docs/user-guide/flow.rst

   1 Flow Chart
   2 ==========
   3
   4 This is a flow chart of a typical GROMACS MD run of a protein
   5 in a box of water.
   6 A more detailed example is available in :doc:`getting-started`.
   7 Several steps of energy minimization may be necessary,
   8 these consist of cycles: :ref:`gmx grompp` -> :ref:`gmx mdrun`.
   9
  10 .. raw:: html
  11
  12    <CENTER>
  13    <TABLE BORDER=0 CELLMARGIN=0 CELLPADDING=0 CELLSPACING=0>
  14
  15    <TR>
  16    <TD COLSPAN="2" STYLE="text-align:right"> <A HREF="file-formats.html#pdb" onMouseOver="window.status='Protein Databank file'; return true">eiwit.pdb</A></TD>
  17    <TD STYLE="text-align:right"><IMG SRC=../images/flow_leftrightdown.gif></TD>
  18    <TD></TD>
  19    <TD></TD>
  20    <TD></TD>
  21    </TR>
  22
  23    <TR>
  24    <TD COLSPAN=2>Generate a GROMACS topology </TD>
  25    <TD></TD>
  26    <TD BGCOLOR=#777777 COLSPAN=3 STYLE="text-align:center"><A HREF=../programs/gmx-pdb2gmx.html onMouseOver="window.status='Convert PDB file to GROMAX coordinate file and topology'; return true"><B>gmx pdb2gmx</B></A></TD>
  27    <TD><IMG SRC=../images/flow_vrule.gif></TD>
  28    </TR>
  29
  30
  31    <TR>
  32    <TD></TD>
  33    <TD></TD>
  34    <TD></TD>
  35    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_vline.gif BORDER=0></TD>
  36    <TD WIDTH=20></TD>
  37    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_vline.gif></TD>
  38    </TR>
  39
  40    <TR>
  41    <TD></TD>
  42    <TD></TD>
  43    <TD></TD>
  44    <TD STYLE="text-align:center"><A HREF="file-formats.html#gro" onMouseOver="window.status='GROMACS coordinate file containing molecules from PDB file'; return true">conf.gro</A></TD>
  45    <TD></TD>
  46    <TD STYLE="text-align:center"> <A HREF="file-formats.html#top" onMouseOver="window.status='GROMACS ascii topology file'; return true">topol.top</A> </TD>
  47    </TR>
  48
  49    <TR>
  50    <TD></TD>
  51    <TD></TD>
  52    <TD></TD>
  53    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_down.gif BORDER=0></TD>
  54    <TD></TD>
  55    <TD ROWSPAN=5 COLSPAN=1 STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_vline.gif><BR><IMG SRC=../images/flow_vline.gif><BR><IMG SRC=../images/flow_vline.gif><BR><IMG SRC=../images/flow_vline.gif><BR><IMG SRC=../images/flow_down.gif></TD>
  56    </TR>
  57
  58    <TR>
  59    <TD COLSPAN=2>Enlarge the box</TD>
  60    <TD></TD>
  61    <TD STYLE="text-align:center" BGCOLOR=#777777><A HREF=../programs/gmx-editconf.html onMouseOver="window.status='Adjust boxsize and placement of molecule'; return true"><B>gmx editconf</B></A></TD>
  62    <TD></TD>
  63    <TD><IMG SRC=../images/flow_vrule.gif></TD>
  64    </TR>
  65
  66    <TR>
  67    <TD></TD>
  68    <TD></TD>
  69    <TD></TD>
  70    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_vline.gif></TD>
  71    <TD></TD>
  72    </TR>
  73
  74    <TR>
  75    <TD></TD>
  76    <TD></TD>
  77    <TD></TD>
  78    <TD STYLE="text-align:center"> <A HREF="file-formats.html#gro" onMouseOver="window.status='GROMACS coordinate file with adjusted box etc.'; return true">conf.gro</A> </TD>
  79    <TD></TD>
  80    </TR>
  81
  82
  83    <TR>
  84    <TD></TD>
  85    <TD></TD>
  86    <TD></TD>
  87    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_down.gif></TD>
  88    <TD></TD>
  89    </TR>
  90
  91    <TR>
  92    <TD COLSPAN=2>Solvate protein</TD>
  93    <TD></TD>
  94    <TD COLSPAN=3 STYLE="text-align:center" BGCOLOR=#777777>&nbsp;<A HREF=../programs/gmx-solvate.html onMouseOver="window.status='Fill box with water (solvate molecule)'; return true"><B>gmx solvate</B></A>&nbsp;</TD>
  95    <TD><IMG SRC=../images/flow_vrule.gif></TD>
  96    </TR>
  97
  98    <TR>
  99    <TD></TD>
 100    <TD></TD>
 101    <TD></TD>
 102    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_vline.gif></TD>
 103    <TD></TD>
 104    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_vline.gif></TD>
 105    </TR>
 106
 107    <TR>
 108    <TD></TD>
 109    <TD></TD>
 110    <TD></TD>
 111    <TD STYLE="text-align:center"><A HREF="file-formats.html#gro" onMouseOver="window.status='GROMACS coordinate file with water molecules added'; return true">conf.gro</A></TD>
 112    <TD></TD>
