include/edsam.h

   1  /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _edsam_h
  40 #define _edsam_h
  41 #include "visibility.h"
  42 #include "typedefs.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48 void do_edsam(t_inputrec *ir,gmx_large_int_t step,
  49                      t_commrec *cr,rvec xs[],rvec v[],matrix box,gmx_edsam_t ed);
  50 /* Essential dynamics constraints, called from constrain() */
  51
  52 GMX_LIBMD_EXPORT
  53 gmx_edsam_t ed_open(int natoms, edsamstate_t *EDstate, int nfile,const t_filenm fnm[],
  54         unsigned long Flags, const output_env_t oenv, t_commrec *cr);
  55 /* Sets the ED input/output filenames, opens output file */
  56
  57 void init_edsam(gmx_mtop_t *mtop,t_inputrec *ir,t_commrec *cr,
  58                        gmx_edsam_t ed, rvec x[], matrix box, edsamstate_t *edsamstate);
  59 /* Init routine for ED and flooding. Calls init_edi in a loop for every .edi-cycle
  60  * contained in the input file, creates a NULL terminated list of t_edpar structures */
  61
  62 void dd_make_local_ed_indices(gmx_domdec_t *dd, gmx_edsam_t ed);
  63 /* Make a selection of the home atoms for the ED groups.
  64  * Should be called at every domain decomposition. */
  65
  66 void do_flood(t_commrec *cr, t_inputrec *ir, rvec x[],rvec force[], gmx_edsam_t ed,
  67         matrix box, gmx_large_int_t step, gmx_bool bNS);
  68 /* Flooding - called from do_force() */
  69
  70 #ifdef __cplusplus
  71 }
  72 #endif
  73
  74 #endif  /* _edsam_h */