include/do_fit.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  35  */
  36
  37 #ifndef _do_fit_h
  38 #define _do_fit_h
  39
  40 static char *SRCID_do_fit_h = "$Id$";
  41 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  42 #include <config.h>
  43 #endif
  44
  45 #ifdef HAVE_IDENT
  46 #ident  "@(#) do_fit.h 1.8 2/2/97"
  47 #endif /* HAVE_IDENT */
  48 extern real calc_similar_ind(bool bRho,int nind,atom_id *index,real mass[],
  49                              rvec x[],rvec xp[]);
  50 /* Returns RMSD or Rho (depending on bRho) over all atoms in index */
  51
  52 extern real rmsdev_ind(int nind,atom_id index[],real mass[],
  53                        rvec x[],rvec xp[]);
  54 /* Returns the RMS Deviation betweem x and xp over all atoms in index */
  55
  56 extern real rmsdev(int natoms,real mass[],rvec x[],rvec xp[]);
  57 /* Returns the RMS Deviation betweem x and xp over all atoms */
  58
  59 extern real rhodev_ind(int nind,atom_id index[],real mass[],rvec x[],rvec xp[]);
  60 /* Returns size-independent Rho similarity parameter over all atoms in index
  61  * Maiorov & Crippen, PROTEINS 22, 273 (1995).
  62  */
  63
  64 extern real rhodev(int natoms,real mass[],rvec x[],rvec xp[]);
  65 /* Returns size-independent Rho similarity parameter over all atoms
  66  * Maiorov & Crippen, PROTEINS 22, 273 (1995).
  67  */
  68
  69 extern void do_fit(int natoms,real *w_rls,rvec *xp,rvec *x);
  70 /* Do a least squares fit of x to xp. Atoms which have zero mass
  71  * (w_rls[i]) are not take into account in fitting.
  72  * This makes is possible to fit eg. on Calpha atoms and orient
  73  * all atoms. The routine only fits the rotational part,
  74  * therefore both xp and x should be centered round the origin.
  75  */
  76
  77 extern void reset_x(int ncm,atom_id ind_cm[],
  78                     int nreset,atom_id *ind_reset,rvec x[],real mass[]);
  79 /* Put the center of mass of atoms in the origin.
  80  * The center of mass is computed from the index ind_cm.
  81  * When ind_reset!=NULL the coordinates indexed by ind_reset are reset.
  82  * When ind_reset==NULL the coordinates up to nreset are reset.
  83  */
  84
  85 #endif  /* _do_fit_h */