docs/user-guide/environment-variables.rst

   1 Environment Variables
   2 =====================
   3
   4 |Gromacs| programs may be influenced by the use of
   5 environment variables.  First of all, the variables set in
   6 the ``GMXRC`` file are essential for running and
   7 compiling |Gromacs|. Some other useful environment variables are
   8 listed in the following sections. Most environment variables function
   9 by being set in your shell to any non-NULL value. Specific
  10 requirements are described below if other values need to be set. You
  11 should consult the documentation for your shell for instructions on
  12 how to set environment variables in the current shell, or in configuration
  13 files for future shells. Note that requirements for exporting
  14 environment variables to jobs run under batch control systems vary and
  15 you should consult your local documentation for details.
  16
  17 Output Control
  18 --------------
  19 ``GMX_CONSTRAINTVIR``
  20         Print constraint virial and force virial energy terms.
  21
  22 ``GMX_MAXBACKUP``
  23         |Gromacs| automatically backs up old
  24         copies of files when trying to write a new file of the same
  25         name, and this variable controls the maximum number of
  26         backups that will be made, default 99. If set to 0 it fails to
  27         run if any output file already exists. And if set to -1 it
  28         overwrites any output file without making a backup.
  29
  30 ``GMX_NO_QUOTES``
  31         if this is explicitly set, no cool quotes
  32         will be printed at the end of a program.
  33
  34 ``GMX_SUPPRESS_DUMP``
  35         prevent dumping of step files during
  36         (for example) blowing up during failure of constraint
  37         algorithms.
  38
  39 ``GMX_TPI_DUMP``
  40         dump all configurations to a :ref:`pdb`
  41         file that have an interaction energy less than the value set
  42         in this environment variable.
  43
  44 ``GMX_VIEW_XPM``
  45         ``GMX_VIEW_XVG``, ``GMX_VIEW_EPS`` and ``GMX_VIEW_PDB``, commands used to
  46         automatically view :ref:`xvg`, :ref:`xpm`, :ref:`eps`
  47         and :ref:`pdb` file types, respectively; they default to ``xv``, ``xmgrace``,
  48         ``ghostview`` and ``rasmol``. Set to empty to disable
  49         automatic viewing of a particular file type. The command will
  50         be forked off and run in the background at the same priority
  51         as the |Gromacs| tool (which might not be what you want).
  52         Be careful not to use a command which blocks the terminal
  53         (e.g. ``vi``), since multiple instances might be run.
  54
  55 ``GMX_VIRIAL_TEMPERATURE``
  56         print virial temperature energy term
  57
  58 ``GMX_LOG_BUFFER``
  59         the size of the buffer for file I/O. When set
  60         to 0, all file I/O will be unbuffered and therefore very slow.
  61         This can be handy for debugging purposes, because it ensures
  62         that all files are always totally up-to-date.
  63
  64 ``GMX_LOGO_COLOR``
  65         set display color for logo in :ref:`gmx view`.
  66
  67 ``GMX_PRINT_LONGFORMAT``
  68         use long float format when printing
  69         decimal values.
  70
  71 ``GMX_COMPELDUMP``
  72         Applies for computational electrophysiology setups
  73         only (see reference manual). The initial structure gets dumped to
  74         :ref:`pdb` file, which allows to check whether multimeric channels have
  75         the correct PBC representation.
  76
  77 ``GMX_TRAJECTORY_IO_VERBOSITY``
  78         Defaults to 1, which prints frame count e.g. when reading trajectory
  79         files. Set to 0 for quiet operation.
  80
  81 Debugging
  82 ---------
  83 ``GMX_PRINT_DEBUG_LINES``
  84         when set, print debugging info on line numbers.
  85
  86 ``GMX_DD_NST_DUMP``
  87         number of steps that elapse between dumping
  88         the current DD to a PDB file (default 0). This only takes effect
  89         during domain decomposition, so it should typically be
  90         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
  91
  92 ``GMX_DD_NST_DUMP_GRID``
  93         number of steps that elapse between dumping
  94         the current DD grid to a PDB file (default 0). This only takes effect
  95         during domain decomposition, so it should typically be
  96         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
  97
  98 ``GMX_DD_DEBUG``
  99         general debugging trigger for every domain
 100         decomposition (default 0, meaning off). Currently only checks
 101         global-local atom index mapping for consistency.
