include/gmxfio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _gmxfio_h
  40 #define _gmxfio_h
  41
  42 #include <stdio.h>
  43 #include "visibility.h"
  44 #include "sysstuff.h"
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "xdrf.h"
  47 #include "futil.h"
  48
  49 /* types */
  50
  51
  52 /* Enumerated for different items in files */
  53 enum {
  54     eitemHEADER, eitemIR, eitemBOX,
  55     eitemTOP, eitemX, eitemV, eitemF, eitemNR
  56 };
  57
  58 /* Enumerated for data types in files */
  59 enum {
  60     eioREAL, eioFLOAT, eioDOUBLE, eioINT, eioGMX_LARGE_INT,
  61     eioUCHAR, eioNUCHAR, eioUSHORT,
  62     eioRVEC, eioNRVEC, eioIVEC, eioSTRING, eioNR
  63 };
  64
  65 typedef struct t_fileio t_fileio;
  66
  67 extern const char *itemstr[eitemNR];
  68 extern const char *comment_str[eitemNR];
  69
  70 /* NOTE ABOUT THREAD SAFETY:
  71
  72    The functions are all thread-safe, provided that two threads don't
  73    do something silly like closing the same file, or one thread
  74    accesses a file that has been closed by another.
  75  */
  76
  77 /********************************************************
  78  * Open and Close
  79  ********************************************************/
  80
  81 t_fileio *gmx_fio_open(const char *fn, const char *mode);
  82 /* Open a new file for reading or writing.
  83  * The file type will be deduced from the file name.
  84  * If fn is NULL, stdin / stdout will be used for Ascii I/O (TPA type)
  85  * mode may be "r", "w", or "a". You should append a "b" to the mode
  86  * if you are writing a binary file, but the routine will also
  87  * doublecheck it and try to do it if you forgot. This has no effect on
  88  * unix, but is important on windows.
  89  */
  90
  91 int gmx_fio_close(t_fileio *fp);
  92 /* Close the file corresponding to fp (if not stdio)
  93  * The routine will exit when an invalid fio is handled.
  94  * Returns 0 on success.
  95  */
  96
  97 int gmx_fio_fp_close(t_fileio *fp);
  98 /* Close the file corresponding to fp without closing the FIO entry
  99  * Needed e.g. for trxio because the FIO entries are used to store
 100  * additional data.
 101  * NOTE that the fp still needs to be properly closed with gmx_fio_close().
 102  * The routine will exit when an invalid fio is handled.
 103  * Returns 0 on success.
 104  */
 105
 106
 107 /* Open a file, return a stream, record the entry in internal FIO object */
 108 GMX_LIBGMX_EXPORT
 109 FILE* gmx_fio_fopen(const char *fn, const char *mode);
 110
 111 /* Close a file previously opened with gmx_fio_fopen.
 112  * Do not mix these calls with standard fopen/fclose ones!
 113  * Returns 0 on success.  */
 114 GMX_LIBGMX_EXPORT
 115 int gmx_fio_fclose(FILE *fp);
 116
 117
 118
 119 /********************************************************
 120  * Change properties of the open file
 121  ********************************************************/
 122
 123 void gmx_fio_setprecision(t_fileio *fio, gmx_bool bDouble);
 124 /* Select the floating point precision for reading and writing files */
 125
 126 char *gmx_fio_getname(t_fileio *fio);
 127 /* Return the filename corresponding to the fio index */
 128
 129 GMX_LIBGMX_EXPORT
 130 int gmx_fio_getftp(t_fileio *fio);
 131 /* Return the filetype corresponding to the fio index.
