include/edsam.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  35  */
  36
  37 #ifndef _edsam_h
  38 #define _edsam_h
  39
  40 static char *SRCID_edsam_h = "$Id$";
  41 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  42 #include <config.h>
  43 #endif
  44
  45 extern void ed_open(int nfile,t_filenm fnm[],t_edsamyn *edyn);
  46 extern void init_edsam(FILE *log,t_topology *top,
  47            t_mdatoms *md,int start,int homenr,
  48            rvec x[],matrix box,
  49            t_edsamyn *edyn,t_edpar *edi);
  50 extern void read_edi(t_edsamyn *edyn,t_edpar *edi,int nr_mdatoms);
  51 extern int  read_edint(FILE *file);
  52 extern int  read_edint2(FILE *file);
  53 extern real read_edreal(FILE *file);
  54 extern void read_edx(FILE *file,int number,int *anrs,rvec *x);
  55 extern void read_edvecs(FILE *in,int nr,t_edvecs *vecs);
  56 extern void read_edvec(FILE *in,int nr,t_eigvec *tvec);
  57 extern void scan_edvec(FILE *in,int nr,rvec *vec);
  58 extern real fitit(int nr, rvec *x,t_edpar *edi,rvec *transvec,
  59                        matrix rmat);
  60 extern void do_edfit(int natoms,rvec *xp,rvec *x,matrix R);
  61 extern void put_in_origin(int nr,rvec *x,int nmass,int *masnrs,
  62                                real *mass,real tmass);
  63 extern void project(rvec *x,t_edpar *edi,char *mode);
  64 extern void do_project(rvec *x, t_eigvec *vec, t_edpar *edi,char *mode);
  65 extern void projectx(t_edpar *edi,rvec *x,t_eigvec *vec);
  66 extern real do_projectx(t_edpar *edi,rvec *x,rvec *vec);
  67 extern real calc_radius(t_eigvec *vec);
  68 extern void do_edsam(FILE *log,t_topology *top,t_inputrec *ir,int step,
  69                      t_mdatoms *md,int start,int homenr,
  70                      rvec x[],rvec xold[],rvec x_unc[],rvec f[],matrix box,
  71                      t_edsamyn *edyn,t_edpar *edi,bool bHave_force);
  72 extern void rmfit(int ned,rvec *x,rvec *transvec,matrix rotmat);
  73 extern void rotate_vec(int nr,rvec *x,matrix rotmat);
  74 extern void ed_cons(rvec *x,t_edpar *edi,int step);
  75 extern void do_linfix(rvec *x,t_edpar *edi,int step);
  76 extern void do_linacc(rvec *x,t_edpar *edi);
  77 extern void do_radfix(rvec *x,t_edpar *edi,int step);
  78 extern void do_radacc(rvec *x,t_edpar *edi);
  79 extern void do_radcon(rvec *x,t_edpar *edi);
  80 extern void write_edo(t_edpar *edi,int step,real rmsd);
  81 extern void write_proj(FILE *out,t_edpar *edi,char *mode);
  82 extern void do_write_proj(FILE *out,t_eigvec *vec,char *mode);
  83 extern void write_edidx(FILE *out,t_edpar *edi);
  84 #endif  /* _edsam_h */
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