 102
 103 ``GMX_DD_NPULSE``
 104         over-ride the number of DD pulses used
 105         (default 0, meaning no over-ride). Normally 1 or 2.
 106
 107 There are a number of extra environment variables like these
 108 that are used in debugging - check the code!
 109
 110 Performance and Run Control
 111 ---------------------------
 112 ``GMX_DO_GALACTIC_DYNAMICS``
 113         planetary simulations are made possible (just for fun) by setting
 114         this environment variable, which allows setting :mdp:`epsilon-r` to -1 in the :ref:`mdp`
 115         file. Normally, :mdp:`epsilon-r` must be greater than zero to prevent a fatal error.
 116         See webpage_ for example input files for a planetary simulation.
 117
 118 ``GMX_ALLOW_CPT_MISMATCH``
 119         when set, runs will not exit if the
 120         ensemble set in the :ref:`tpr` file does not match that of the
 121         :ref:`cpt` file.
 122
 123 ``GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT``
 124         force the use of twin-range cutoff kernel even if :mdp:`rvdw` equals
 125         :mdp:`rcoulomb` after PP-PME load balancing. The switch to twin-range kernels is automated,
 126         so this variable should be used only for benchmarking.
 127
 128 ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``
 129         force the use of analytical Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 130
 131 ``GMX_CUDA_NB_TAB_EWALD``
 132         force the use of tabulated Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 133
 134 ``GMX_CUDA_STREAMSYNC``
 135         force the use of cudaStreamSynchronize on ECC-enabled GPUs, which leads
 136         to performance loss due to a known CUDA driver bug present in API v5.0 NVIDIA drivers (pre-30x.xx).
 137         Cannot be set simultaneously with ``GMX_NO_CUDA_STREAMSYNC``.
 138
 139 ``GMX_DISABLE_CUDALAUNCH``
 140         disable the use of the lower-latency cudaLaunchKernel API even when supported (CUDA >=v7.0).
 141         Should only be used for benchmarking purposes.
 142
 143 ``GMX_DISABLE_CUDA_TIMING``
 144         Disables GPU timing of CUDA tasks; synonymous with ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``.
 145
 146 ``GMX_CYCLE_ALL``
 147         times all code during runs.  Incompatible with threads.
 148
 149 ``GMX_CYCLE_BARRIER``
 150         calls MPI_Barrier before each cycle start/stop call.
 151
 152 ``GMX_DD_ORDER_ZYX``
 153         build domain decomposition cells in the order
 154         (z, y, x) rather than the default (x, y, z).
 155
 156 ``GMX_DD_USE_SENDRECV2``
 157         during constraint and vsite communication, use a pair
 158         of ``MPI_Sendrecv`` calls instead of two simultaneous non-blocking calls
 159         (default 0, meaning off). Might be faster on some MPI implementations.
 160
 161 ``GMX_DLB_BASED_ON_FLOPS``
 162         do domain-decomposition dynamic load balancing based on flop count rather than
 163         measured time elapsed (default 0, meaning off).
 164         This makes the load balancing reproducible, which can be useful for debugging purposes.
 165         A value of 1 uses the flops; a value > 1 adds (value - 1)*5% of noise to the flops to increase the imbalance and the scaling.
 166
 167 ``GMX_DLB_MAX_BOX_SCALING``
 168         maximum percentage box scaling permitted per domain-decomposition
 169         load-balancing step (default 10)
 170
 171 ``GMX_DD_RECORD_LOAD``
 172         record DD load statistics for reporting at end of the run (default 1, meaning on)
 173
 174 ``GMX_DETAILED_PERF_STATS``
 175         when set, print slightly more detailed performance information
 176         to the :ref:`log` file. The resulting output is the way performance summary is reported in versions
 177         4.5.x and thus may be useful for anyone using scripts to parse :ref:`log` files or standard output.
 178
 179 ``GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS``
 180         disables architecture-specific SIMD-optimized (SSE2, SSE4.1, AVX, etc.)
