include/confio.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *       This source code is part of
   5  *
   6  *        G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  * GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *               VERSION 2.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-1999
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * Please refer to:
  17  * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  18  * H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  19  * Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  20  *
  21  * Also check out our WWW page:
  22  * http://md.chem.rug.nl/~gmx
  23  * or e-mail to:
  24  * gromacs@chem.rug.nl
  25  *
  26  * And Hey:
  27  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  28  */
  29
  30 #ifndef _confio_h
  31 #define _confio_h
  32
  33 static char *SRCID_confio_h = "$Id$";
  34
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #ifdef HAVE_IDENT
  40 #ident  "@(#) confio.h 1.16 11/23/92"
  41 #endif /* HAVE_IDENT */
  42
  43 #include "typedefs.h"
  44
  45 /* For reading coordinate files it is assumed that enough memory
  46  * has been allocated beforehand.
  47  */
  48 #ifdef CPLUSPLUS
  49 extern "C" {
  50 #endif
  51
  52 extern void init_t_atoms(t_atoms *atoms, int natoms, bool bPdbinfo);
  53 /* allocate memory for the arrays, set nr to natoms and nres to 0
  54  * set pdbinfo to NULL or allocate memory for it */
  55
  56 extern void free_t_atoms(t_atoms *atoms);
  57 /* free all the arrays and set the nr and nres to 0 */
  58
  59 int read_g96_conf(FILE *fp,char *infile,t_trxframe *fr);
  60 /* read a Gromos96 coordinate or trajectory file,                       *
  61  * returns the number of atoms                                          *
  62  * sets what's in the frame in info                                     *
  63  * read from fp, infile is only needed for error messages               *
  64  * nwanted is the number of wanted coordinates,                         *
  65  * set this to -1 if you want to know the number of atoms in the file   *
  66  * title, atoms, x, v can all be NULL, in which case they won't be read */
  67
  68 void write_g96_conf(FILE *out,t_trxframe *fr,int nindex,atom_id *index);
  69 /* write a Gromos96 coordinate file or trajectory frame *
  70  * index can be NULL                                    */
  71
  72 extern bool gro_next_x_or_v(FILE *status,t_trxframe *fr);
  73 extern int gro_first_x_or_v(FILE *status,t_trxframe *fr);
  74 /* read first/next x and/or v frame from gro file */
  75
  76 extern void write_hconf_indexed_p(FILE *out,char *title,t_atoms *atoms,
  77                                   int nx,atom_id index[],int ndec,
  78                                   rvec *x,rvec *v,matrix box);
  79
  80 extern void write_hconf_p(FILE *out,char *title,t_atoms *atoms, int ndec,
  81                           rvec *x,rvec *v,matrix box);
  82 /* Write a Gromos file with precision ndec: number of decimal places in x,
  83  * v has one place more. */
  84
  85 void write_sto_conf_indexed(char *outfile,char *title,t_atoms *atoms,
  86                             rvec x[],rvec *v,matrix box,
  87                             atom_id nindex,atom_id index[]);
  88 /* like write_sto_conf, but indexed */
  89
  90 extern void write_sto_conf(char *outfile, char *title,t_atoms *atoms,
  91                            rvec x[],rvec *v, matrix box);
  92 /* write atoms, x, v (if .gro and not NULL) and box (if not NULL)
  93  * to an STO (.gro or .pdb) file */
  94
  95 extern void get_stx_coordnum (char *infile,int *natoms);
  96 /* read the number of atoms from an STX file */
  97
  98 extern void read_stx_conf(char *infile, char *title,t_atoms *atoms,
  99                           rvec x[],rvec *v, matrix box);
 100 /* read atoms, x, v and box from an STX file */
 101
 102 #ifdef CPLUSPLUS
 103 }
 104 #endif
 105
 106 #endif  /* _confio_h */