docs/user-guide/environment-variables.rst

   1 Environment Variables
   2 =====================
   3
   4 |Gromacs| programs may be influenced by the use of
   5 environment variables.  First of all, the variables set in
   6 the ``GMXRC`` file are essential for running and
   7 compiling |Gromacs|. Some other useful environment variables are
   8 listed in the following sections. Most environment variables function
   9 by being set in your shell to any non-NULL value. Specific
  10 requirements are described below if other values need to be set. You
  11 should consult the documentation for your shell for instructions on
  12 how to set environment variables in the current shell, or in configuration
  13 files for future shells. Note that requirements for exporting
  14 environment variables to jobs run under batch control systems vary and
  15 you should consult your local documentation for details.
  16
  17 Output Control
  18 --------------
  19 ``GMX_CONSTRAINTVIR``
  20         Print constraint virial and force virial energy terms.
  21
  22 ``GMX_MAXBACKUP``
  23         |Gromacs| automatically backs up old
  24         copies of files when trying to write a new file of the same
  25         name, and this variable controls the maximum number of
  26         backups that will be made, default 99. If set to 0 it fails to
  27         run if any output file already exists. And if set to -1 it
  28         overwrites any output file without making a backup.
  29
  30 ``GMX_NO_QUOTES``
  31         if this is explicitly set, no cool quotes
  32         will be printed at the end of a program.
  33
  34 ``GMX_SUPPRESS_DUMP``
  35         prevent dumping of step files during
  36         (for example) blowing up during failure of constraint
  37         algorithms.
  38
  39 ``GMX_TPI_DUMP``
  40         dump all configurations to a :ref:`pdb`
  41         file that have an interaction energy less than the value set
  42         in this environment variable.
  43
  44 ``GMX_VIEW_XPM``
  45         ``GMX_VIEW_XVG``, ``GMX_VIEW_EPS`` and ``GMX_VIEW_PDB``, commands used to
  46         automatically view :ref:`xvg`, :ref:`xpm`, :ref:`eps`
  47         and :ref:`pdb` file types, respectively; they default to ``xv``, ``xmgrace``,
  48         ``ghostview`` and ``rasmol``. Set to empty to disable
  49         automatic viewing of a particular file type. The command will
  50         be forked off and run in the background at the same priority
  51         as the |Gromacs| tool (which might not be what you want).
  52         Be careful not to use a command which blocks the terminal
  53         (e.g. ``vi``), since multiple instances might be run.
  54
  55 ``GMX_VIRIAL_TEMPERATURE``
  56         print virial temperature energy term
  57
  58 ``GMX_LOG_BUFFER``
  59         the size of the buffer for file I/O. When set
  60         to 0, all file I/O will be unbuffered and therefore very slow.
  61         This can be handy for debugging purposes, because it ensures
  62         that all files are always totally up-to-date.
  63
  64 ``GMX_LOGO_COLOR``
  65         set display color for logo in :ref:`gmx view`.
  66
  67 ``GMX_PRINT_LONGFORMAT``
  68         use long float format when printing
  69         decimal values.
  70
  71 ``GMX_COMPELDUMP``
  72         Applies for computational electrophysiology setups
  73         only (see reference manual). The initial structure gets dumped to
  74         :ref:`pdb` file, which allows to check whether multimeric channels have
  75         the correct PBC representation.
  76
  77 ``GMX_TRAJECTORY_IO_VERBOSITY``
  78         Defaults to 1, which prints frame count e.g. when reading trajectory
  79         files. Set to 0 for quiet operation.
  80
  81 ``GMX_ENABLE_GPU_TIMING``
  82         Enables GPU timings in the log file for CUDA. Note that CUDA timings
  83         are incorrect with multiple streams, as happens with domain
  84         decomposition or with both non-bondeds and PME on the GPU (this is
  85         also the main reason why they are not turned on by default).
  86
  87 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
  88         Disables GPU timings in the log file for OpenCL.
  89
  90 Debugging
  91 ---------
  92 ``GMX_PRINT_DEBUG_LINES``
  93         when set, print debugging info on line numbers.
