docs/user-guide/environment-variables.rst

   1 .. NOTE: Below is a useful bash one-liner to verify whether there are variables in this file
   2 ..        no longer present in the code.
   3 .. ( export INPUT_FILE='docs/user-guide/environment-variables.rst' GIT_PAGER="cat "; for s in $(grep '^`'  $INPUT_FILE | sed 's/`//g' | sed 's/,/ /g'); do count=$(git grep $s | grep -v $INPUT_FILE | wc -l); [ $count -eq 0 ] && printf "%-30s%s\n" $s $count; done ; )
   4 .. Another useful one-liner to find undocumentedvariables:
   5 ..  ( export INPUT_FILE=docs/user-guide/environment-variables.rst; GIT_PAGER="cat ";   for ss in `for s in $(git grep getenv |  sed 's/.*getenv("\(.*\)".*/\1/' | sort -u  | grep '^[A-Z]'); do [ $(grep $s $INPUT_FILE -c) -eq 0 ] && echo $s; done `; do git grep $ss ; done )
   6
   7 .. TODO: still undocumented GMX_QM_GAUSSIAN_NCPUS
   8
   9 Environment Variables
  10 =====================
  11
  12 |Gromacs| programs may be influenced by the use of
  13 environment variables.  First of all, the variables set in
  14 the ``GMXRC`` file are essential for running and
  15 compiling |Gromacs|. Some other useful environment variables are
  16 listed in the following sections. Most environment variables function
  17 by being set in your shell to any non-NULL value. Specific
  18 requirements are described below if other values need to be set. You
  19 should consult the documentation for your shell for instructions on
  20 how to set environment variables in the current shell, or in configuration
  21 files for future shells. Note that requirements for exporting
  22 environment variables to jobs run under batch control systems vary and
  23 you should consult your local documentation for details.
  24
  25 Output Control
  26 --------------
  27 ``GMX_CONSTRAINTVIR``
  28         Print constraint virial and force virial energy terms.
  29
  30 ``GMX_DUMP_NL``
  31         Neighbour list dump level; default 0.
  32
  33 ``GMX_MAXBACKUP``
  34         |Gromacs| automatically backs up old
  35         copies of files when trying to write a new file of the same
  36         name, and this variable controls the maximum number of
  37         backups that will be made, default 99. If set to 0 it fails to
  38         run if any output file already exists. And if set to -1 it
  39         overwrites any output file without making a backup.
  40
  41 ``GMX_NO_QUOTES``
  42         if this is explicitly set, no cool quotes
  43         will be printed at the end of a program.
  44
  45 ``GMX_SUPPRESS_DUMP``
  46         prevent dumping of step files during
  47         (for example) blowing up during failure of constraint
  48         algorithms.
  49
  50 ``GMX_TPI_DUMP``
  51         dump all configurations to a :ref:`pdb`
  52         file that have an interaction energy less than the value set
  53         in this environment variable.
  54
  55 ``GMX_VIEW_XPM``
  56         ``GMX_VIEW_XVG``, ``GMX_VIEW_EPS`` and ``GMX_VIEW_PDB``, commands used to
  57         automatically view :ref:`xvg`, :ref:`xpm`, :ref:`eps`
  58         and :ref:`pdb` file types, respectively; they default to ``xv``, ``xmgrace``,
  59         ``ghostview`` and ``rasmol``. Set to empty to disable
  60         automatic viewing of a particular file type. The command will
  61         be forked off and run in the background at the same priority
  62         as the |Gromacs| tool (which might not be what you want).
  63         Be careful not to use a command which blocks the terminal
  64         (e.g. ``vi``), since multiple instances might be run.
  65
  66 ``GMX_LOG_BUFFER``
  67         the size of the buffer for file I/O. When set
  68         to 0, all file I/O will be unbuffered and therefore very slow.
  69         This can be handy for debugging purposes, because it ensures
  70         that all files are always totally up-to-date.
  71
  72 ``GMX_LOGO_COLOR``
  73         set display color for logo in :ref:`gmx view`.
  74
  75 ``GMX_PRINT_LONGFORMAT``
  76         use long float format when printing
  77         decimal values.