 113    <TD STYLE="text-align:center"> <A HREF="file-formats.html#top" onMouseOver="window.status='GROMACS ascii topology file with water molecules added'; return true">topol.top</A> </TD>
 114    </TR>
 115
 116    <TR>
 117    <TD COLSPAN=2 STYLE="text-align:right"><A HREF="file-formats.html#mdp" onMouseOver="window.status='Parameter file for grompp (controls all MD parameters)'; return true">grompp.mdp</A></TD>
 118    <TD STYLE="text-align:right">&nbsp;<IMG SRC=../images/flow_leftrightdown.gif></TD>
 119    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_down.gif></TD>
 120    <TD></TD>
 121    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_down.gif></TD>
 122    <TD></TD>
 123    </TR>
 124
 125
 126    <TR>
 127    <TD COLSPAN=2>Generate mdrun input file</TD>
 128    <TD></TD>
 129    <TD COLSPAN=3 STYLE="text-align:center" BGCOLOR=#777777><A HREF=../programs/gmx-grompp.html onMouseOver="window.status='Process parameters, coordinates and topology and write binary topology'; return true"><B>gmx grompp</B></A></TD>
 130    <TD><IMG SRC=../images/flow_vrule.gif></TD>
 131    <TD></TD>
 132    <TD></TD>
 133    </TR>
 134
 135    <TR>
 136    <TD></TD>
 137    <TD></TD>
 138    <TD></TD>
 139    <TD></TD>
 140    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_vline.gif></TD>
 141    <TD ROWSPAN=3 STYLE="text-align:right"><IMG SRC=../images/flow_rightleftdown.gif></TD>
 142    <TD STYLE="text-align:center;vertical-align:bottom">Continuation</TD>
 143    </TR>
 144
 145    <TR>
 146    <TD COLSPAN=2></TD>
 147    <TD></TD>
 148    <TD COLSPAN=3 STYLE="text-align:center"> <A HREF="file-formats.html#tpr" onMouseOver="window.status='Portable GROMACS binary run input file (contains all information to start MD run)'; return true">topol.tpr</A></TD>
 149    <TD STYLE="text-align:center"><A HREF="file-formats.html#cpt" onMouseOver="window.status='Checkpoint file'; return true">state.cpt</A></TD>
 150    </TR>
 151
 152    <TR>
 153    <TD></TD>
 154    <TD></TD>
 155    <TD></TD>
 156    <TD></TD>
 157    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_down.gif></TD>
 158    <TD ROWSPAN=2 STYLE="text-align:center">
 159    <IMG SRC=../images/flow_vline.gif><BR>
 160    <IMG SRC=../images/flow_leftup.gif></TD>
 161    </TR>
 162
 163    <TR>
 164    <TD COLSPAN=2>Run the simulation (EM or MD)</TD>
 165    <TD></TD>
 166    <TD  COLSPAN=3 STYLE="text-align:center" BGCOLOR=#777777>&nbsp;<A HREF=../programs/gmx-mdrun.html onMouseOver="window.status='The moment you have all been waiting for! START YOUR MD RUN'; return true"><B>gmx mdrun</B></A>&nbsp;</TD>
 167    <TD></TD>
 168    </TR>
 169
 170    <TR>
 171    <TD></TD>
 172    <TD></TD>
 173    <TD></TD>
 174    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_vline.gif></TD>
 175    <TD></TD>
 176    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_vline.gif></TD>
 177    </TR>
 178
 179    <TR>
 180    <TD></TD>
 181    <TD></TD>
 182    <TD></TD>
 183    <TD STYLE="text-align:center"> <A HREF="file-formats.html#xtc" onMouseOver="window.status='Portable compressed trajectory'; return true">traj.xtc</A> /
 184    <A HREF="file-formats.html#trr" onMouseOver="window.status='Full precision portable trajectory'; return true">traj.trr</A> </TD>
 185    <TD></TD>
 186    <TD STYLE="text-align:center"> <A HREF="file-formats.html#edr" onMouseOver="window.status='Portable energy file'; return true">ener.edr</A> </TD>
 187    </TR>
 188
 189    <TR>
 190    <TD></TD>
 191    <TD></TD>
 192    <TD></TD>
 193    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_down.gif></TD>
 194    <TD></TD>
 195    <TD STYLE="text-align:center"><IMG SRC=../images/flow_down.gif></TD>
 196    </TR>
 197
 198    <TR>
 199    <TD COLSPAN=2>Analysis</TD>
 200    <TD></TD>
 201    <TD STYLE="text-align:center" BGCOLOR=#777777><A HREF="../programs/bytopic.html" onMouseOver="window.status='Your favourite GROMACS analysis tool'; return true"><B>g_...</B></A><BR><A HREF=../programs/gmx-view.html onMouseOver="window.status='gmx view, the GROMACS trajectory viewer'; return true"><B>gmx view</B></A></TD>
 202    <TD></TD>
 203    <TD STYLE="text-align:center" BGCOLOR=#777777><A HREF=../programs/gmx-energy.html onMouseOver="window.status='Energy plots, averages and  fluctuations'; return true"><B>gmx energy</B></A></TD>
 204    <TD><IMG SRC=../images/flow_vrule.gif></TD>
 205    </TR>
 206
 207
 208    </TABLE>
 209    </CENTER>
 210