  94
  95 ``GMX_DD_NST_DUMP``
  96         number of steps that elapse between dumping
  97         the current DD to a PDB file (default 0). This only takes effect
  98         during domain decomposition, so it should typically be
  99         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
 100
 101 ``GMX_DD_NST_DUMP_GRID``
 102         number of steps that elapse between dumping
 103         the current DD grid to a PDB file (default 0). This only takes effect
 104         during domain decomposition, so it should typically be
 105         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
 106
 107 ``GMX_DD_DEBUG``
 108         general debugging trigger for every domain
 109         decomposition (default 0, meaning off). Currently only checks
 110         global-local atom index mapping for consistency.
 111
 112 ``GMX_DD_NPULSE``
 113         over-ride the number of DD pulses used
 114         (default 0, meaning no over-ride). Normally 1 or 2.
 115
 116 ``GMX_DISABLE_ALTERNATING_GPU_WAIT``
 117         disables the specialized polling wait path used to wait for the PME and nonbonded
 118         GPU tasks completion to overlap to do the reduction of the resulting forces that
 119         arrive first. Setting this variable switches to the generic path with fixed waiting
 120         order.
 121
 122 There are a number of extra environment variables like these
 123 that are used in debugging - check the code!
 124
 125 Performance and Run Control
 126 ---------------------------
 127 ``GMX_DO_GALACTIC_DYNAMICS``
 128         planetary simulations are made possible (just for fun) by setting
 129         this environment variable, which allows setting :mdp:`epsilon-r` to -1 in the :ref:`mdp`
 130         file. Normally, :mdp:`epsilon-r` must be greater than zero to prevent a fatal error.
 131         See webpage_ for example input files for a planetary simulation.
 132
 133 ``GMX_ALLOW_CPT_MISMATCH``
 134         when set, runs will not exit if the
 135         ensemble set in the :ref:`tpr` file does not match that of the
 136         :ref:`cpt` file.
 137
 138 ``GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT``
 139         force the use of twin-range cutoff kernel even if :mdp:`rvdw` equals
 140         :mdp:`rcoulomb` after PP-PME load balancing. The switch to twin-range kernels is automated,
 141         so this variable should be used only for benchmarking.
 142
 143 ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``
 144         force the use of analytical Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 145
 146 ``GMX_CUDA_NB_TAB_EWALD``
 147         force the use of tabulated Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 148
 149 ``GMX_CUDA_STREAMSYNC``
 150         force the use of cudaStreamSynchronize on ECC-enabled GPUs, which leads
 151         to performance loss due to a known CUDA driver bug present in API v5.0 NVIDIA drivers (pre-30x.xx).
 152         Cannot be set simultaneously with ``GMX_NO_CUDA_STREAMSYNC``.
 153
 154 ``GMX_DISABLE_CUDALAUNCH``
 155         disable the use of the lower-latency cudaLaunchKernel API even when supported (CUDA >=v7.0).
 156         Should only be used for benchmarking purposes.
 157
 158 ``GMX_DISABLE_CUDA_TIMING``
 159         Disables GPU timing of CUDA tasks; synonymous with ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``.
 160
 161 ``GMX_CYCLE_ALL``
 162         times all code during runs.  Incompatible with threads.
 163
 164 ``GMX_CYCLE_BARRIER``
 165         calls MPI_Barrier before each cycle start/stop call.
 166
 167 ``GMX_DD_ORDER_ZYX``
 168         build domain decomposition cells in the order
 169         (z, y, x) rather than the default (x, y, z).
 170
 171 ``GMX_DD_USE_SENDRECV2``
 172         during constraint and vsite communication, use a pair
 173         of ``MPI_Sendrecv`` calls instead of two simultaneous non-blocking calls
 174         (default 0, meaning off). Might be faster on some MPI implementations.
 175
 176 ``GMX_DLB_BASED_ON_FLOPS``
 177         do domain-decomposition dynamic load balancing based on flop count rather than
 178         measured time elapsed (default 0, meaning off).
 179         This makes the load balancing reproducible, which can be useful for debugging purposes.
 180         A value of 1 uses the flops; a value > 1 adds (value - 1)*5% of noise to the flops to increase the imbalance and the scaling.
 181
 182 ``GMX_DLB_MAX_BOX_SCALING``
 183         maximum percentage box scaling permitted per domain-decomposition
 184         load-balancing step (default 10)
 185
 186 ``GMX_DD_RECORD_LOAD``
 187         record DD load statistics for reporting at end of the run (default 1, meaning on)
 188
 189 ``GMX_DETAILED_PERF_STATS``
 190         when set, print slightly more detailed performance information
 191         to the :ref:`log` file. The resulting output is the way performance summary is reported in versions
 192         4.5.x and thus may be useful for anyone using scripts to parse :ref:`log` files or standard output.
