAL, eioFLOAT, eioDOUBLE, eioINT, eioGMX_LARGE_INT,
  55        eioUCHAR, eioNUCHAR, eioUSHORT,
  56        eioRVEC, eioNRVEC, eioIVEC, eioSTRING, eioNR };
  57
  58 typedef struct t_fileio t_fileio;
  59
  60 extern const char *itemstr[eitemNR];
  61 extern const char *comment_str[eitemNR];
  62
  63 /* NOTE ABOUT THREAD SAFETY:
  64
  65    The functions are all thread-safe, provided that two threads don't
  66    do something silly like closing the same file, or one thread
  67    accesses a file that has been closed by another.
  68    */
  69
  70 /********************************************************
  71  * Open and Close
  72  ********************************************************/
  73
  74 t_fileio *gmx_fio_open(const char *fn,const char *mode);
  75 /* Open a new file for reading or writing.
  76  * The file type will be deduced from the file name.
  77  * If fn is NULL, stdin / stdout will be used for Ascii I/O (TPA type)
  78  * mode may be "r", "w", or "a". You should append a "b" to the mode
  79  * if you are writing a binary file, but the routine will also
  80  * doublecheck it and try to do it if you forgot. This has no effect on
  81  * unix, but is important on windows.
  82  */
  83
  84 int gmx_fio_close(t_fileio *fp);
  85 /* Close the file corresponding to fp (if not stdio)
  86  * The routine will exit when an invalid fio is handled.
  87  * Returns 0 on success.
  88  */
  89
  90 int gmx_fio_fp_close(t_fileio *fp);
  91 /* Close the file corresponding to fp without closing the FIO entry
  92  * Needed e.g. for trxio because the FIO entries are used to store
  93  * additional data.
  94  * NOTE that the fp still needs to be properly closed with gmx_fio_close().
  95  * The routine will exit when an invalid fio is handled.
  96  * Returns 0 on success.
  97  */
  98
  99
 100 /* Open a file, return a stream, record the entry in internal FIO object */
 101 GMX_LIBGMX_EXPORT
 102 FILE* gmx_fio_fopen(const char *fn,const char *mode);
 103
 104 /* Close a file previously opened with gmx_fio_fopen.
 105  * Do not mix these calls with standard fopen/fclose ones!
 106  * Returns 0 on success.  */
 107 GMX_LIBGMX_EXPORT
 108 int gmx_fio_fclose(FILE *fp);
 109
 110
 111
 112 /********************************************************
 113  * Change properties of the open file
 114  ********************************************************/
 115
 116 void gmx_fio_setprecision(t_fileio *fio,gmx_bool bDouble);
 117 /* Select the floating point precision for reading and writing files */
 118
 119 char *gmx_fio_getname(t_fileio *fio);
 120 /* Return the filename corresponding to the fio index */
 121
 122 GMX_LIBGMX_EXPORT
 123 int gmx_fio_getftp(t_fileio *fio);
 124 /* Return the filetype corresponding to the fio index.
 125     There is as of now no corresponding setftp function because the file
 126     was opened as a specific file type and changing that midway is most
 127     likely an evil hack. */
 128
 129 GMX_LIBGMX_EXPORT
 130 void gmx_fio_setdebug(t_fileio *fio,gmx_bool bDebug);
 131 /* Set the debug mode */
 132
 133 gmx_bool gmx_fio_getdebug(t_fileio *fio);
 134 /* Return  whether debug mode is on in fio  */
 135
 136 gmx_bool gmx_fio_getread(t_fileio *fio);
 137 /* Return  whether read mode is on in fio  */
 138
 139
 140 void gmx_fio_checktype(t_fileio *fio);
 141 /* Check whether the fio is of a sane type */
 142
 143 /***************************************************
 144  * FILE Operations
 145  ***************************************************/
 146
 147 void gmx_fio_rewind(t_fileio *fio);
 148 /* Rewind the tpa file in fio */
 149
 150 GMX_LIBGMX_EXPORT
 151 int gmx_fio_flush(t_fileio *fio);
 152 /* Flush the fio, returns 0 on success */
 153
 154 int gmx_fio_fsync(t_fileio *fio);
 155 /* fsync the fio, returns 0 on success.
