New tool that extracts dye dynamics from trajectories
[alexxy/gromacs.git] / include / gmx_ana.h
1 /*
2  * 
3  *                This source code is part of
4  * 
5  *                 G   R   O   M   A   C   S
6  * 
7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
8  * 
9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
11  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
13  
14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
17  * of the License, or (at your option) any later version.
18  * 
19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
25  * 
26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
28  * 
29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
30  * 
31  * And Hey:
32  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
33  */
34
35 #ifndef _gmx_ana_h
36 #define _gmx_ana_h
37
38 #ifdef __cplusplus
39 extern "C" { 
40 #endif
41
42 int 
43 gmx_analyze(int argc,char *argv[]);
44
45 int 
46 gmx_anaeig(int argc,char *argv[]);
47
48 int 
49 gmx_g_angle(int argc,char *argv[]);
50
51 int 
52 gmx_bar(int argc,char *argv[]);
53
54 int 
55 gmx_bond(int argc,char *argv[]);
56
57 int 
58 gmx_bundle(int argc,char *argv[]);
59
60 int 
61 gmx_chi(int argc,char *argv[]);
62
63 int 
64 gmx_cluster(int argc,char *argv[]);
65
66 int 
67 gmx_confrms(int argc,char *argv[]);
68
69 int 
70 gmx_covar(int argc,char *argv[]);
71
72 int 
73 gmx_current(int argc,char *argv[]);
74
75 int 
76 gmx_density(int argc,char *argv[]);
77
78 int 
79 gmx_densmap(int argc,char *argv[]);
80
81 int 
82 gmx_densorder(int argc,char *argv[]);
83
84 int 
85 gmx_dielectric(int argc,char *argv[]);
86
87 int 
88 gmx_dih(int argc,char *argv[]);
89
90 int 
91 gmx_dipoles(int argc,char *argv[]);
92
93 int 
94 gmx_disre(int argc,char *argv[]);
95
96 int 
97 gmx_dist(int argc,char *argv[]);
98
99 int 
100 gmx_dos(int argc,char *argv[]);
101
102 int 
103 gmx_dyecoupl(int argc,char *argv[]);
104
105 int 
106 gmx_dyndom(int argc,char *argv[]);
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108 int 
109 gmx_editconf(int argc, char *argv[]);
110
111 int 
112 gmx_eneconv(int argc,char *argv[]);
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114 int 
115 gmx_enemat(int argc,char *argv[]);
116
117 int 
118 gmx_energy(int argc,char *argv[]);
119
120 int 
121 gmx_lie(int argc,char *argv[]);
122
123 int 
124 gmx_filter(int argc,char *argv[]);
125
126 int 
127 gmx_genbox(int argc,char *argv[]);
128
129 int 
130 gmx_genconf(int argc,char *argv[]);
131
132 int 
133 gmx_genion(int argc,char *argv[]);
134
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136 gmx_genpr(int argc,char *argv[]);
137
138 int 
139 gmx_gyrate(int argc,char *argv[]);
140
141 int 
142 gmx_h2order(int argc,char *argv[]);
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144 int 
145 gmx_hbond(int argc,char *argv[]);
146
147 int 
148 gmx_helix(int argc,char *argv[]);
149
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151 gmx_helixorient(int argc,char *argv[]);
152
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154 gmx_hydorder(int argc,char *argv[]);
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157 gmx_kinetics(int argc,char *argv[]);
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160 gmx_mindist(int argc,char *argv[]);
161
162 int 
163 gmx_msd(int argc,char *argv[]);
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166 gmx_morph(int argc,char *argv[]);
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168 int 
169 gmx_nmeig(int argc,char *argv[]);
170
171 int 
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177 int 
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181 gmx_polystat(int argc,char *argv[]);
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183 int 
184 gmx_potential(int argc,char *argv[]);
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201 int 
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211 gmx_saltbr(int argc,char *argv[]);
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214 gmx_sas(int argc,char *argv[]);
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220 gmx_select(int argc,char *argv[]);
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223 gmx_sgangle(int argc,char *argv[]);
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234 int 
235 gmx_spatial(int argc,char *argv[]);
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253 gmx_tune_pme(int argc,char *argv[]);
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256 gmx_velacc(int argc,char *argv[]);
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259 gmx_clustsize(int argc,char *argv[]);
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262 gmx_mdmat(int argc,char *argv[]);
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264 int 
265 gmx_vanhove(int argc,char *argv[]);
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268 gmx_wham(int argc,char *argv[]);
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270 int 
271 gmx_wheel(int argc,char *argv[]);
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273 int 
274 gmx_xpm2ps(int argc,char *argv[]);
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276 int 
277 gmx_membed(int argc,char *argv[]);
278
279 int 
280 gmx_pme_error(int argc,char *argv[]);
281
282 int
283 gmx_options(int argc,char *argv[]);
284
285 #ifdef __cplusplus
286 }
287 #endif
288
289 #endif
290 /* _gmx_ana_h */