 181         non-bonded kernels thus forcing the use of plain C kernels.
 182
 183 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
 184         timing of asynchronously executed GPU operations can have a
 185         non-negligible overhead with short step times. Disabling timing can improve performance in these cases.
 186
 187 ``GMX_DISABLE_GPU_DETECTION``
 188         when set, disables GPU detection even if :ref:`gmx mdrun` was compiled
 189         with GPU support.
 190
 191 ``GMX_GPU_APPLICATION_CLOCKS``
 192         setting this variable to a value of "0", "ON", or "DISABLE" (case insensitive)
 193         allows disabling the CUDA GPU allication clock support.
 194
 195 ``GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE``
 196         the number of systems for distance restraint ensemble
 197         averaging. Takes an integer value.
 198
 199 ``GMX_EMULATE_GPU``
 200         emulate GPU runs by using algorithmically equivalent CPU reference code instead of
 201         GPU-accelerated functions. As the CPU code is slow, it is intended to be used only for debugging purposes.
 202
 203 ``GMX_ENX_NO_FATAL``
 204         disable exiting upon encountering a corrupted frame in an :ref:`edr`
 205         file, allowing the use of all frames up until the corruption.
 206
 207 ``GMX_FORCE_UPDATE``
 208         update forces when invoking ``mdrun -rerun``.
 209
 210 ``GMX_GPU_ID``
 211         set in the same way as ``mdrun -gpu_id``, ``GMX_GPU_ID``
 212         allows the user to specify different GPU id-s, which can be useful for selecting different
 213         devices on different compute nodes in a cluster.  Cannot be used in conjunction with ``mdrun -gpu_id``.
 214
 215 ``GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV``
 216         allow :ref:`gmx mdrun` to continue even if
 217         a file is missing.
 218
 219 ``GMX_LJCOMB_TOL``
 220         when set to a floating-point value, overrides the default tolerance of
 221         1e-5 for force-field floating-point parameters.
 222
 223 ``GMX_MAXCONSTRWARN``
 224         if set to -1, :ref:`gmx mdrun` will
 225         not exit if it produces too many LINCS warnings.
 226
 227 ``GMX_NB_GENERIC``
 228         use the generic C kernel.  Should be set if using
 229         the group-based cutoff scheme and also sets ``GMX_NO_SOLV_OPT`` to be true,
 230         thus disabling solvent optimizations as well.
 231
 232 ``GMX_NB_MIN_CI``
 233         neighbor list balancing parameter used when running on GPU. Sets the
 234         target minimum number pair-lists in order to improve multi-processor load-balance for better
 235         performance with small simulation systems. Must be set to a non-negative integer,
 236         the 0 value disables list splitting.
 237         The default value is optimized for supported GPUs (NVIDIA Fermi to Maxwell),
 238         therefore changing it is not necessary for normal usage, but it can be useful on future architectures.
 239
 240 ``GMX_NBLISTCG``
 241         use neighbor list and kernels based on charge groups.
 242
 243 ``GMX_NBNXN_CYCLE``
 244         when set, print detailed neighbor search cycle counting.
 245
 246 ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``
 247         force the use of analytical Ewald non-bonded kernels,
 248         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``.
 249
 250 ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``
 251         force the use of tabulated Ewald non-bonded kernels,
 252         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``.
 253
 254 ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``
 255         force the use of 2x(N+N) SIMD CPU non-bonded kernels,
 256         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``.
 257
 258 ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``
 259         force the use of 4xN SIMD CPU non-bonded kernels,
 260         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``.
 261
 262 ``GMX_NO_ALLVSALL``
 263         disables optimized all-vs-all kernels.
 264
 265 ``GMX_NO_CART_REORDER``
 266         used in initializing domain decomposition communicators. Rank reordering
 267         is default, but can be switched off with this environment variable.
 268
 269 ``GMX_NO_LJ_COMB_RULE``
 270         force the use of LJ paremeter lookup instead of using combination rules
 271         in the non-bonded kernels.