 156    NOTE: don't use fsync function unless you're absolutely sure you need it
 157    because it deliberately interferes with the OS's caching mechanisms and
 158    can cause dramatically slowed down IO performance. Some OSes (Linux,
 159    for example), may implement fsync as a full sync() point. */
 160
 161 GMX_LIBGMX_EXPORT
 162 gmx_off_t gmx_fio_ftell(t_fileio *fio);
 163 /* Return file position if possible */
 164
 165 GMX_LIBGMX_EXPORT
 166 int gmx_fio_seek(t_fileio *fio,gmx_off_t fpos);
 167 /* Set file position if possible, quit otherwise */
 168
 169 GMX_LIBGMX_EXPORT
 170 FILE *gmx_fio_getfp(t_fileio *fio);
 171 /* Return the file pointer itself */
 172
 173 GMX_LIBGMX_EXPORT
 174 XDR *gmx_fio_getxdr(t_fileio *fio);
 175 /* Return the file pointer itself */
 176
 177
 178
 179
 180
 181 /* Element with information about position in a currently open file.
 182  * gmx_off_t should be defined by autoconf if your system does not have it.
 183  * If you do not have it on some other platform you do not have largefile
 184  * support at all, and you can define it to int (or better, find out how to
 185  * enable large files).  */
 186 typedef struct
 187 {
 188         char      filename[STRLEN];
 189         gmx_off_t offset;
 190         unsigned char chksum[16];
 191         int       chksum_size;
 192 }
 193 gmx_file_position_t;
 194
 195
 196 GMX_LIBGMX_EXPORT
 197 int gmx_fio_check_file_position(t_fileio *fio);
 198 /* Check if the file position is out of the range of off_t.
 199  * The result is stored along with the other file data of fio.
 200  */
 201
 202 int gmx_fio_get_output_file_positions(gmx_file_position_t ** outputfiles,
 203                                       int *nfiles );
 204 /* Return the name and file pointer positions for all currently open
 205  * output files. This is used for saving in the checkpoint files, so we
 206  * can truncate output files upon restart-with-appending.
 207  *
 208  * For the first argument you should use a pointer, which will be set to
 209  * point to a list of open files.
 210  */
 211
 212 t_fileio *gmx_fio_all_output_fsync(void);
 213 /* fsync all open output files. This is used for checkpointing, where
 214    we need to ensure that all output is actually written out to
 215    disk.
 216    This is most important in the case of some networked file systems,
 217    where data is not synced with the file server until close() or
 218    fsync(), so data could remain in cache for days.
