docs/user-guide/environment-variables.rst

   1 .. NOTE: Below is a useful bash one-liner to verify whether there are variables in this file
   2 ..        no longer present in the code.
   3 .. ( export INPUT_FILE='docs/user-guide/environment-variables.rst' GIT_PAGER="cat "; for s in $(grep '^`'  $INPUT_FILE | sed 's/`//g' | sed 's/,/ /g'); do count=$(git grep $s | grep -v $INPUT_FILE | wc -l); [ $count -eq 0 ] && printf "%-30s%s\n" $s $count; done ; )
   4 .. Another useful one-liner to find undocumentedvariables:
   5 ..  ( export INPUT_FILE=docs/user-guide/environment-variables.rst; GIT_PAGER="cat ";   for ss in `for s in $(git grep getenv |  sed 's/.*getenv("\(.*\)".*/\1/' | sort -u  | grep '^[A-Z]'); do [ $(grep $s $INPUT_FILE -c) -eq 0 ] && echo $s; done `; do git grep $ss ; done )
   6
   7 Environment Variables
   8 =====================
   9
  10 |Gromacs| programs may be influenced by the use of
  11 environment variables.  First of all, the variables set in
  12 the ``GMXRC`` file are essential for running and
  13 compiling |Gromacs|. Some other useful environment variables are
  14 listed in the following sections. Most environment variables function
  15 by being set in your shell to any non-NULL value. Specific
  16 requirements are described below if other values need to be set. You
  17 should consult the documentation for your shell for instructions on
  18 how to set environment variables in the current shell, or in configuration
  19 files for future shells. Note that requirements for exporting
  20 environment variables to jobs run under batch control systems vary and
  21 you should consult your local documentation for details.
  22
  23 Output Control
  24 --------------
  25 ``GMX_CONSTRAINTVIR``
  26         Print constraint virial and force virial energy terms.
  27
  28 ``GMX_DUMP_NL``
  29         Neighbour list dump level; default 0.
  30
  31 ``GMX_MAXBACKUP``
  32         |Gromacs| automatically backs up old
  33         copies of files when trying to write a new file of the same
  34         name, and this variable controls the maximum number of
  35         backups that will be made, default 99. If set to 0 it fails to
  36         run if any output file already exists. And if set to -1 it
  37         overwrites any output file without making a backup.
  38
  39 ``GMX_NO_QUOTES``
  40         if this is explicitly set, no cool quotes
  41         will be printed at the end of a program.
  42
  43 ``GMX_SUPPRESS_DUMP``
  44         prevent dumping of step files during
  45         (for example) blowing up during failure of constraint
  46         algorithms.
  47
  48 ``GMX_TPI_DUMP``
  49         dump all configurations to a :ref:`pdb`
  50         file that have an interaction energy less than the value set
  51         in this environment variable.
  52
  53 ``GMX_VIEW_XPM``
  54         ``GMX_VIEW_XVG``, ``GMX_VIEW_EPS`` and ``GMX_VIEW_PDB``, commands used to
  55         automatically view :ref:`xvg`, :ref:`xpm`, :ref:`eps`
  56         and :ref:`pdb` file types, respectively; they default to ``xv``, ``xmgrace``,
  57         ``ghostview`` and ``rasmol``. Set to empty to disable
  58         automatic viewing of a particular file type. The command will
  59         be forked off and run in the background at the same priority
  60         as the |Gromacs| tool (which might not be what you want).
  61         Be careful not to use a command which blocks the terminal
  62         (e.g. ``vi``), since multiple instances might be run.
  63
  64 ``GMX_LOG_BUFFER``
  65         the size of the buffer for file I/O. When set
  66         to 0, all file I/O will be unbuffered and therefore very slow.
  67         This can be handy for debugging purposes, because it ensures
  68         that all files are always totally up-to-date.
  69
  70 ``GMX_LOGO_COLOR``
  71         set display color for logo in :ref:`gmx view`.
  72
  73 ``GMX_PRINT_LONGFORMAT``
  74         use long float format when printing
  75         decimal values.
  76
  77 ``GMX_COMPELDUMP``
  78         Applies for computational electrophysiology setups
  79         only (see reference manual). The initial structure gets dumped to
  80         :ref:`pdb` file, which allows to check whether multimeric channels have
  81         the correct PBC representation.