 272
 273 ``GMX_NO_CUDA_STREAMSYNC``
 274         the opposite of ``GMX_CUDA_STREAMSYNC``. Disables the use of the
 275         standard cudaStreamSynchronize-based GPU waiting to improve performance when using CUDA driver API
 276         ealier than v5.0 with ECC-enabled GPUs.
 277
 278 ``GMX_NO_INT``, ``GMX_NO_TERM``, ``GMX_NO_USR1``
 279         disable signal handlers for SIGINT,
 280         SIGTERM, and SIGUSR1, respectively.
 281
 282 ``GMX_NO_NODECOMM``
 283         do not use separate inter- and intra-node communicators.
 284
 285 ``GMX_NO_NONBONDED``
 286         skip non-bonded calculations; can be used to estimate the possible
 287         performance gain from adding a GPU accelerator to the current hardware setup -- assuming that this is
 288         fast enough to complete the non-bonded calculations while the CPU does bonded force and PME computation.
 289         Freezing the particles will be required to stop the system blowing up.
 290
 291 ``GMX_NO_PULLVIR``
 292         when set, do not add virial contribution to COM pull forces.
 293
 294 ``GMX_NOPREDICT``
 295         shell positions are not predicted.
 296
 297 ``GMX_NO_SOLV_OPT``
 298         turns off solvent optimizations; automatic if ``GMX_NB_GENERIC``
 299         is enabled.
 300
 301 ``GMX_NSCELL_NCG``
 302         the ideal number of charge groups per neighbor searching grid cell is hard-coded
 303         to a value of 10. Setting this environment variable to any other integer value overrides this hard-coded
 304         value.
 305
 306 ``GMX_PME_NTHREADS``
 307         set the number of OpenMP or PME threads (overrides the number guessed by
 308         :ref:`gmx mdrun`.
 309
 310 ``GMX_PME_P3M``
 311         use P3M-optimized influence function instead of smooth PME B-spline interpolation.
 312
 313 ``GMX_PME_THREAD_DIVISION``
 314         PME thread division in the format "x y z" for all three dimensions. The
 315         sum of the threads in each dimension must equal the total number of PME threads (set in
 316         `GMX_PME_NTHREADS`).
 317
 318 ``GMX_PMEONEDD``
 319         if the number of domain decomposition cells is set to 1 for both x and y,
 320         decompose PME in one dimension.
 321
 322 ``GMX_REQUIRE_SHELL_INIT``
 323         require that shell positions are initiated.
 324
 325 ``GMX_REQUIRE_TABLES``
 326         require the use of tabulated Coulombic
 327         and van der Waals interactions.
 328
 329 ``GMX_SCSIGMA_MIN``
 330         the minimum value for soft-core sigma. **Note** that this value is set
 331         using the :mdp:`sc-sigma` keyword in the :ref:`mdp` file, but this environment variable can be used
 332         to reproduce pre-4.5 behavior with respect to this parameter.
 333
 334 ``GMX_TPIC_MASSES``
 335         should contain multiple masses used for test particle insertion into a cavity.
 336         The center of mass of the last atoms is used for insertion into the cavity.
 337
 338 ``GMX_USE_GRAPH``
 339         use graph for bonded interactions.
 340
 341 ``GMX_VERLET_BUFFER_RES``
 342         resolution of buffer size in Verlet cutoff scheme.  The default value is
 343         0.001, but can be overridden with this environment variable.
 344
 345 ``HWLOC_XMLFILE``
 346         Not strictly a |Gromacs| environment variable, but on large machines
 347         the hwloc detection can take a few seconds if you have lots of MPI processes.
 348         If you run the hwloc command `lstopo out.xml` and set this environment
 349         variable to point to the location of this file, the hwloc library will use
 350         the cached information instead, which can be faster.
 351
 352 ``MPIRUN``
 353         the ``mpirun`` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 354
 355 ``MDRUN``
 356         the :ref:`gmx mdrun` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 357
 358 ``GMX_DISABLE_DYNAMICPRUNING``
 359         disables dynamic pair-list pruning. Note that :ref:`gmx mdrun` will
 360         still tune nstlist to the optimal value picked assuming dynamic pruning. Thus
 361         for good performance the -nstlist option should be used.