 193
 194 ``GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS``
 195         disables architecture-specific SIMD-optimized (SSE2, SSE4.1, AVX, etc.)
 196         non-bonded kernels thus forcing the use of plain C kernels.
 197
 198 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
 199         timing of asynchronously executed GPU operations can have a
 200         non-negligible overhead with short step times. Disabling timing can improve performance in these cases.
 201
 202 ``GMX_DISABLE_GPU_DETECTION``
 203         when set, disables GPU detection even if :ref:`gmx mdrun` was compiled
 204         with GPU support.
 205
 206 ``GMX_GPU_APPLICATION_CLOCKS``
 207         setting this variable to a value of "0", "ON", or "DISABLE" (case insensitive)
 208         allows disabling the CUDA GPU allication clock support.
 209
 210 ``GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE``
 211         the number of systems for distance restraint ensemble
 212         averaging. Takes an integer value.
 213
 214 ``GMX_EMULATE_GPU``
 215         emulate GPU runs by using algorithmically equivalent CPU reference code instead of
 216         GPU-accelerated functions. As the CPU code is slow, it is intended to be used only for debugging purposes.
 217
 218 ``GMX_ENX_NO_FATAL``
 219         disable exiting upon encountering a corrupted frame in an :ref:`edr`
 220         file, allowing the use of all frames up until the corruption.
 221
 222 ``GMX_FORCE_UPDATE``
 223         update forces when invoking ``mdrun -rerun``.
 224
 225 ``GMX_GPU_ID``
 226         set in the same way as ``mdrun -gpu_id``, ``GMX_GPU_ID``
 227         allows the user to specify different GPU IDs for different ranks, which can be useful for selecting different
 228         devices on different compute nodes in a cluster.  Cannot be used in conjunction with ``mdrun -gpu_id``.
 229
 230 ``GMX_GPUTASKS``
 231         set in the same way as ``mdrun -gputasks``, ``GMX_GPUTASKS`` allows the mapping
 232         of GPU tasks to GPU device IDs to be different on different ranks, if e.g. the MPI
 233         runtime permits this variable to be different for different ranks. Cannot be used
 234         in conjunction with ``mdrun -gputasks``. Has all the same requirements as ``mdrun -gputasks``.
 235
 236 ``GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV``
 237         allow :ref:`gmx mdrun` to continue even if
 238         a file is missing.
 239
 240 ``GMX_LJCOMB_TOL``
 241         when set to a floating-point value, overrides the default tolerance of
 242         1e-5 for force-field floating-point parameters.
 243
 244 ``GMX_MAXCONSTRWARN``
 245         if set to -1, :ref:`gmx mdrun` will
 246         not exit if it produces too many LINCS warnings.
 247
 248 ``GMX_NB_GENERIC``
 249         use the generic C kernel.  Should be set if using
 250         the group-based cutoff scheme and also sets ``GMX_NO_SOLV_OPT`` to be true,
 251         thus disabling solvent optimizations as well.
 252
 253 ``GMX_NB_MIN_CI``
 254         neighbor list balancing parameter used when running on GPU. Sets the
 255         target minimum number pair-lists in order to improve multi-processor load-balance for better
 256         performance with small simulation systems. Must be set to a non-negative integer,
 257         the 0 value disables list splitting.
 258         The default value is optimized for supported GPUs (NVIDIA Fermi to Maxwell),
 259         therefore changing it is not necessary for normal usage, but it can be useful on future architectures.
 260
 261 ``GMX_NBLISTCG``
 262         use neighbor list and kernels based on charge groups.
 263
 264 ``GMX_NBNXN_CYCLE``
 265         when set, print detailed neighbor search cycle counting.
 266
 267 ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``
 268         force the use of analytical Ewald non-bonded kernels,
 269         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``.
 270
 271 ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``
 272         force the use of tabulated Ewald non-bonded kernels,
 273         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``.
 274
 275 ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``
 276         force the use of 2x(N+N) SIMD CPU non-bonded kernels,
 277         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``.