  78
  79 ``GMX_COMPELDUMP``
  80         Applies for computational electrophysiology setups
  81         only (see reference manual). The initial structure gets dumped to
  82         :ref:`pdb` file, which allows to check whether multimeric channels have
  83         the correct PBC representation.
  84
  85 ``GMX_TRAJECTORY_IO_VERBOSITY``
  86         Defaults to 1, which prints frame count e.g. when reading trajectory
  87         files. Set to 0 for quiet operation.
  88
  89 ``GMX_ENABLE_GPU_TIMING``
  90         Enables GPU timings in the log file for CUDA. Note that CUDA timings
  91         are incorrect with multiple streams, as happens with domain
  92         decomposition or with both non-bondeds and PME on the GPU (this is
  93         also the main reason why they are not turned on by default).
  94
  95 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
  96         Disables GPU timings in the log file for OpenCL.
  97
  98 Debugging
  99 ---------
 100 ``GMX_PRINT_DEBUG_LINES``
 101         when set, print debugging info on line numbers.
 102
 103 ``GMX_DD_NST_DUMP``
 104         number of steps that elapse between dumping
 105         the current DD to a PDB file (default 0). This only takes effect
 106         during domain decomposition, so it should typically be
 107         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
 108
 109 ``GMX_DD_NST_DUMP_GRID``
 110         number of steps that elapse between dumping
 111         the current DD grid to a PDB file (default 0). This only takes effect
 112         during domain decomposition, so it should typically be
 113         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
 114
 115 ``GMX_DD_DEBUG``
 116         general debugging trigger for every domain
 117         decomposition (default 0, meaning off). Currently only checks
 118         global-local atom index mapping for consistency.
 119
 120 ``GMX_DD_NPULSE``
 121         over-ride the number of DD pulses used
 122         (default 0, meaning no over-ride). Normally 1 or 2.
 123
 124 ``GMX_DISABLE_ALTERNATING_GPU_WAIT``
 125         disables the specialized polling wait path used to wait for the PME and nonbonded
 126         GPU tasks completion to overlap to do the reduction of the resulting forces that
 127         arrive first. Setting this variable switches to the generic path with fixed waiting
 128         order.
 129
 130 There are a number of extra environment variables like these
 131 that are used in debugging - check the code!
 132
 133 Performance and Run Control
 134 ---------------------------
 135 ``GMX_DO_GALACTIC_DYNAMICS``
 136         planetary simulations are made possible (just for fun) by setting
 137         this environment variable, which allows setting :mdp:`epsilon-r` to -1 in the :ref:`mdp`
 138         file. Normally, :mdp:`epsilon-r` must be greater than zero to prevent a fatal error.
 139         See webpage_ for example input files for a planetary simulation.
 140
 141 ``GMX_ALLOW_CPT_MISMATCH``
 142         when set, runs will not exit if the
 143         ensemble set in the :ref:`tpr` file does not match that of the
 144         :ref:`cpt` file.
 145
 146 ``GMX_BONDED_NTHREAD_UNIFORM``
 147         Value of the number of threads per rank from which to switch from uniform
 148         to localized bonded interaction distribution; optimal value dependent on
 149         system and hardware, default value is 4.
 150
 151 ``GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT``
 152         force the use of twin-range cutoff kernel even if :mdp:`rvdw` equals
 153         :mdp:`rcoulomb` after PP-PME load balancing. The switch to twin-range kernels is automated,
 154         so this variable should be used only for benchmarking.
 155
 156 ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``
 157         force the use of analytical Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 158
 159 ``GMX_CUDA_NB_TAB_EWALD``
 160         force the use of tabulated Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 161
 162 ``GMX_DISABLE_CUDALAUNCH``
 163         disable the use of the lower-latency cudaLaunchKernel API even when supported (CUDA >=v7.0).
 164         Should only be used for benchmarking purposes.
 165
 166 ``GMX_DISABLE_CUDA_TIMING``
 167         Deprecated. Use ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING`` instead.
 168
 169 ``GMX_CYCLE_ALL``
 170         times all code during runs.  Incompatible with threads.
 171
 172 ``GMX_CYCLE_BARRIER``
 173         calls MPI_Barrier before each cycle start/stop call.
