include/force.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Giving Russians Opium May Alter Current Situation
  35  */
  36
  37 #ifndef _force_h
  38 #define _force_h
  39
  40 static char *SRCID_force_h = "$Id$";
  41 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  42 #include <config.h>
  43 #endif
  44
  45 #ifdef HAVE_IDENT
  46 #ident  "@(#) force.h 1.53 5/15/97"
  47 #endif /* HAVE_IDENT */
  48 #include "typedefs.h"
  49 #include "pbc.h"
  50 #include "nsb.h"
  51 #include "network.h"
  52 #include "tgroup.h"
  53
  54
  55 extern void calc_vir(FILE *log,int nxf,rvec x[],rvec f[],tensor vir,
  56                      t_commrec *cr);
  57 /* Calculate virial for nxf atoms, and add it to vir */
  58
  59 extern void f_calc_vir(FILE *log,int i0,int i1,rvec x[],rvec f[],tensor vir,
  60                        t_commrec *cr,t_graph *g,rvec shift_vec[]);
  61 /* Calculate virial taking periodicity into account */
  62
  63 extern t_forcerec *mk_forcerec(void);
  64
  65 extern void make_tables(FILE *fp,t_forcerec *fr,bool bVerbose,char *fn);
  66 /* Make tables for inner loops. When bVerbose the tables are printed
  67  * to .xvg files
  68  */
  69
  70 extern void pr_forcerec(FILE *log,t_forcerec *fr,t_commrec *cr);
  71
  72 extern void init_forcerec(FILE       *log,
  73                           t_forcerec *fr,
  74                           t_inputrec *ir,
  75                           t_topology *top,
  76                           t_commrec  *cr,
  77                           t_mdatoms  *mdatoms,
  78                           t_nsborder *nsb,
  79                           matrix     box,
  80                           bool       bMolEpot,
  81                           char       *tabfn);
  82 /* The Force rec struct must be created with mk_forcerec
  83  * The booleans have the following meaning:
  84  * bSetQ:    Copy the charges [ only necessary when they change ]
  85  * bMolEpot: Use the free energy stuff per molecule
  86  */
  87
  88 extern void update_forcerec(FILE *log,t_forcerec *fr,matrix box);
  89 /* Updates parameters in the forcerec that are time dependent */
  90
  91 extern void set_avcsix(FILE *log,t_forcerec *fr,t_mdatoms *mdatoms);
  92 /* Compute the average C6 param for LJ corrections */
  93
  94 extern void ns(FILE *log,
  95                t_forcerec *fr,
  96                rvec       x[],
  97                rvec       f[],
  98                matrix     box,
  99                t_groups   *grps,
 100                t_grpopts  *opts,
 101                t_topology *top,
 102                t_mdatoms  *md,
 103                t_commrec  *cr,
 104                t_nrnb     *nrnb,
 105                t_nsborder *nsb,
 106                int        step,
 107                real       lambda,
 108                real       *dvdlambda);
 109 /* Call the neighborsearcher */
 110
 111 extern void force(FILE *log,
 112                   int          step,
 113                   t_forcerec   *fr,
 114                   t_inputrec   *ir,
 115                   t_idef       *idef,
 116                   t_nsborder   *nsb,
 117                   t_commrec    *cr,
 118                   t_nrnb       *nrnb,
 119                   t_groups     *grps,
 120                   t_mdatoms    *md,
 121                   int          ngener,
 122                   t_grpopts    *opts,
 123                   rvec x[],
 124                   rvec f[],
 125                   real epot[], bool bVerbose,
 126                   matrix       box,
 127                   real         lambda,
 128                   t_graph      *graph,
 129                   t_block      *excl,
 130                   bool         bNBonly,
 131                   matrix       lr_vir,
 132                   rvec         mu_tot,
 133                   real         qsum,
 134                   bool         bGatherOnly);
 135 /* Call all the force routines */
 136
 137 /* Routine from fnbf.m4 */
 138 extern void do_fnbf(FILE *log,t_commrec *cr,t_forcerec *fr,
 139                     rvec x[],rvec f[],t_mdatoms *md,
 140                     real egnb[],real egcoul[],rvec box_size,
 141                     t_nrnb *nrnb,real lambda,real *dvdlambda,
 142                     bool bLR,int eNL);
 143
 144 #endif  /* _force_h */