 362
 363 ``GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING``
 364         overrides the dynamic pair-list pruning interval chosen heuristically
 365         by mdrun. Values should be between the pruning frequency value
 366         (1 for CPU and 2 for GPU) and :mdp:`nstlist - 1`.
 367
 368 ``GMX_USE_TREEREDUCE``
 369         use tree reduction for nbnxn force reduction. Potentially faster for large number of
 370         OpenMP threads (if memory locality is important).
 371
 372 .. _opencl-management:
 373
 374 OpenCL management
 375 -----------------
 376 Currently, several environment variables exist that help customize some aspects
 377 of the OpenCL_ version of |Gromacs|. They are mostly related to the runtime
 378 compilation of OpenCL kernels, but they are also used in device selection.
 379
 380 ``GMX_OCL_NOGENCACHE``
 381         If set, disable caching for OpenCL kernel builds. Caching is
 382         normally useful so that future runs can re-use the compiled
 383         kernels from previous runs. Currently, caching is always
 384         disabled, until we solve concurrency issues.
 385
 386 ``GMX_OCL_GENCACHE``
 387         Enable OpenCL binary caching. Only intended to be used for
 388         development and (expert) testing as neither concurrency
 389         nor cache invalidation is implemented safely!
 390
 391 ``GMX_OCL_NOFASTGEN``
 392         If set, generate and compile all algorithm flavors, otherwise
 393         only the flavor required for the simulation is generated and
 394         compiled.
 395
 396 ``GMX_OCL_DISABLE_FASTMATH``
 397         Prevents the use of ``-cl-fast-relaxed-math`` compiler option.
 398
 399 ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 400         If defined, the OpenCL build log is always written to the
 401         mdrun log file. Otherwise, the build log is written to the
 402         log file only when an error occurs.
 403
 404 ``GMX_OCL_VERBOSE``
 405         If defined, it enables verbose mode for OpenCL kernel build.
 406         Currently available only for NVIDIA GPUs. See ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 407         for details about how to obtain the OpenCL build log.
 408
 409 ``GMX_OCL_DUMP_INTERM_FILES``
 410
 411         If defined, intermediate language code corresponding to the
 412         OpenCL build process is saved to file. Caching has to be
 413         turned off in order for this option to take effect (see
 414         ``GMX_OCL_NOGENCACHE``).
 415
 416             - NVIDIA GPUs: PTX code is saved in the current directory
 417               with the name ``device_name.ptx``
 418             - AMD GPUs: ``.IL/.ISA`` files will be created for each OpenCL
 419               kernel built.  For details about where these files are
 420               created check AMD documentation for ``-save-temps`` compiler
 421               option.
 422
 423 ``GMX_OCL_DEBUG``
 424         Use in conjunction with ``OCL_FORCE_CPU`` or with an AMD device.
 425         It adds the debug flag to the compiler options (-g).
 426
 427 ``GMX_OCL_NOOPT``
 428         Disable optimisations. Adds the option ``cl-opt-disable`` to the
 429         compiler options.
 430
 431 ``GMX_OCL_FORCE_CPU``
 432         Force the selection of a CPU device instead of a GPU.  This
 433         exists only for debugging purposes. Do not expect |Gromacs| to
 434         function properly with this option on, it is solely for the
 435         simplicity of stepping in a kernel and see what is happening.
 436
 437 ``GMX_OCL_DISABLE_I_PREFETCH``
 438         Disables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowig
 439         testing.
 440
 441 ``GMX_OCL_ENABLE_I_PREFETCH``
 442         Enables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowig
 443         testing on platforms where this behavior is not default.
 444
 445 ``GMX_OCL_NB_ANA_EWALD``
 446         Forces the use of analytical Ewald kernels. Equivalent of
 447         CUDA environment variable ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``
 448
 449 ``GMX_OCL_NB_TAB_EWALD``
 450         Forces the use of tabulated Ewald kernel. Equivalent
 451         of CUDA environment variable ``GMX_OCL_NB_TAB_EWALD``
 452
 453 ``GMX_OCL_NB_EWALD_TWINCUT``
 454         Forces the use of twin-range cutoff kernel. Equivalent of
 455         CUDA environment variable ``GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT``
 456
 457 ``GMX_DISABLE_OCL_TIMING``
 458         Disables timing for OpenCL operations
 459
 460 ``GMX_OCL_FILE_PATH``
 461         Use this parameter to force |Gromacs| to load the OpenCL
 462         kernels from a custom location. Use it only if you want to
 463         override |Gromacs| default behavior, or if you want to test
 464         your own kernels.
