include/edsam.h

   1  /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _edsam_h
  37 #define _edsam_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40
  41 #ifdef __cplusplus
  42 extern "C" {
  43 #endif
  44
  45 void do_edsam(t_inputrec *ir,gmx_large_int_t step,t_mdatoms *md,
  46                      t_commrec *cr,rvec xs[],rvec v[],matrix box,gmx_edsam_t ed);
  47 /* Essential dynamics constraints, called from constrain() */
  48
  49 gmx_edsam_t ed_open(int nfile,const t_filenm fnm[],unsigned long Flags,t_commrec *cr);
  50 /* Sets the ED input/output filenames, opens output (.edo) file */
  51
  52 void init_edsam(gmx_mtop_t *mtop,t_inputrec *ir,t_commrec *cr,
  53                        gmx_edsam_t ed, rvec x[], matrix box);
  54 /* Init routine for ED and flooding. Calls init_edi in a loop for every .edi-cycle
  55  * contained in the input file, creates a NULL terminated list of t_edpar structures */
  56
  57 void dd_make_local_ed_indices(gmx_domdec_t *dd, gmx_edsam_t ed);
  58 /* Make a selection of the home atoms for the ED groups.
  59  * Should be called at every domain decomposition. */
  60
  61 void do_flood(FILE *log, t_commrec *cr, rvec x[],rvec force[], gmx_edsam_t ed,
  62         matrix box, gmx_large_int_t step, gmx_bool bNS);
  63 /* Flooding - called from do_force() */
  64
  65 #ifdef __cplusplus
  66 }
  67 #endif
  68
  69 #endif  /* _edsam_h */