 174
 175 ``GMX_DD_ORDER_ZYX``
 176         build domain decomposition cells in the order
 177         (z, y, x) rather than the default (x, y, z).
 178
 179 ``GMX_DD_USE_SENDRECV2``
 180         during constraint and vsite communication, use a pair
 181         of ``MPI_Sendrecv`` calls instead of two simultaneous non-blocking calls
 182         (default 0, meaning off). Might be faster on some MPI implementations.
 183
 184 ``GMX_DLB_BASED_ON_FLOPS``
 185         do domain-decomposition dynamic load balancing based on flop count rather than
 186         measured time elapsed (default 0, meaning off).
 187         This makes the load balancing reproducible, which can be useful for debugging purposes.
 188         A value of 1 uses the flops; a value > 1 adds (value - 1)*5% of noise to the flops to increase the imbalance and the scaling.
 189
 190 ``GMX_DLB_MAX_BOX_SCALING``
 191         maximum percentage box scaling permitted per domain-decomposition
 192         load-balancing step (default 10)
 193
 194 ``GMX_DD_RECORD_LOAD``
 195         record DD load statistics for reporting at end of the run (default 1, meaning on)
 196
 197 ``GMX_DETAILED_PERF_STATS``
 198         when set, print slightly more detailed performance information
 199         to the :ref:`log` file. The resulting output is the way performance summary is reported in versions
 200         4.5.x and thus may be useful for anyone using scripts to parse :ref:`log` files or standard output.
 201
 202 ``GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS``
 203         disables architecture-specific SIMD-optimized (SSE2, SSE4.1, AVX, etc.)
 204         non-bonded kernels thus forcing the use of plain C kernels.
 205
 206 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
 207         timing of asynchronously executed GPU operations can have a
 208         non-negligible overhead with short step times. Disabling timing can improve performance in these cases.
 209
 210 ``GMX_DISABLE_GPU_DETECTION``
 211         when set, disables GPU detection even if :ref:`gmx mdrun` was compiled
 212         with GPU support.
 213
 214 ``GMX_GPU_APPLICATION_CLOCKS``
 215         setting this variable to a value of "0", "ON", or "DISABLE" (case insensitive)
 216         allows disabling the CUDA GPU allication clock support.
 217
 218 ``GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE``
 219         the number of systems for distance restraint ensemble
 220         averaging. Takes an integer value.
 221
 222 ``GMX_EMULATE_GPU``
 223         emulate GPU runs by using algorithmically equivalent CPU reference code instead of
 224         GPU-accelerated functions. As the CPU code is slow, it is intended to be used only for debugging purposes.
 225
 226 ``GMX_ENX_NO_FATAL``
 227         disable exiting upon encountering a corrupted frame in an :ref:`edr`
 228         file, allowing the use of all frames up until the corruption.
 229
 230 ``GMX_FORCE_UPDATE``
 231         update forces when invoking ``mdrun -rerun``.
 232
 233 ``GMX_GPU_ID``
 234         set in the same way as ``mdrun -gpu_id``, ``GMX_GPU_ID``
 235         allows the user to specify different GPU IDs for different ranks, which can be useful for selecting different
 236         devices on different compute nodes in a cluster.  Cannot be used in conjunction with ``mdrun -gpu_id``.
 237
 238 ``GMX_GPUTASKS``
 239         set in the same way as ``mdrun -gputasks``, ``GMX_GPUTASKS`` allows the mapping
 240         of GPU tasks to GPU device IDs to be different on different ranks, if e.g. the MPI
 241         runtime permits this variable to be different for different ranks. Cannot be used
 242         in conjunction with ``mdrun -gputasks``. Has all the same requirements as ``mdrun -gputasks``.
 243
 244 ``GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV``
 245         allow :ref:`gmx mdrun` to continue even if
 246         a file is missing.
 247
 248 ``GMX_LJCOMB_TOL``
 249         when set to a floating-point value, overrides the default tolerance of
 250         1e-5 for force-field floating-point parameters.
 251
 252 ``GMX_MAXCONSTRWARN``
 253         if set to -1, :ref:`gmx mdrun` will
 254         not exit if it produces too many LINCS warnings.