 219    Note the caveats reported with gmx_fio_fsync().
 220
 221     returns: NULL if no error occurred, or a pointer to the first file that
 222              failed if an error occurred
 223 */
 224
 225
 226 int gmx_fio_get_file_md5(t_fileio *fio, gmx_off_t offset,
 227                          unsigned char digest[]);
 228
 229
 230 int xtc_seek_frame(t_fileio *fio, int frame, int natoms);
 231
 232 GMX_LIBGMX_EXPORT
 233 int xtc_seek_time(t_fileio *fio, real time, int natoms,gmx_bool bSeekForwardOnly);
 234
 235
 236 /* Add this to the comment string for debugging */
 237 void gmx_fio_set_comment(t_fileio *fio, const char *comment);
 238
 239 /* Remove previously set comment */
 240 void gmx_fio_unset_comment(t_fileio *fio);
 241
 242
 243
 244
 245 /********************************************************
 246  * Read and write
 247  ********************************************************/
 248
 249
 250 /* basic reading & writing */
 251 gmx_bool gmx_fio_reade_real(t_fileio *fio, real *item,
 252                         const char *desc, const char *srcfile, int line);
 253 gmx_bool gmx_fio_reade_float(t_fileio *fio, float *item,
 254                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 255 gmx_bool gmx_fio_reade_double(t_fileio *fio, double *item,
 256                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 257 gmx_bool gmx_fio_reade_int(t_fileio *fio, int *item,
 258                        const char *desc, const char *srcfile, int line);
 259 gmx_bool gmx_fio_reade_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item,
 260                                  const char *desc, const char *srcfile, int line);
 261 gmx_bool gmx_fio_reade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
 262                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 263 gmx_bool gmx_fio_reade_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item,
 264                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 265 gmx_bool gmx_fio_reade_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 266                         const char *desc, const char *srcfile, int line);
 267 gmx_bool gmx_fio_reade_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 268                         const char *desc, const char *srcfile, int line);
 269 gmx_bool gmx_fio_reade_string(t_fileio *fio, char *item,
 270                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 271
 272 gmx_bool gmx_fio_writee_real(t_fileio *fio, real item,
 273                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 274 gmx_bool gmx_fio_writee_float(t_fileio *fio, float item,
 275                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 276 gmx_bool gmx_fio_writee_double(t_fileio *fio, double item,
 277                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 278 gmx_bool gmx_fio_writee_int(t_fileio *fio, int item,
 279                         const char *desc, const char *srcfile, int line);
 280 gmx_bool gmx_fio_writee_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t item,
 281                                   const char *desc, const char *srcfile, int line);
 282 gmx_bool gmx_fio_writee_uchar(t_fileio *fio, unsigned char item,
 283                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 284 gmx_bool gmx_fio_writee_ushort(t_fileio *fio, unsigned short item,
 285                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 286 gmx_bool gmx_fio_writee_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 287                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 288 gmx_bool gmx_fio_writee_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 289                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 290 gmx_bool gmx_fio_writee_string(t_fileio *fio, const char *item,
 291                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 292
 293 /* reading or writing, depending on the file's opening mode string */
 294 gmx_bool gmx_fio_doe_real(t_fileio *fio, real *item,
 295                       const char *desc, const char *srcfile, int line);
 296 gmx_bool gmx_fio_doe_float(t_fileio *fio, float *item,
 297                        const char *desc, const char *srcfile, int line);
 298 gmx_bool gmx_fio_doe_double(t_fileio *fio, double *item,
 299                         const char *desc, const char *srcfile, int line);
 300 gmx_bool gmx_fio_doe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item,
 301                      const char *desc, const char *srcfile, int line);
 302 gmx_bool gmx_fio_doe_int(t_fileio *fio, int *item,
 303                      const char *desc, const char *srcfile, int line);
 304 gmx_bool gmx_fio_doe_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item,
 305                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 306 gmx_bool gmx_fio_doe_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
 307                        const char *desc, const char *srcfile, int line);
 308 gmx_bool gmx_fio_doe_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item,
 309                        const char *desc, const char *srcfile, int line);
 310 gmx_bool gmx_fio_doe_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 311                       const char *desc, const char *srcfile, int line);
 312 gmx_bool gmx_fio_doe_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 313                       const char *desc, const char *srcfile, int line);
 314 gmx_bool gmx_fio_doe_string(t_fileio *fio, char *item,
 315                         const char *desc, const char *srcfile, int line);
 316
 317
 318
 319
 320 /* array reading & writing */
 321 gmx_bool gmx_fio_nreade_real(t_fileio *fio, real *item, int n,
 322                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 323 gmx_bool gmx_fio_nreade_float(t_fileio *fio, float *item, int n,