  82
  83 ``GMX_TRAJECTORY_IO_VERBOSITY``
  84         Defaults to 1, which prints frame count e.g. when reading trajectory
  85         files. Set to 0 for quiet operation.
  86
  87 ``GMX_ENABLE_GPU_TIMING``
  88         Enables GPU timings in the log file for CUDA. Note that CUDA timings
  89         are incorrect with multiple streams, as happens with domain
  90         decomposition or with both non-bondeds and PME on the GPU (this is
  91         also the main reason why they are not turned on by default).
  92
  93 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
  94         Disables GPU timings in the log file for OpenCL.
  95
  96 Debugging
  97 ---------
  98 ``GMX_PRINT_DEBUG_LINES``
  99         when set, print debugging info on line numbers.
 100
 101 ``GMX_DD_NST_DUMP``
 102         number of steps that elapse between dumping
 103         the current DD to a PDB file (default 0). This only takes effect
 104         during domain decomposition, so it should typically be
 105         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
 106
 107 ``GMX_DD_NST_DUMP_GRID``
 108         number of steps that elapse between dumping
 109         the current DD grid to a PDB file (default 0). This only takes effect
 110         during domain decomposition, so it should typically be
 111         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
 112
 113 ``GMX_DD_DEBUG``
 114         general debugging trigger for every domain
 115         decomposition (default 0, meaning off). Currently only checks
 116         global-local atom index mapping for consistency.
 117
 118 ``GMX_DD_NPULSE``
 119         over-ride the number of DD pulses used
 120         (default 0, meaning no over-ride). Normally 1 or 2.
 121
 122 ``GMX_DISABLE_ALTERNATING_GPU_WAIT``
 123         disables the specialized polling wait path used to wait for the PME and nonbonded
 124         GPU tasks completion to overlap to do the reduction of the resulting forces that
 125         arrive first. Setting this variable switches to the generic path with fixed waiting
 126         order.
 127
 128 ``GMX_TEST_REQUIRED_NUMBER_OF_DEVICES``
 129         sets the number of GPUs required by the test suite. By default, the test suite would
 130         fall-back to using CPU if GPUs could not be detected. Set it to a positive integer value
 131         to ensure that at least this at least this number of usable GPUs are detected. Default:
 132         0 (not testing GPU availability).
 133
 134 There are a number of extra environment variables like these
 135 that are used in debugging - check the code!
 136
 137 Performance and Run Control
 138 ---------------------------
 139 ``GMX_DO_GALACTIC_DYNAMICS``
 140         planetary simulations are made possible (just for fun) by setting
 141         this environment variable, which allows setting :mdp:`epsilon-r` to -1 in the :ref:`mdp`
 142         file. Normally, :mdp:`epsilon-r` must be greater than zero to prevent a fatal error.
 143         See webpage_ for example input files for a planetary simulation.
 144
 145 ``GMX_BONDED_NTHREAD_UNIFORM``
 146         Value of the number of threads per rank from which to switch from uniform
 147         to localized bonded interaction distribution; optimal value dependent on
 148         system and hardware, default value is 4.
 149
 150 ``GMX_GPU_NB_EWALD_TWINCUT``
 151         force the use of twin-range cutoff kernel even if :mdp:`rvdw` equals
 152         :mdp:`rcoulomb` after PP-PME load balancing. The switch to twin-range kernels is automated,
 153         so this variable should be used only for benchmarking.
 154
 155 ``GMX_GPU_NB_ANA_EWALD``
 156         force the use of analytical Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 157
 158 ``GMX_GPU_NB_TAB_EWALD``
 159         force the use of tabulated Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 160
 161 ``GMX_DISABLE_CUDA_TIMING``
 162         Deprecated. Use ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING`` instead.
 163
 164 ``GMX_GPU_DD_COMMS``
 165         perform domain decomposition halo exchange communication operations (on coordinate and force buffers)
 166         directly on GPU memory spaces, without the staging of data through CPU memory, where possible.
 167
 168 ``GMX_GPU_PME_PP_COMMS``
 169         when the simulation uses a separate PME rank, perform communication operations between PP and PME rank
 170         (for coordinate and force buffers) directly on GPU memory spaces, without the staging of data through CPU
 171         memory, where possible.