 255
 256 ``GMX_NB_GENERIC``
 257         use the generic C kernel.  Should be set if using
 258         the group-based cutoff scheme and also sets ``GMX_NO_SOLV_OPT`` to be true,
 259         thus disabling solvent optimizations as well.
 260
 261 ``GMX_NB_MIN_CI``
 262         neighbor list balancing parameter used when running on GPU. Sets the
 263         target minimum number pair-lists in order to improve multi-processor load-balance for better
 264         performance with small simulation systems. Must be set to a non-negative integer,
 265         the 0 value disables list splitting.
 266         The default value is optimized for supported GPUs (NVIDIA Fermi to Maxwell),
 267         therefore changing it is not necessary for normal usage, but it can be useful on future architectures.
 268
 269 ``GMX_NBLISTCG``
 270         use neighbor list and kernels based on charge groups.
 271
 272 ``GMX_NBNXN_CYCLE``
 273         when set, print detailed neighbor search cycle counting.
 274
 275 ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``
 276         force the use of analytical Ewald non-bonded kernels,
 277         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``.
 278
 279 ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``
 280         force the use of tabulated Ewald non-bonded kernels,
 281         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``.
 282
 283 ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``
 284         force the use of 2x(N+N) SIMD CPU non-bonded kernels,
 285         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``.
 286
 287 ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``
 288         force the use of 4xN SIMD CPU non-bonded kernels,
 289         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``.
 290
 291 ``GMX_NOOPTIMIZEDKERNELS``
 292         deprecated, use ``GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS`` instead.
 293
 294 ``GMX_NO_ALLVSALL``
 295         disables optimized all-vs-all kernels.
 296
 297 ``GMX_NO_CART_REORDER``
 298         used in initializing domain decomposition communicators. Rank reordering
 299         is default, but can be switched off with this environment variable.
 300
 301 ``GMX_NO_LJ_COMB_RULE``
 302         force the use of LJ paremeter lookup instead of using combination rules
 303         in the non-bonded kernels.
 304
 305 ``GMX_NO_INT``, ``GMX_NO_TERM``, ``GMX_NO_USR1``
 306         disable signal handlers for SIGINT,
 307         SIGTERM, and SIGUSR1, respectively.
 308
 309 ``GMX_NO_NODECOMM``
 310         do not use separate inter- and intra-node communicators.
 311
 312 ``GMX_NO_NONBONDED``
 313         skip non-bonded calculations; can be used to estimate the possible
 314         performance gain from adding a GPU accelerator to the current hardware setup -- assuming that this is
 315         fast enough to complete the non-bonded calculations while the CPU does bonded force and PME computation.
 316         Freezing the particles will be required to stop the system blowing up.
 317
 318 ``GMX_PULL_PARTICIPATE_ALL``
 319         disable the default heuristic for when to use a separate pull MPI communicator (at >=32 ranks).
 320
 321 ``GMX_NOPREDICT``
 322         shell positions are not predicted.
 323
 324 ``GMX_NO_SOLV_OPT``
 325         turns off solvent optimizations; automatic if ``GMX_NB_GENERIC``
 326         is enabled.
 327
 328 ``GMX_NSCELL_NCG``
 329         the ideal number of charge groups per neighbor searching grid cell is hard-coded
 330         to a value of 10. Setting this environment variable to any other integer value overrides this hard-coded
 331         value.
 332
 333 ``GMX_PME_NUM_THREADS``
 334         set the number of OpenMP or PME threads; overrides the default set by
 335         :ref:`gmx mdrun`; can be used instead of the `-npme` command line option,
 336         also useful to set heterogeneous per-process/-node thread count.
 337
 338 ``GMX_PME_P3M``
 339         use P3M-optimized influence function instead of smooth PME B-spline interpolation.
 340
 341 ``GMX_PME_THREAD_DIVISION``
 342         PME thread division in the format "x y z" for all three dimensions. The
 343         sum of the threads in each dimension must equal the total number of PME threads (set in
 344         `GMX_PME_NTHREADS`).
 345
 346 ``GMX_PMEONEDD``
 347         if the number of domain decomposition cells is set to 1 for both x and y,
 348         decompose PME in one dimension.