 465
 466 ``GMX_OCL_DISABLE_COMPATIBILITY_CHECK``
 467         Disables the hardware compatibility check. Useful for developers
 468         and allows testing the OpenCL kernels on non-supported platforms
 469         (like Intel iGPUs) without source code modification.
 470
 471 Analysis and Core Functions
 472 ---------------------------
 473 ``GMX_QM_ACCURACY``
 474         accuracy in Gaussian L510 (MC-SCF) component program.
 475
 476 ``GMX_QM_ORCA_BASENAME``
 477         prefix of :ref:`tpr` files, used in Orca calculations
 478         for input and output file names.
 479
 480 ``GMX_QM_CPMCSCF``
 481         when set to a nonzero value, Gaussian QM calculations will
 482         iteratively solve the CP-MCSCF equations.
 483
 484 ``GMX_QM_MODIFIED_LINKS_DIR``
 485         location of modified links in Gaussian.
 486
 487 ``DSSP``
 488         used by :ref:`gmx do_dssp` to point to the ``dssp``
 489         executable (not just its path).
 490
 491 ``GMX_QM_GAUSS_DIR``
 492         directory where Gaussian is installed.
 493
 494 ``GMX_QM_GAUSS_EXE``
 495         name of the Gaussian executable.
 496
 497 ``GMX_DIPOLE_SPACING``
 498         spacing used by :ref:`gmx dipoles`.
 499
 500 ``GMX_MAXRESRENUM``
 501         sets the maximum number of residues to be renumbered by
 502         :ref:`gmx grompp`. A value of -1 indicates all residues should be renumbered.
 503
 504 ``GMX_FFRTP_TER_RENAME``
 505         Some force fields (like AMBER) use specific names for N- and C-
 506         terminal residues (NXXX and CXXX) as :ref:`rtp` entries that are normally renamed. Setting
 507         this environment variable disables this renaming.
 508
 509 ``GMX_PATH_GZIP``
 510         ``gunzip`` executable, used by :ref:`gmx wham`.
 511
 512 ``GMX_FONT``
 513         name of X11 font used by :ref:`gmx view`.
 514
 515 ``GMXTIMEUNIT``
 516         the time unit used in output files, can be
 517         anything in fs, ps, ns, us, ms, s, m or h.
 518
 519 ``GMX_QM_GAUSSIAN_MEMORY``
 520         memory used for Gaussian QM calculation.
 521
 522 ``MULTIPROT``
 523         name of the ``multiprot`` executable, used by the
 524         contributed program ``do_multiprot``.
 525
 526 ``NCPUS``
 527         number of CPUs to be used for Gaussian QM calculation
 528
 529 ``GMX_ORCA_PATH``
 530         directory where Orca is installed.
 531
 532 ``GMX_QM_SA_STEP``
 533         simulated annealing step size for Gaussian QM calculation.
 534
 535 ``GMX_QM_GROUND_STATE``
 536         defines state for Gaussian surface hopping calculation.
 537
 538 ``GMX_TOTAL``
 539         name of the ``total`` executable used by the contributed
 540         ``do_shift`` program.
 541
 542 ``GMX_ENER_VERBOSE``
 543         make :ref:`gmx energy` and :ref:`gmx eneconv`
 544         loud and noisy.
 545
 546 ``VMD_PLUGIN_PATH``
 547         where to find VMD plug-ins. Needed to be
 548         able to read file formats recognized only by a VMD plug-in.
 549
 550 ``VMDDIR``
 551         base path of VMD installation.
 552
 553 ``GMX_USE_XMGR``
 554         sets viewer to ``xmgr`` (deprecated) instead of ``xmgrace``.