 278
 279 ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``
 280         force the use of 4xN SIMD CPU non-bonded kernels,
 281         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``.
 282
 283 ``GMX_NO_ALLVSALL``
 284         disables optimized all-vs-all kernels.
 285
 286 ``GMX_NO_CART_REORDER``
 287         used in initializing domain decomposition communicators. Rank reordering
 288         is default, but can be switched off with this environment variable.
 289
 290 ``GMX_NO_LJ_COMB_RULE``
 291         force the use of LJ paremeter lookup instead of using combination rules
 292         in the non-bonded kernels.
 293
 294 ``GMX_NO_CUDA_STREAMSYNC``
 295         the opposite of ``GMX_CUDA_STREAMSYNC``. Disables the use of the
 296         standard cudaStreamSynchronize-based GPU waiting to improve performance when using CUDA driver API
 297         ealier than v5.0 with ECC-enabled GPUs.
 298
 299 ``GMX_NO_INT``, ``GMX_NO_TERM``, ``GMX_NO_USR1``
 300         disable signal handlers for SIGINT,
 301         SIGTERM, and SIGUSR1, respectively.
 302
 303 ``GMX_NO_NODECOMM``
 304         do not use separate inter- and intra-node communicators.
 305
 306 ``GMX_NO_NONBONDED``
 307         skip non-bonded calculations; can be used to estimate the possible
 308         performance gain from adding a GPU accelerator to the current hardware setup -- assuming that this is
 309         fast enough to complete the non-bonded calculations while the CPU does bonded force and PME computation.
 310         Freezing the particles will be required to stop the system blowing up.
 311
 312 ``GMX_NO_PULLVIR``
 313         when set, do not add virial contribution to COM pull forces.
 314
 315 ``GMX_NOPREDICT``
 316         shell positions are not predicted.
 317
 318 ``GMX_NO_SOLV_OPT``
 319         turns off solvent optimizations; automatic if ``GMX_NB_GENERIC``
 320         is enabled.
 321
 322 ``GMX_NSCELL_NCG``
 323         the ideal number of charge groups per neighbor searching grid cell is hard-coded
 324         to a value of 10. Setting this environment variable to any other integer value overrides this hard-coded
 325         value.
 326
 327 ``GMX_PME_NTHREADS``
 328         set the number of OpenMP or PME threads (overrides the number guessed by
 329         :ref:`gmx mdrun`.
 330
 331 ``GMX_PME_P3M``
 332         use P3M-optimized influence function instead of smooth PME B-spline interpolation.
 333
 334 ``GMX_PME_THREAD_DIVISION``
 335         PME thread division in the format "x y z" for all three dimensions. The
 336         sum of the threads in each dimension must equal the total number of PME threads (set in
 337         `GMX_PME_NTHREADS`).
 338
 339 ``GMX_PMEONEDD``
 340         if the number of domain decomposition cells is set to 1 for both x and y,
 341         decompose PME in one dimension.
 342
 343 ``GMX_REQUIRE_SHELL_INIT``
 344         require that shell positions are initiated.
 345
 346 ``GMX_REQUIRE_TABLES``
 347         require the use of tabulated Coulombic
 348         and van der Waals interactions.
 349
 350 ``GMX_SCSIGMA_MIN``
 351         the minimum value for soft-core sigma. **Note** that this value is set
 352         using the :mdp:`sc-sigma` keyword in the :ref:`mdp` file, but this environment variable can be used
 353         to reproduce pre-4.5 behavior with respect to this parameter.
 354
 355 ``GMX_TPIC_MASSES``
 356         should contain multiple masses used for test particle insertion into a cavity.
 357         The center of mass of the last atoms is used for insertion into the cavity.
 358
 359 ``GMX_USE_GRAPH``
 360         use graph for bonded interactions.
 361
 362 ``GMX_VERLET_BUFFER_RES``
 363         resolution of buffer size in Verlet cutoff scheme.  The default value is
 364         0.001, but can be overridden with this environment variable.
 365
 366 ``HWLOC_XMLFILE``
 367         Not strictly a |Gromacs| environment variable, but on large machines
 368         the hwloc detection can take a few seconds if you have lots of MPI processes.
 369         If you run the hwloc command `lstopo out.xml` and set this environment
 370         variable to point to the location of this file, the hwloc library will use
 371         the cached information instead, which can be faster.