 132     There is as of now no corresponding setftp function because the file
 133     was opened as a specific file type and changing that midway is most
 134     likely an evil hack. */
 135
 136 GMX_LIBGMX_EXPORT
 137 void gmx_fio_setdebug(t_fileio *fio, gmx_bool bDebug);
 138 /* Set the debug mode */
 139
 140 gmx_bool gmx_fio_getdebug(t_fileio *fio);
 141 /* Return  whether debug mode is on in fio  */
 142
 143 gmx_bool gmx_fio_getread(t_fileio *fio);
 144 /* Return  whether read mode is on in fio  */
 145
 146
 147 void gmx_fio_checktype(t_fileio *fio);
 148 /* Check whether the fio is of a sane type */
 149
 150 /***************************************************
 151  * FILE Operations
 152  ***************************************************/
 153
 154 void gmx_fio_rewind(t_fileio *fio);
 155 /* Rewind the tpa file in fio */
 156
 157 GMX_LIBGMX_EXPORT
 158 int gmx_fio_flush(t_fileio *fio);
 159 /* Flush the fio, returns 0 on success */
 160
 161 int gmx_fio_fsync(t_fileio *fio);
 162 /* fsync the fio, returns 0 on success.
 163    NOTE: don't use fsync function unless you're absolutely sure you need it
 164    because it deliberately interferes with the OS's caching mechanisms and
 165    can cause dramatically slowed down IO performance. Some OSes (Linux,
 166    for example), may implement fsync as a full sync() point. */
 167
 168 GMX_LIBGMX_EXPORT
 169 gmx_off_t gmx_fio_ftell(t_fileio *fio);
 170 /* Return file position if possible */
 171
 172 GMX_LIBGMX_EXPORT
 173 int gmx_fio_seek(t_fileio *fio, gmx_off_t fpos);
 174 /* Set file position if possible, quit otherwise */
 175
 176 GMX_LIBGMX_EXPORT
 177 FILE *gmx_fio_getfp(t_fileio *fio);
 178 /* Return the file pointer itself */
 179
 180 GMX_LIBGMX_EXPORT
 181 XDR *gmx_fio_getxdr(t_fileio *fio);
 182 /* Return the file pointer itself */
 183
 184
 185
 186
 187
 188 /* Element with information about position in a currently open file.
 189  * gmx_off_t should be defined by autoconf if your system does not have it.
 190  * If you do not have it on some other platform you do not have largefile
 191  * support at all, and you can define it to int (or better, find out how to
 192  * enable large files).  */
 193 typedef struct
 194 {
 195     char          filename[STRLEN];
 196     gmx_off_t     offset;
 197     unsigned char chksum[16];
 198     int           chksum_size;
 199 }
 200 gmx_file_position_t;
 201
 202
 203 GMX_LIBGMX_EXPORT
 204 int gmx_fio_check_file_position(t_fileio *fio);
 205 /* Check if the file position is out of the range of off_t.
 206  * The result is stored along with the other file data of fio.
 207  */
 208
 209 int gmx_fio_get_output_file_positions(gmx_file_position_t ** outputfiles,
 210                                       int                   *nfiles );
 211 /* Return the name and file pointer positions for all currently open
 212  * output files. This is used for saving in the checkpoint files, so we
 213  * can truncate output files upon restart-with-appending.
 214  *
 215  * For the first argument you should use a pointer, which will be set to
 216  * point to a list of open files.
 217  */
 218
 219 t_fileio *gmx_fio_all_output_fsync(void);
 220 /* fsync all open output files. This is used for checkpointing, where
 221    we need to ensure that all output is actually written out to
 222    disk.
 223    This is most important in the case of some networked file systems,
 224    where data is not synced with the file server until close() or
 225    fsync(), so data could remain in cache for days.