 172
 173 ``GMX_GPU_SYCL_NO_SYNCHRONIZE``
 174         disable synchronizations between different GPU streams in SYCL build, instead relying on SYCL runtime to
 175         do scheduling based on data dependencies. Experimental.
 176
 177 ``GMX_CYCLE_ALL``
 178         times all code during runs.  Incompatible with threads.
 179
 180 ``GMX_CYCLE_BARRIER``
 181         calls MPI_Barrier before each cycle start/stop call.
 182
 183 ``GMX_DD_ORDER_ZYX``
 184         build domain decomposition cells in the order
 185         (z, y, x) rather than the default (x, y, z).
 186
 187 ``GMX_DD_USE_SENDRECV2``
 188         during constraint and vsite communication, use a pair
 189         of ``MPI_Sendrecv`` calls instead of two simultaneous non-blocking calls
 190         (default 0, meaning off). Might be faster on some MPI implementations.
 191
 192 ``GMX_DLB_BASED_ON_FLOPS``
 193         do domain-decomposition dynamic load balancing based on flop count rather than
 194         measured time elapsed (default 0, meaning off).
 195         This makes the load balancing reproducible, which can be useful for debugging purposes.
 196         A value of 1 uses the flops; a value > 1 adds (value - 1)*5% of noise to the flops to increase the imbalance and the scaling.
 197
 198 ``GMX_DLB_MAX_BOX_SCALING``
 199         maximum percentage box scaling permitted per domain-decomposition
 200         load-balancing step (default 10)
 201
 202 ``GMX_DD_RECORD_LOAD``
 203         record DD load statistics for reporting at end of the run (default 1, meaning on)
 204
 205 ``GMX_DETAILED_PERF_STATS``
 206         when set, print slightly more detailed performance information
 207         to the :ref:`log` file. The resulting output is the way performance summary is reported in versions
 208         4.5.x and thus may be useful for anyone using scripts to parse :ref:`log` files or standard output.
 209
 210 ``GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS``
 211         disables architecture-specific SIMD-optimized (SSE2, SSE4.1, AVX, etc.)
 212         non-bonded kernels thus forcing the use of plain C kernels.
 213
 214 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
 215         timing of asynchronously executed GPU operations can have a
 216         non-negligible overhead with short step times. Disabling timing can improve performance in these cases.
 217
 218 ``GMX_DISABLE_GPU_DETECTION``
 219         when set, disables GPU detection even if :ref:`gmx mdrun` was compiled
 220         with GPU support.
 221
 222 ``GMX_GPU_APPLICATION_CLOCKS``
 223         setting this variable to a value of "0", "ON", or "DISABLE" (case insensitive)
 224         allows disabling the CUDA GPU allication clock support.
 225
 226 ``GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE``
 227         the number of systems for distance restraint ensemble
 228         averaging. Takes an integer value.
 229
 230 ``GMX_EMULATE_GPU``
 231         emulate GPU runs by using algorithmically equivalent CPU reference code instead of
 232         GPU-accelerated functions. As the CPU code is slow, it is intended to be used only for debugging purposes.
 233
 234 ``GMX_ENX_NO_FATAL``
 235         disable exiting upon encountering a corrupted frame in an :ref:`edr`
 236         file, allowing the use of all frames up until the corruption.
 237
 238 ``GMX_FORCE_UPDATE``
 239         update forces when invoking ``mdrun -rerun``.
 240
 241 ``GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU``
 242         Force update to run on the GPU by default, overriding the ``mdrun -update auto`` option. Works similar to setting
 243         ``mdrun -update gpu``, but (1) falls back to the CPU code-path, if set with input that is not supported and
 244         (2) can be used to run update on GPUs in multi-rank cases. The latter case should be
 245         considered experimental since it lacks substantial testing. Also, GPU update is only supported with the GPU direct
 246         communications and ``GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU`` variable should be set simultaneously with ``GMX_GPU_DD_COMMS``
 247         and ``GMX_GPU_PME_PP_COMMS`` environment variables in multi-rank case. Does not override ``mdrun -update cpu``.