 372
 373 ``MPIRUN``
 374         the ``mpirun`` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 375
 376 ``MDRUN``
 377         the :ref:`gmx mdrun` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 378
 379 ``GMX_DISABLE_DYNAMICPRUNING``
 380         disables dynamic pair-list pruning. Note that :ref:`gmx mdrun` will
 381         still tune nstlist to the optimal value picked assuming dynamic pruning. Thus
 382         for good performance the -nstlist option should be used.
 383
 384 ``GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING``
 385         overrides the dynamic pair-list pruning interval chosen heuristically
 386         by mdrun. Values should be between the pruning frequency value
 387         (1 for CPU and 2 for GPU) and :mdp:`nstlist` ``- 1``.
 388
 389 ``GMX_USE_TREEREDUCE``
 390         use tree reduction for nbnxn force reduction. Potentially faster for large number of
 391         OpenMP threads (if memory locality is important).
 392
 393 .. _opencl-management:
 394
 395 OpenCL management
 396 -----------------
 397 Currently, several environment variables exist that help customize some aspects
 398 of the OpenCL_ version of |Gromacs|. They are mostly related to the runtime
 399 compilation of OpenCL kernels, but they are also used in device selection.
 400
 401 ``GMX_OCL_NOGENCACHE``
 402         If set, disable caching for OpenCL kernel builds. Caching is
 403         normally useful so that future runs can re-use the compiled
 404         kernels from previous runs. Currently, caching is always
 405         disabled, until we solve concurrency issues.
 406
 407 ``GMX_OCL_GENCACHE``
 408         Enable OpenCL binary caching. Only intended to be used for
 409         development and (expert) testing as neither concurrency
 410         nor cache invalidation is implemented safely!
 411
 412 ``GMX_OCL_NOFASTGEN``
 413         If set, generate and compile all algorithm flavors, otherwise
 414         only the flavor required for the simulation is generated and
 415         compiled.
 416
 417 ``GMX_OCL_DISABLE_FASTMATH``
 418         Prevents the use of ``-cl-fast-relaxed-math`` compiler option.
 419
 420 ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 421         If defined, the OpenCL build log is always written to the
 422         mdrun log file. Otherwise, the build log is written to the
 423         log file only when an error occurs.
 424
 425 ``GMX_OCL_VERBOSE``
 426         If defined, it enables verbose mode for OpenCL kernel build.
 427         Currently available only for NVIDIA GPUs. See ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 428         for details about how to obtain the OpenCL build log.
 429
 430 ``GMX_OCL_DUMP_INTERM_FILES``
 431
 432         If defined, intermediate language code corresponding to the
 433         OpenCL build process is saved to file. Caching has to be
 434         turned off in order for this option to take effect (see
 435         ``GMX_OCL_NOGENCACHE``).
 436
 437             - NVIDIA GPUs: PTX code is saved in the current directory
 438               with the name ``device_name.ptx``
 439             - AMD GPUs: ``.IL/.ISA`` files will be created for each OpenCL
 440               kernel built.  For details about where these files are
 441               created check AMD documentation for ``-save-temps`` compiler
 442               option.
 443
 444 ``GMX_OCL_DEBUG``
 445         Use in conjunction with ``OCL_FORCE_CPU`` or with an AMD device.
 446         It adds the debug flag to the compiler options (-g).
 447
 448 ``GMX_OCL_NOOPT``
 449         Disable optimisations. Adds the option ``cl-opt-disable`` to the
 450         compiler options.
 451
 452 ``GMX_OCL_FORCE_CPU``
 453         Force the selection of a CPU device instead of a GPU.  This
 454         exists only for debugging purposes. Do not expect |Gromacs| to
 455         function properly with this option on, it is solely for the
 456         simplicity of stepping in a kernel and see what is happening.
 457
 458 ``GMX_OCL_DISABLE_I_PREFETCH``
 459         Disables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowig
 460         testing.
 461
 462 ``GMX_OCL_ENABLE_I_PREFETCH``
 463         Enables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowig
 464         testing on platforms where this behavior is not default.