 226    Note the caveats reported with gmx_fio_fsync().
 227
 228     returns: NULL if no error occurred, or a pointer to the first file that
 229              failed if an error occurred
 230  */
 231
 232
 233 int gmx_fio_get_file_md5(t_fileio *fio, gmx_off_t offset,
 234                          unsigned char digest[]);
 235
 236
 237 int xtc_seek_frame(t_fileio *fio, int frame, int natoms);
 238
 239 GMX_LIBGMX_EXPORT
 240 int xtc_seek_time(t_fileio *fio, real time, int natoms, gmx_bool bSeekForwardOnly);
 241
 242
 243 /* Add this to the comment string for debugging */
 244 void gmx_fio_set_comment(t_fileio *fio, const char *comment);
 245
 246 /* Remove previously set comment */
 247 void gmx_fio_unset_comment(t_fileio *fio);
 248
 249
 250
 251
 252 /********************************************************
 253  * Read and write
 254  ********************************************************/
 255
 256
 257 /* basic reading & writing */
 258 gmx_bool gmx_fio_reade_real(t_fileio *fio, real *item,
 259                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 260 gmx_bool gmx_fio_reade_float(t_fileio *fio, float *item,
 261                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 262 gmx_bool gmx_fio_reade_double(t_fileio *fio, double *item,
 263                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 264 gmx_bool gmx_fio_reade_int(t_fileio *fio, int *item,
 265                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 266 gmx_bool gmx_fio_reade_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item,
 267                                      const char *desc, const char *srcfile, int line);
 268 gmx_bool gmx_fio_reade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
 269                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 270 gmx_bool gmx_fio_reade_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item,
 271                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 272 gmx_bool gmx_fio_reade_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 273                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 274 gmx_bool gmx_fio_reade_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 275                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 276 gmx_bool gmx_fio_reade_string(t_fileio *fio, char *item,
 277                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 278
 279 gmx_bool gmx_fio_writee_real(t_fileio *fio, real item,
 280                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 281 gmx_bool gmx_fio_writee_float(t_fileio *fio, float item,
 282                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 283 gmx_bool gmx_fio_writee_double(t_fileio *fio, double item,
 284                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 285 gmx_bool gmx_fio_writee_int(t_fileio *fio, int item,
 286                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 287 gmx_bool gmx_fio_writee_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t item,
 288                                       const char *desc, const char *srcfile, int line);
 289 gmx_bool gmx_fio_writee_uchar(t_fileio *fio, unsigned char item,
 290                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 291 gmx_bool gmx_fio_writee_ushort(t_fileio *fio, unsigned short item,
 292                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 293 gmx_bool gmx_fio_writee_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 294                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 295 gmx_bool gmx_fio_writee_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 296                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 297 gmx_bool gmx_fio_writee_string(t_fileio *fio, const char *item,
 298                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 299
 300 /* reading or writing, depending on the file's opening mode string */
 301 gmx_bool gmx_fio_doe_real(t_fileio *fio, real *item,
 302                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 303 gmx_bool gmx_fio_doe_float(t_fileio *fio, float *item,
 304                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 305 gmx_bool gmx_fio_doe_double(t_fileio *fio, double *item,
 306                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 307 gmx_bool gmx_fio_doe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item,
 308                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 309 gmx_bool gmx_fio_doe_int(t_fileio *fio, int *item,
 310                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 311 gmx_bool gmx_fio_doe_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item,
 312                                    const char *desc, const char *srcfile, int line);
 313 gmx_bool gmx_fio_doe_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
 314                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 315 gmx_bool gmx_fio_doe_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item,
 316                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 317 gmx_bool gmx_fio_doe_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 318                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 319 gmx_bool gmx_fio_doe_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 320                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 321 gmx_bool gmx_fio_doe_string(t_fileio *fio, char *item,
 322                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 323
 324
 325
 326
 327 /* array reading & writing */
 328 gmx_bool gmx_fio_nreade_real(t_fileio *fio, real *item, int n,
 329                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 330 gmx_bool gmx_fio_nreade_float(t_fileio *fio, float *item, int n,