 324                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 325 gmx_bool gmx_fio_nreade_double(t_fileio *fio, double *item, int n,
 326                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 327 gmx_bool gmx_fio_nreade_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
 328                         const char *desc, const char *srcfile, int line);
 329 gmx_bool gmx_fio_nreade_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item, int n,
 330                                   const char *desc, const char *srcfile,
 331                                   int line);
 332 gmx_bool gmx_fio_nreade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item, int n,
 333                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 334 gmx_bool gmx_fio_nreade_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item, int n,
 335                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 336 gmx_bool gmx_fio_nreade_rvec(t_fileio *fio, rvec *item, int n,
 337                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 338 gmx_bool gmx_fio_nreade_ivec(t_fileio *fio, ivec *item, int n,
 339                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 340 gmx_bool gmx_fio_nreade_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
 341                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 342
 343 gmx_bool gmx_fio_nwritee_real(t_fileio *fio, const real *item, int n,
 344                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 345 gmx_bool gmx_fio_nwritee_float(t_fileio *fio, const float *item, int n,
 346                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 347 gmx_bool gmx_fio_nwritee_double(t_fileio *fio, const double *item, int n,
 348                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 349 gmx_bool gmx_fio_nwritee_int(t_fileio *fio, const int *item, int n,
 350                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 351 gmx_bool gmx_fio_nwritee_gmx_large_int(t_fileio *fio,
 352                                    const gmx_large_int_t *item, int n,
 353                                    const char *desc, const char *srcfile,
 354                                    int line);
 355 gmx_bool gmx_fio_nwritee_uchar(t_fileio *fio, const unsigned char *item, int n,
 356                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 357 gmx_bool gmx_fio_nwritee_ushort(t_fileio *fio, const unsigned short *item, int n,
 358                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 359 gmx_bool gmx_fio_nwritee_rvec(t_fileio *fio, const rvec *item, int n,
 360                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 361 gmx_bool gmx_fio_nwritee_ivec(t_fileio *fio, const ivec *item, int n,
 362                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 363 gmx_bool gmx_fio_nwritee_string(t_fileio *fio, const char *item[], int n,
 364                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 365
 366 gmx_bool gmx_fio_ndoe_real(t_fileio *fio, real *item, int n,
 367                        const char *desc, const char *srcfile, int line);
 368 gmx_bool gmx_fio_ndoe_float(t_fileio *fio, float *item, int n,
 369                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 370 gmx_bool gmx_fio_ndoe_double(t_fileio *fio, double *item, int n,
 371                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 372 gmx_bool gmx_fio_ndoe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item, int n,
 373                       const char *desc, const char *srcfile, int line);
 374 gmx_bool gmx_fio_ndoe_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
 375                       const char *desc, const char *srcfile, int line);
 376 gmx_bool gmx_fio_ndoe_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item, int n,
 377                                 const char *desc, const char *srcfile,
 378                                 int line);
 379 gmx_bool gmx_fio_ndoe_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item, int n,
 380                         const char *desc, const char *srcfile, int line);
 381 gmx_bool gmx_fio_ndoe_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item, int n,
 382                         const char *desc, const char *srcfile, int line);
 383 gmx_bool gmx_fio_ndoe_rvec(t_fileio *fio, rvec *item, int n,
 384                        const char *desc, const char *srcfile, int line);
 385 gmx_bool gmx_fio_ndoe_ivec(t_fileio *fio, ivec *item, int n,
 386                        const char *desc, const char *srcfile, int line);
 387 gmx_bool gmx_fio_ndoe_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
 388                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 389
 390
 391
 392 /* convenience macros */
 393 #define gmx_fio_read_real(fio, item)           gmx_fio_reade_real(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 394 #define gmx_fio_read_float(fio, item)          gmx_fio_reade_float(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 395 #define gmx_fio_read_double(fio, item)         gmx_fio_reade_double(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 396 #define gmx_fio_read_int(fio, item)            gmx_fio_reade_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 397 #define gmx_fio_read_gmx_large_int(fio, item)  gmx_fio_reade_gmx_large_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 398 #define gmx_fio_read_uchar(fio, item)          gmx_fio_reade_uchar(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 399 #define gmx_fio_read_ushort(fio, item)         gmx_fio_reade_ushort(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 400 #define gmx_fio_read_rvec(fio, item)           gmx_fio_reade_rvec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 401 #define gmx_fio_read_ivec(fio, item)           gmx_fio_reade_ivec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 402 #define gmx_fio_read_string(fio, item)         gmx_fio_reade_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 403