 248
 249 ``GMX_GPU_ID``
 250         set in the same way as ``mdrun -gpu_id``, ``GMX_GPU_ID``
 251         allows the user to specify different GPU IDs for different ranks, which can be useful for selecting different
 252         devices on different compute nodes in a cluster.  Cannot be used in conjunction with ``mdrun -gpu_id``.
 253
 254 ``GMX_GPUTASKS``
 255         set in the same way as ``mdrun -gputasks``, ``GMX_GPUTASKS`` allows the mapping
 256         of GPU tasks to GPU device IDs to be different on different ranks, if e.g. the MPI
 257         runtime permits this variable to be different for different ranks. Cannot be used
 258         in conjunction with ``mdrun -gputasks``. Has all the same requirements as ``mdrun -gputasks``.
 259
 260 ``GMX_GPU_DISABLE_COMPATIBILITY_CHECK``
 261         Disables the hardware compatibility check in OpenCL and SYCL. Useful for developers
 262         and allows testing the OpenCL/SYCL kernels on non-supported platforms without source code modification.
 263
 264 ``GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV``
 265         allow :ref:`gmx mdrun` to continue even if
 266         a file is missing.
 267
 268 ``GMX_LJCOMB_TOL``
 269         when set to a floating-point value, overrides the default tolerance of
 270         1e-5 for force-field floating-point parameters.
 271
 272 ``GMX_MAXCONSTRWARN``
 273         if set to -1, :ref:`gmx mdrun` will
 274         not exit if it produces too many LINCS warnings.
 275
 276 ``GMX_NB_MIN_CI``
 277         neighbor list balancing parameter used when running on GPU. Sets the
 278         target minimum number pair-lists in order to improve multi-processor load-balance for better
 279         performance with small simulation systems. Must be set to a non-negative integer,
 280         the 0 value disables list splitting.
 281         The default value is optimized for supported GPUs
 282         therefore changing it is not necessary for normal usage, but it can be useful on future architectures.
 283
 284 ``GMX_NBLISTCG``
 285         use neighbor list and kernels based on charge groups.
 286
 287 ``GMX_NBNXN_CYCLE``
 288         when set, print detailed neighbor search cycle counting.
 289
 290 ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``
 291         force the use of analytical Ewald non-bonded kernels,
 292         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``.
 293
 294 ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``
 295         force the use of tabulated Ewald non-bonded kernels,
 296         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``.
 297
 298 ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``
 299         force the use of 2x(N+N) SIMD CPU non-bonded kernels,
 300         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``.
 301
 302 ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``
 303         force the use of 4xN SIMD CPU non-bonded kernels,
 304         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``.
 305
 306 ``GMX_NOOPTIMIZEDKERNELS``
 307         deprecated, use ``GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS`` instead.
 308
 309 ``GMX_NO_CART_REORDER``
 310         used in initializing domain decomposition communicators. Rank reordering
 311         is default, but can be switched off with this environment variable.
 312
 313 ``GMX_NO_LJ_COMB_RULE``
 314         force the use of LJ paremeter lookup instead of using combination rules
 315         in the non-bonded kernels.
 316
 317 ``GMX_NO_INT``, ``GMX_NO_TERM``, ``GMX_NO_USR1``
 318         disable signal handlers for SIGINT,
 319         SIGTERM, and SIGUSR1, respectively.
 320
 321 ``GMX_NO_NODECOMM``
 322         do not use separate inter- and intra-node communicators.
 323
 324 ``GMX_NO_NONBONDED``
 325         skip non-bonded calculations; can be used to estimate the possible
 326         performance gain from adding a GPU accelerator to the current hardware setup -- assuming that this is
 327         fast enough to complete the non-bonded calculations while the CPU does bonded force and PME computation.
 328         Freezing the particles will be required to stop the system blowing up.
 329
 330 ``GMX_PULL_PARTICIPATE_ALL``
 331         disable the default heuristic for when to use a separate pull MPI communicator (at >=32 ranks).
 332
 333 ``GMX_NOPREDICT``
 334         shell positions are not predicted.
 335
 336 ``GMX_NO_UPDATEGROUPS``
 337         turns off update groups. May allow for a decomposition of more
 338         domains for small systems at the cost of communication during update.