 331                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 332 gmx_bool gmx_fio_nreade_double(t_fileio *fio, double *item, int n,
 333                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 334 gmx_bool gmx_fio_nreade_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
 335                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 336 gmx_bool gmx_fio_nreade_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item, int n,
 337                                       const char *desc, const char *srcfile,
 338                                       int line);
 339 gmx_bool gmx_fio_nreade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item, int n,
 340                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 341 gmx_bool gmx_fio_nreade_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item, int n,
 342                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 343 gmx_bool gmx_fio_nreade_rvec(t_fileio *fio, rvec *item, int n,
 344                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 345 gmx_bool gmx_fio_nreade_ivec(t_fileio *fio, ivec *item, int n,
 346                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 347 gmx_bool gmx_fio_nreade_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
 348                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 349
 350 gmx_bool gmx_fio_nwritee_real(t_fileio *fio, const real *item, int n,
 351                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 352 gmx_bool gmx_fio_nwritee_float(t_fileio *fio, const float *item, int n,
 353                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 354 gmx_bool gmx_fio_nwritee_double(t_fileio *fio, const double *item, int n,
 355                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 356 gmx_bool gmx_fio_nwritee_int(t_fileio *fio, const int *item, int n,
 357                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 358 gmx_bool gmx_fio_nwritee_gmx_large_int(t_fileio *fio,
 359                                        const gmx_large_int_t *item, int n,
 360                                        const char *desc, const char *srcfile,
 361                                        int line);
 362 gmx_bool gmx_fio_nwritee_uchar(t_fileio *fio, const unsigned char *item, int n,
 363                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 364 gmx_bool gmx_fio_nwritee_ushort(t_fileio *fio, const unsigned short *item, int n,
 365                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 366 gmx_bool gmx_fio_nwritee_rvec(t_fileio *fio, const rvec *item, int n,
 367                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 368 gmx_bool gmx_fio_nwritee_ivec(t_fileio *fio, const ivec *item, int n,
 369                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 370 gmx_bool gmx_fio_nwritee_string(t_fileio *fio, const char *item[], int n,
 371                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 372
 373 gmx_bool gmx_fio_ndoe_real(t_fileio *fio, real *item, int n,
 374                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 375 gmx_bool gmx_fio_ndoe_float(t_fileio *fio, float *item, int n,
 376                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 377 gmx_bool gmx_fio_ndoe_double(t_fileio *fio, double *item, int n,
 378                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 379 gmx_bool gmx_fio_ndoe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item, int n,
 380                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 381 gmx_bool gmx_fio_ndoe_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
 382                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 383 gmx_bool gmx_fio_ndoe_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t *item, int n,
 384                                     const char *desc, const char *srcfile,
 385                                     int line);
 386 gmx_bool gmx_fio_ndoe_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item, int n,
 387                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 388 gmx_bool gmx_fio_ndoe_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item, int n,
 389                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 390 gmx_bool gmx_fio_ndoe_rvec(t_fileio *fio, rvec *item, int n,
 391                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 392 gmx_bool gmx_fio_ndoe_ivec(t_fileio *fio, ivec *item, int n,
 393                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 394 gmx_bool gmx_fio_ndoe_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
 395                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 396
 397
 398
 399 /* convenience macros */
 400 #define gmx_fio_read_real(fio, item)           gmx_fio_reade_real(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 401 #define gmx_fio_read_float(fio, item)          gmx_fio_reade_float(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 402 #define gmx_fio_read_double(fio, item)         gmx_fio_reade_double(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 403 #define gmx_fio_read_int(fio, item)            gmx_fio_reade_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 404 #define gmx_fio_read_gmx_large_int(fio, item)  gmx_fio_reade_gmx_large_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 405 #define gmx_fio_read_uchar(fio, item)          gmx_fio_reade_uchar(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 406 #define gmx_fio_read_ushort(fio, item)         gmx_fio_reade_ushort(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 407 #define gmx_fio_read_rvec(fio, item)           gmx_fio_reade_rvec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 408 #define gmx_fio_read_ivec(fio, item)           gmx_fio_reade_ivec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 409 #define gmx_fio_read_string(fio, item)         gmx_fio_reade_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 410