 404 #define gmx_fio_write_real(fio, item)           gmx_fio_writee_real(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 405 #define gmx_fio_write_float(fio, item)          gmx_fio_writee_float(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 406 #define gmx_fio_write_double(fio, item)         gmx_fio_writee_double(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 407 #define gmx_fio_write_int(fio, item)            gmx_fio_writee_int(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 408 #define gmx_fio_write_gmx_large_int(fio, item)  gmx_fio_writee_gmx_large_int(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 409 #define gmx_fio_write_uchar(fio, item)          gmx_fio_writee_uchar(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 410 #define gmx_fio_write_ushort(fio, item)         gmx_fio_writee_ushort(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 411 #define gmx_fio_write_rvec(fio, item)           gmx_fio_writee_rvec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 412 #define gmx_fio_write_ivec(fio, item)           gmx_fio_writee_ivec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 413 #define gmx_fio_write_string(fio, item)         gmx_fio_writee_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 414
 415 #define gmx_fio_do_real(fio, item)              gmx_fio_doe_real(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 416 #define gmx_fio_do_float(fio, item)             gmx_fio_doe_float(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 417 #define gmx_fio_do_double(fio, item)            gmx_fio_doe_double(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 418 #define gmx_fio_do_gmx_bool(fio, item)              gmx_fio_doe_gmx_bool(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 419 #define gmx_fio_do_int(fio, item)               gmx_fio_doe_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 420 #define gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, item)     gmx_fio_doe_gmx_large_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 421 #define gmx_fio_do_uchar(fio, item)             gmx_fio_doe_uchar(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 422 #define gmx_fio_do_ushort(fio, item)            gmx_fio_doe_ushort(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 423 #define gmx_fio_do_rvec(fio, item)              gmx_fio_doe_rvec(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 424 #define gmx_fio_do_ivec(fio, item)              gmx_fio_doe_ivec(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 425 #define gmx_fio_do_string(fio, item)            gmx_fio_doe_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 426
 427
 428
 429
 430 #define gmx_fio_nread_real(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 431 #define gmx_fio_nread_float(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 432 #define gmx_fio_nread_double(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 433 #define gmx_fio_nread_int(fio, item, n)             gmx_fio_nreade_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 434 #define gmx_fio_nread_gmx_large_int(fio, item, n)   gmx_fio_nreade_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 435 #define gmx_fio_nread_uchar(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 436 #define gmx_fio_nread_ushort(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 437 #define gmx_fio_nread_rvec(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 438 #define gmx_fio_nread_ivec(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 439 #define gmx_fio_nread_string(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 440
 441 #define gmx_fio_nwrite_real(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 442 #define gmx_fio_nwrite_float(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 443 #define gmx_fio_nwrite_double(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 444 #define gmx_fio_nwrite_int(fio, item, n)            gmx_fio_nwritee_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 445 #define gmx_fio_nwrite_gmx_large_int(fio, item, n)  gmx_fio_nwritee_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 446 #define gmx_fio_nwrite_uchar(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 447 #define gmx_fio_nwrite_ushort(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 448 #define gmx_fio_nwrite_rvec(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 449 #define gmx_fio_nwrite_ivec(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 450 #define gmx_fio_nwrite_string(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 451
 452 #define gmx_fio_ndo_real(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 453 #define gmx_fio_ndo_float(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 454 #define gmx_fio_ndo_double(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 455 #define gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_gmx_bool(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 456 #define gmx_fio_ndo_int(fio, item, n)               gmx_fio_ndoe_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 457 #define gmx_fio_ndo_gmx_large_int(fio, item, n)     gmx_fio_ndoe_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 458 #define gmx_fio_ndo_uchar(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 459 #define gmx_fio_ndo_ushort(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 460 #define gmx_fio_ndo_rvec(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 461 #define gmx_fio_ndo_ivec(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 462 #define gmx_fio_ndo_string(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 463
 464
 465
 466 #endif