 339
 340 ``GMX_NSCELL_NCG``
 341         the ideal number of charge groups per neighbor searching grid cell is hard-coded
 342         to a value of 10. Setting this environment variable to any other integer value overrides this hard-coded
 343         value.
 344
 345 ``GMX_PME_NUM_THREADS``
 346         set the number of OpenMP or PME threads; overrides the default set by
 347         :ref:`gmx mdrun`; can be used instead of the ``-npme`` command line option,
 348         also useful to set heterogeneous per-process/-node thread count.
 349
 350 ``GMX_PME_P3M``
 351         use P3M-optimized influence function instead of smooth PME B-spline interpolation.
 352
 353 ``GMX_PME_THREAD_DIVISION``
 354         PME thread division in the format "x y z" for all three dimensions. The
 355         sum of the threads in each dimension must equal the total number of PME threads (set in
 356         :envvar:`GMX_PME_NTHREADS`).
 357
 358 ``GMX_PMEONEDD``
 359         if the number of domain decomposition cells is set to 1 for both x and y,
 360         decompose PME in one dimension.
 361
 362 ``GMX_REQUIRE_SHELL_INIT``
 363         require that shell positions are initiated.
 364
 365 ``GMX_REQUIRE_TABLES``
 366         require the use of tabulated Coulombic
 367         and van der Waals interactions.
 368
 369 ``GMX_TPIC_MASSES``
 370         should contain multiple masses used for test particle insertion into a cavity.
 371         The center of mass of the last atoms is used for insertion into the cavity.
 372
 373 ``GMX_USE_GRAPH``
 374         use graph for bonded interactions.
 375
 376 ``GMX_VERLET_BUFFER_RES``
 377         resolution of buffer size in Verlet cutoff scheme.  The default value is
 378         0.001, but can be overridden with this environment variable.
 379
 380 ``HWLOC_XMLFILE``
 381         Not strictly a |Gromacs| environment variable, but on large machines
 382         the hwloc detection can take a few seconds if you have lots of MPI processes.
 383         If you run the hwloc command :command:`lstopo out.xml` and set this environment
 384         variable to point to the location of this file, the hwloc library will use
 385         the cached information instead, which can be faster.
 386
 387 ``MPIRUN``
 388         the ``mpirun`` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 389
 390 ``MDRUN``
 391         the :ref:`gmx mdrun` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 392
 393 ``GMX_DISABLE_DYNAMICPRUNING``
 394         disables dynamic pair-list pruning. Note that :ref:`gmx mdrun` will
 395         still tune nstlist to the optimal value picked assuming dynamic pruning. Thus
 396         for good performance the -nstlist option should be used.
 397
 398 ``GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING``
 399         overrides the dynamic pair-list pruning interval chosen heuristically
 400         by mdrun. Values should be between the pruning frequency value
 401         (1 for CPU and 2 for GPU) and :mdp:`nstlist` ``- 1``.
 402
 403 .. _opencl-management:
 404
 405 OpenCL management
 406 -----------------
 407 Currently, several environment variables exist that help customize some aspects
 408 of the OpenCL_ version of |Gromacs|. They are mostly related to the runtime
 409 compilation of OpenCL kernels, but they are also used in device selection.
 410
 411 ``GMX_OCL_NOGENCACHE``
 412         If set, disable caching for OpenCL kernel builds. Caching is
 413         normally useful so that future runs can re-use the compiled
 414         kernels from previous runs. Currently, caching is always
 415         disabled, until we solve concurrency issues.
 416
 417 ``GMX_OCL_GENCACHE``
 418         Enable OpenCL binary caching. Only intended to be used for
 419         development and (expert) testing as neither concurrency
 420         nor cache invalidation is implemented safely!
 421
 422 ``GMX_OCL_NOFASTGEN``
 423         If set, generate and compile all algorithm flavors, otherwise
 424         only the flavor required for the simulation is generated and
 425         compiled.
 426
 427 ``GMX_OCL_DISABLE_FASTMATH``
 428         Prevents the use of ``-cl-fast-relaxed-math`` compiler option.
 429
 430 ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 431         If defined, the OpenCL build log is always written to the
 432         mdrun log file. Otherwise, the build log is written to the
 433         log file only when an error occurs.