 411 #define gmx_fio_write_real(fio, item)           gmx_fio_writee_real(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 412 #define gmx_fio_write_float(fio, item)          gmx_fio_writee_float(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 413 #define gmx_fio_write_double(fio, item)         gmx_fio_writee_double(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 414 #define gmx_fio_write_int(fio, item)            gmx_fio_writee_int(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 415 #define gmx_fio_write_gmx_large_int(fio, item)  gmx_fio_writee_gmx_large_int(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 416 #define gmx_fio_write_uchar(fio, item)          gmx_fio_writee_uchar(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 417 #define gmx_fio_write_ushort(fio, item)         gmx_fio_writee_ushort(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 418 #define gmx_fio_write_rvec(fio, item)           gmx_fio_writee_rvec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 419 #define gmx_fio_write_ivec(fio, item)           gmx_fio_writee_ivec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 420 #define gmx_fio_write_string(fio, item)         gmx_fio_writee_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 421
 422 #define gmx_fio_do_real(fio, item)              gmx_fio_doe_real(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 423 #define gmx_fio_do_float(fio, item)             gmx_fio_doe_float(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 424 #define gmx_fio_do_double(fio, item)            gmx_fio_doe_double(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 425 #define gmx_fio_do_gmx_bool(fio, item)              gmx_fio_doe_gmx_bool(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 426 #define gmx_fio_do_int(fio, item)               gmx_fio_doe_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 427 #define gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, item)     gmx_fio_doe_gmx_large_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 428 #define gmx_fio_do_uchar(fio, item)             gmx_fio_doe_uchar(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 429 #define gmx_fio_do_ushort(fio, item)            gmx_fio_doe_ushort(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 430 #define gmx_fio_do_rvec(fio, item)              gmx_fio_doe_rvec(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 431 #define gmx_fio_do_ivec(fio, item)              gmx_fio_doe_ivec(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 432 #define gmx_fio_do_string(fio, item)            gmx_fio_doe_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 433
 434
 435
 436
 437 #define gmx_fio_nread_real(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 438 #define gmx_fio_nread_float(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 439 #define gmx_fio_nread_double(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 440 #define gmx_fio_nread_int(fio, item, n)             gmx_fio_nreade_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 441 #define gmx_fio_nread_gmx_large_int(fio, item, n)   gmx_fio_nreade_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 442 #define gmx_fio_nread_uchar(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 443 #define gmx_fio_nread_ushort(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 444 #define gmx_fio_nread_rvec(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 445 #define gmx_fio_nread_ivec(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 446 #define gmx_fio_nread_string(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 447
 448 #define gmx_fio_nwrite_real(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 449 #define gmx_fio_nwrite_float(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 450 #define gmx_fio_nwrite_double(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 451 #define gmx_fio_nwrite_int(fio, item, n)            gmx_fio_nwritee_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 452 #define gmx_fio_nwrite_gmx_large_int(fio, item, n)  gmx_fio_nwritee_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 453 #define gmx_fio_nwrite_uchar(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 454 #define gmx_fio_nwrite_ushort(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 455 #define gmx_fio_nwrite_rvec(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 456 #define gmx_fio_nwrite_ivec(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 457 #define gmx_fio_nwrite_string(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 458
 459 #define gmx_fio_ndo_real(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 460 #define gmx_fio_ndo_float(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 461 #define gmx_fio_ndo_double(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 462 #define gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_gmx_bool(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 463 #define gmx_fio_ndo_int(fio, item, n)               gmx_fio_ndoe_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 464 #define gmx_fio_ndo_gmx_large_int(fio, item, n)     gmx_fio_ndoe_gmx_large_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 465 #define gmx_fio_ndo_uchar(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 466 #define gmx_fio_ndo_ushort(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 467 #define gmx_fio_ndo_rvec(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 468 #define gmx_fio_ndo_ivec(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 469 #define gmx_fio_ndo_string(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 470
 471
 472
 473 #endif