include/bondf.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  35  */
  36
  37 #ifndef _bondf_h
  38 #define _bondf_h
  39
  40 static char *SRCID_bondf_h = "$Id$";
  41 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  42 #include <config.h>
  43 #endif
  44
  45 #ifdef HAVE_IDENT
  46 #ident  "@(#) bondf.h 1.28 2/19/97"
  47 #endif /* HAVE_IDENT */
  48
  49 #ifdef CPLUSPLUS
  50 extern "C" {
  51 #endif
  52
  53 #include <stdio.h>
  54 #include "typedefs.h"
  55 #include "nrnb.h"
  56 #include "pbc.h"
  57
  58 extern void calc_bonds(FILE *log,t_commrec *cr,t_idef *idef,
  59                        rvec x[],rvec f[],t_forcerec *fr,t_graph *g,
  60                        real epot[],t_nrnb *nrnb,matrix box,real lambda,
  61                        t_mdatoms *md,int ngrp,real egnb[],real egcoul[]);
  62 /*
  63  * The function calc_bonds() caluclates all bonded force interactions.
  64  * The "bonds" are specified as follows:
  65  *   int nbonds
  66  *          the total number of bonded interactions.
  67  *   t_iatom *forceatoms
  68  *     specifies which atoms are involved in a bond of a certain
  69  *     type, see also struct t_idef.
  70  *   t_functype *functype
  71  *          defines for every bonded force type what type of function to
  72  *     use, see also struct t_idef.
  73  *   t_iparams *forceparams
  74  *          defines the parameters for every bond type, see also struct
  75  *     t_idef.
  76  *   real epot[NR_F]
  77  *     total potential energy split up over the function types.
  78  *   return value:
  79  *          the total potential energy (sum over epot).
  80  */
  81
  82 extern real bond_angle(matrix box,
  83                        rvec xi,rvec xj,rvec xk,                 /* in  */
  84                        rvec r_ij,rvec r_kj,real *costh);        /* out */
  85 /* Calculate bond-angle. No PBC is taken into account (use mol-shift) */
  86
  87 extern real dih_angle(matrix box,
  88                       rvec xi,rvec xj,rvec xk,rvec xl,   /* in */
  89                       rvec r_ij,rvec r_kj,rvec r_kl,rvec m,rvec n, /* out */
  90                       real *cos_phi,real *sign);
  91 /* Calculate dihedral-angle. No PBC is taken into account (use mol-shift) */
  92
  93 extern void do_dih_fup(int i,int j,int k,int l,real ddphi,
  94                        rvec r_ij,rvec r_kj,rvec r_kl,
  95                        rvec m,rvec n,rvec f[],t_forcerec *fr,t_graph *g,
  96                        rvec x[]);
  97 /* Do an update of the forces for dihedral potentials */
  98
  99 /*************************************************************************
 100  *
 101  *  Bonded force functions
 102  *
 103  *************************************************************************/
 104   extern t_ifunc bonds,g96bonds,morsebonds,cubicbonds;
 105   extern t_ifunc angles,g96angles;
 106   extern t_ifunc pdihs,idihs,rbdihs;
 107   extern t_ifunc water_pol,posres,angres,angresz,do_14,unimplemented;
 108
 109 #ifdef CPLUSPLUS
 110 }
 111 #endif
 112
 113 #endif  /* _bondf_h */