include/dummies.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *       This source code is part of
   5  *
   6  *        G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  * GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *               VERSION 2.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-1999
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * Please refer to:
  17  * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  18  * H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  19  * Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  20  *
  21  * Also check out our WWW page:
  22  * http://md.chem.rug.nl/~gmx
  23  * or e-mail to:
  24  * gromacs@chem.rug.nl
  25  *
  26  * And Hey:
  27  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  28  */
  29
  30 #ifndef _dummies_h
  31 #define _dummies_h
  32
  33 static char *SRCID_dummies_h = "$Id$";
  34
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include "typedefs.h"
  41
  42 typedef struct {
  43   int nprevdum; /* how many dummy particles are nonlocal */
  44   int nnextdum;
  45   int *idxprevdum; /* index of nonlocal dummy particles */
  46   int *idxnextdum;
  47   int nprevconstr; /* how many constr. atoms are nonlocal */
  48   int nnextconstr;
  49   int *idxprevconstr; /* indices of nonlocal constructing atoms */
  50   int *idxnextconstr;
  51 } t_comm_dummies;
  52
  53 /* Communication routines for dummies. The coordinates and
  54  * forces are only move on a need-to-know basis, usually only
  55  * 2-3 atoms per processor. To achieve this small amount of
  56  * communication, and to limit it to nearest neighbour messages,
  57  * we demand that dummies are not spread over nonadjacent nodes.
  58  * Thus, keep your dummies close to your constructing atoms.
  59  * (mdrun & grompp will report an error otherwise)
  60  */
  61
  62 extern void move_construct_x(t_comm_dummies *dummycomm,rvec x[],t_commrec *cr);
  63 /* Move coords of nonlocal constructing atoms */
  64
  65 extern void move_dummy_xv(t_comm_dummies *dummycomm,rvec x[],rvec v[],t_commrec *cr);
  66 /* Send the coordinates and velocity of a constructed dummy to the home node */
  67
  68 extern void move_dummy_f(t_comm_dummies *dummycomm,rvec f[],t_commrec *cr);
  69 /* Get dummy forces from the home node */
  70
  71 extern void move_construct_f(t_comm_dummies *dummycomm,rvec f[],t_commrec *cr);
  72 /* Send spreaded forces to nonlocal constructing atoms */
  73
  74
  75 extern void construct_dummies(FILE *log,rvec x[],t_nrnb *nrnb,
  76                               real dt,rvec v[],t_idef *idef);
  77 /* Create positions of dummy atoms based on surrounding atoms.
  78  */
  79
  80 extern void spread_dummy_f(FILE *log,rvec x[],rvec f[],rvec buf[],
  81                            t_nrnb *nrnb,t_idef *idef);
  82 /* Spread the force operating on the dummy atoms on the surrounding atoms.
  83  */
  84
  85 #endif
  86