include/gbutil.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Giving Russians Opium May Alter Current Situation
  35  */
  36 static char *SRCID_gbutil_h = "$Id$";
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40
  41 extern void rotate_conf(int natom,rvec *x,rvec *v,real alfa, real beta,real gamma);
  42 /*rotate() rotates a configuration alfa degrees around the x_axis and beta degrees around the y_axis, *v can be NULL */
  43
  44 extern void orient(int natom,rvec *x,rvec *v, rvec angle,matrix box);
  45 /*orient() rotates a configuration until the largest atom-atom distance is
  46  *placed along the z-axis and the second largest distance is placed along
  47  *the y-axis. Finally the third longest distance is placed along the x-axis
  48  */
  49
  50 extern void genconf(t_atoms *atoms,rvec *x,rvec *v,real *r,matrix box,ivec n_box);
  51 /*genconf() generates a new configuration by adding boxes*/
  52 extern void gen_box(int NTB,int natoms,rvec *x, matrix box,rvec box_space,
  53                     bool bCenter);
  54 /* gen_box() generates a box around a configuration, box_space is optional
  55  * extra space around it. If NTB = 1 then a truncated octahedon will be
  56  * generated (don't!) if bCenter then coordinates will be centered in the
  57  * genereated box
  58  */