 434
 435 ``GMX_OCL_VERBOSE``
 436         If defined, it enables verbose mode for OpenCL kernel build.
 437         Currently available only for NVIDIA GPUs. See ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 438         for details about how to obtain the OpenCL build log.
 439
 440 ``GMX_OCL_DUMP_INTERM_FILES``
 441
 442         If defined, intermediate language code corresponding to the
 443         OpenCL build process is saved to file. Caching has to be
 444         turned off in order for this option to take effect (see
 445         ``GMX_OCL_NOGENCACHE``).
 446
 447             - NVIDIA GPUs: PTX code is saved in the current directory
 448               with the name ``device_name.ptx``
 449             - AMD GPUs: ``.IL/.ISA`` files will be created for each OpenCL
 450               kernel built.  For details about where these files are
 451               created check AMD documentation for ``-save-temps`` compiler
 452               option.
 453
 454 ``GMX_OCL_DEBUG``
 455         Use in conjunction with ``OCL_FORCE_CPU`` or with an AMD device.
 456         It adds the debug flag to the compiler options (-g).
 457
 458 ``GMX_OCL_NOOPT``
 459         Disable optimisations. Adds the option ``cl-opt-disable`` to the
 460         compiler options.
 461
 462 ``GMX_OCL_FORCE_CPU``
 463         Force the selection of a CPU device instead of a GPU.  This
 464         exists only for debugging purposes. Do not expect |Gromacs| to
 465         function properly with this option on, it is solely for the
 466         simplicity of stepping in a kernel and see what is happening.
 467
 468 ``GMX_OCL_DISABLE_I_PREFETCH``
 469         Disables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowing
 470         testing.
 471
 472 ``GMX_OCL_ENABLE_I_PREFETCH``
 473         Enables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowing
 474         testing on platforms where this behavior is not default.
 475
 476 ``GMX_OCL_FILE_PATH``
 477         Use this parameter to force |Gromacs| to load the OpenCL
 478         kernels from a custom location. Use it only if you want to
 479         override |Gromacs| default behavior, or if you want to test
 480         your own kernels.
 481
 482 ``GMX_OCL_SHOW_DIAGNOSTICS``
 483         Use Intel OpenCL extension to show additional runtime performance
 484         diagnostics.
 485
 486 Analysis and Core Functions
 487 ---------------------------
 488
 489 ``DSSP``
 490         used by :ref:`gmx do_dssp` to point to the ``dssp``
 491         executable (not just its path).
 492
 493 ``GMX_DIPOLE_SPACING``
 494         spacing used by :ref:`gmx dipoles`.
 495
 496 ``GMX_MAXRESRENUM``
 497         sets the maximum number of residues to be renumbered by
 498         :ref:`gmx grompp`. A value of -1 indicates all residues should be renumbered.
 499
 500 ``GMX_NO_FFRTP_TER_RENAME``
 501         Some force fields (like AMBER) use specific names for N- and C-
 502         terminal residues (NXXX and CXXX) as :ref:`rtp` entries that are normally renamed. Setting
 503         this environment variable disables this renaming.
 504
 505 ``GMX_FONT``
 506         name of X11 font used by :ref:`gmx view`.
 507
 508 ``GMXTIMEUNIT``
 509         the time unit used in output files, can be
 510         anything in fs, ps, ns, us, ms, s, m or h.
 511
 512 ``MULTIPROT``
 513         name of the ``multiprot`` executable, used by the
 514         contributed program ``do_multiprot``.
 515
 516 ``NCPUS``
 517         number of CPUs to be used for Gaussian QM calculation
 518
 519 ``GMX_TOTAL``
 520         name of the ``total`` executable used by the contributed
 521         ``do_shift`` program.
 522
 523 ``GMX_ENER_VERBOSE``
 524         make :ref:`gmx energy` and :ref:`gmx eneconv`
 525         loud and noisy.
 526
 527 ``VMD_PLUGIN_PATH``
 528         where to find VMD plug-ins. Needed to be
 529         able to read file formats recognized only by a VMD plug-in.
 530
 531 ``VMDDIR``
 532         base path of VMD installation.
 533
 534 ``GMX_USE_XMGR``
 535         sets viewer to ``xmgr`` (deprecated) instead of ``xmgrace``.