 465
 466 ``GMX_OCL_NB_ANA_EWALD``
 467         Forces the use of analytical Ewald kernels. Equivalent of
 468         CUDA environment variable ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``
 469
 470 ``GMX_OCL_NB_TAB_EWALD``
 471         Forces the use of tabulated Ewald kernel. Equivalent
 472         of CUDA environment variable ``GMX_OCL_NB_TAB_EWALD``
 473
 474 ``GMX_OCL_NB_EWALD_TWINCUT``
 475         Forces the use of twin-range cutoff kernel. Equivalent of
 476         CUDA environment variable ``GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT``
 477
 478 ``GMX_OCL_FILE_PATH``
 479         Use this parameter to force |Gromacs| to load the OpenCL
 480         kernels from a custom location. Use it only if you want to
 481         override |Gromacs| default behavior, or if you want to test
 482         your own kernels.
 483
 484 ``GMX_OCL_DISABLE_COMPATIBILITY_CHECK``
 485         Disables the hardware compatibility check. Useful for developers
 486         and allows testing the OpenCL kernels on non-supported platforms
 487         (like Intel iGPUs) without source code modification.
 488
 489 Analysis and Core Functions
 490 ---------------------------
 491 ``GMX_QM_ACCURACY``
 492         accuracy in Gaussian L510 (MC-SCF) component program.
 493
 494 ``GMX_QM_ORCA_BASENAME``
 495         prefix of :ref:`tpr` files, used in Orca calculations
 496         for input and output file names.
 497
 498 ``GMX_QM_CPMCSCF``
 499         when set to a nonzero value, Gaussian QM calculations will
 500         iteratively solve the CP-MCSCF equations.
 501
 502 ``GMX_QM_MODIFIED_LINKS_DIR``
 503         location of modified links in Gaussian.
 504
 505 ``DSSP``
 506         used by :ref:`gmx do_dssp` to point to the ``dssp``
 507         executable (not just its path).
 508
 509 ``GMX_QM_GAUSS_DIR``
 510         directory where Gaussian is installed.
 511
 512 ``GMX_QM_GAUSS_EXE``
 513         name of the Gaussian executable.
 514
 515 ``GMX_DIPOLE_SPACING``
 516         spacing used by :ref:`gmx dipoles`.
 517
 518 ``GMX_MAXRESRENUM``
 519         sets the maximum number of residues to be renumbered by
 520         :ref:`gmx grompp`. A value of -1 indicates all residues should be renumbered.
 521
 522 ``GMX_FFRTP_TER_RENAME``
 523         Some force fields (like AMBER) use specific names for N- and C-
 524         terminal residues (NXXX and CXXX) as :ref:`rtp` entries that are normally renamed. Setting
 525         this environment variable disables this renaming.
 526
 527 ``GMX_PATH_GZIP``
 528         ``gunzip`` executable, used by :ref:`gmx wham`.
 529
 530 ``GMX_FONT``
 531         name of X11 font used by :ref:`gmx view`.
 532
 533 ``GMXTIMEUNIT``
 534         the time unit used in output files, can be
 535         anything in fs, ps, ns, us, ms, s, m or h.
 536
 537 ``GMX_QM_GAUSSIAN_MEMORY``
 538         memory used for Gaussian QM calculation.
 539
 540 ``MULTIPROT``
 541         name of the ``multiprot`` executable, used by the
 542         contributed program ``do_multiprot``.
 543
 544 ``NCPUS``
 545         number of CPUs to be used for Gaussian QM calculation
 546
 547 ``GMX_ORCA_PATH``
 548         directory where Orca is installed.
 549
 550 ``GMX_QM_SA_STEP``
 551         simulated annealing step size for Gaussian QM calculation.
 552
 553 ``GMX_QM_GROUND_STATE``
 554         defines state for Gaussian surface hopping calculation.
 555
 556 ``GMX_TOTAL``
 557         name of the ``total`` executable used by the contributed
 558         ``do_shift`` program.
 559
 560 ``GMX_ENER_VERBOSE``
 561         make :ref:`gmx energy` and :ref:`gmx eneconv`
 562         loud and noisy.
 563
 564 ``VMD_PLUGIN_PATH``
 565         where to find VMD plug-ins. Needed to be
 566         able to read file formats recognized only by a VMD plug-in.
 567
 568 ``VMDDIR``
 569         base path of VMD installation.
 570
 571 ``GMX_USE_XMGR``
 572         sets viewer to ``xmgr`` (deprecated) instead of ``xmgrace``.