include/do_fit.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *       This source code is part of
   5  *
   6  *        G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  * GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *               VERSION 2.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-1999
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * Please refer to:
  17  * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  18  * H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  19  * Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  20  *
  21  * Also check out our WWW page:
  22  * http://md.chem.rug.nl/~gmx
  23  * or e-mail to:
  24  * gromacs@chem.rug.nl
  25  *
  26  * And Hey:
  27  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  28  */
  29
  30 #ifndef _do_fit_h
  31 #define _do_fit_h
  32
  33 static char *SRCID_do_fit_h = "$Id$";
  34
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #ifdef HAVE_IDENT
  40 #ident  "@(#) do_fit.h 1.8 2/2/97"
  41 #endif /* HAVE_IDENT */
  42 extern real calc_similar_ind(bool bRho,int nind,atom_id *index,real mass[],
  43                              rvec x[],rvec xp[]);
  44 /* Returns RMSD or Rho (depending on bRho) over all atoms in index */
  45
  46 extern real rmsdev_ind(int nind,atom_id index[],real mass[],
  47                        rvec x[],rvec xp[]);
  48 /* Returns the RMS Deviation betweem x and xp over all atoms in index */
  49
  50 extern real rmsdev(int natoms,real mass[],rvec x[],rvec xp[]);
  51 /* Returns the RMS Deviation betweem x and xp over all atoms */
  52
  53 extern real rhodev_ind(int nind,atom_id index[],real mass[],rvec x[],rvec xp[]);
  54 /* Returns size-independent Rho similarity parameter over all atoms in index
  55  * Maiorov & Crippen, PROTEINS 22, 273 (1995).
  56  */
  57
  58 extern real rhodev(int natoms,real mass[],rvec x[],rvec xp[]);
  59 /* Returns size-independent Rho similarity parameter over all atoms
  60  * Maiorov & Crippen, PROTEINS 22, 273 (1995).
  61  */
  62
  63 extern void do_fit(int natoms,real *w_rls,rvec *xp,rvec *x);
  64 /* Do a least squares fit of x to xp. Atoms which have zero mass
  65  * (w_rls[i]) are not take into account in fitting.
  66  * This makes is possible to fit eg. on Calpha atoms and orient
  67  * all atoms. The routine only fits the rotational part,
  68  * therefore both xp and x should be centered round the origin.
  69  */
  70
  71 extern void reset_x(int ncm,atom_id ind_cm[],
  72                     int nreset,atom_id *ind_reset,rvec x[],real mass[]);
  73 /* Put the center of mass of atoms in the origin.
  74  * The center of mass is computed from the index ind_cm.
  75  * When ind_reset!=NULL the coordinates indexed by ind_reset are reset.
  76  * When ind_reset==NULL the coordinates up to nreset are reset.
  77  */
  78
  79 #endif  /* _do_fit_h */