 349
 350 ``GMX_REQUIRE_SHELL_INIT``
 351         require that shell positions are initiated.
 352
 353 ``GMX_REQUIRE_TABLES``
 354         require the use of tabulated Coulombic
 355         and van der Waals interactions.
 356
 357 ``GMX_SCSIGMA_MIN``
 358         the minimum value for soft-core sigma. **Note** that this value is set
 359         using the :mdp:`sc-sigma` keyword in the :ref:`mdp` file, but this environment variable can be used
 360         to reproduce pre-4.5 behavior with respect to this parameter.
 361
 362 ``GMX_TPIC_MASSES``
 363         should contain multiple masses used for test particle insertion into a cavity.
 364         The center of mass of the last atoms is used for insertion into the cavity.
 365
 366 ``GMX_USE_GRAPH``
 367         use graph for bonded interactions.
 368
 369 ``GMX_VERLET_BUFFER_RES``
 370         resolution of buffer size in Verlet cutoff scheme.  The default value is
 371         0.001, but can be overridden with this environment variable.
 372
 373 ``HWLOC_XMLFILE``
 374         Not strictly a |Gromacs| environment variable, but on large machines
 375         the hwloc detection can take a few seconds if you have lots of MPI processes.
 376         If you run the hwloc command `lstopo out.xml` and set this environment
 377         variable to point to the location of this file, the hwloc library will use
 378         the cached information instead, which can be faster.
 379
 380 ``MPIRUN``
 381         the ``mpirun`` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 382
 383 ``MDRUN``
 384         the :ref:`gmx mdrun` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 385
 386 ``GMX_DISABLE_DYNAMICPRUNING``
 387         disables dynamic pair-list pruning. Note that :ref:`gmx mdrun` will
 388         still tune nstlist to the optimal value picked assuming dynamic pruning. Thus
 389         for good performance the -nstlist option should be used.
 390
 391 ``GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING``
 392         overrides the dynamic pair-list pruning interval chosen heuristically
 393         by mdrun. Values should be between the pruning frequency value
 394         (1 for CPU and 2 for GPU) and :mdp:`nstlist` ``- 1``.
 395
 396 ``GMX_USE_TREEREDUCE``
 397         use tree reduction for nbnxn force reduction. Potentially faster for large number of
 398         OpenMP threads (if memory locality is important).
 399
 400 .. _opencl-management:
 401
 402 OpenCL management
 403 -----------------
 404 Currently, several environment variables exist that help customize some aspects
 405 of the OpenCL_ version of |Gromacs|. They are mostly related to the runtime
 406 compilation of OpenCL kernels, but they are also used in device selection.
 407
 408 ``GMX_OCL_NOGENCACHE``
 409         If set, disable caching for OpenCL kernel builds. Caching is
 410         normally useful so that future runs can re-use the compiled
 411         kernels from previous runs. Currently, caching is always
 412         disabled, until we solve concurrency issues.
 413
 414 ``GMX_OCL_GENCACHE``
 415         Enable OpenCL binary caching. Only intended to be used for
 416         development and (expert) testing as neither concurrency
 417         nor cache invalidation is implemented safely!
 418
 419 ``GMX_OCL_NOFASTGEN``
 420         If set, generate and compile all algorithm flavors, otherwise
 421         only the flavor required for the simulation is generated and
 422         compiled.
 423
 424 ``GMX_OCL_DISABLE_FASTMATH``
 425         Prevents the use of ``-cl-fast-relaxed-math`` compiler option.
 426
 427 ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 428         If defined, the OpenCL build log is always written to the
 429         mdrun log file. Otherwise, the build log is written to the
 430         log file only when an error occurs.
 431
 432 ``GMX_OCL_VERBOSE``
 433         If defined, it enables verbose mode for OpenCL kernel build.
 434         Currently available only for NVIDIA GPUs. See ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 435         for details about how to obtain the OpenCL build log.
 436
 437 ``GMX_OCL_DUMP_INTERM_FILES``
 438
 439         If defined, intermediate language code corresponding to the
 440         OpenCL build process is saved to file. Caching has to be
 441         turned off in order for this option to take effect (see
 442         ``GMX_OCL_NOGENCACHE``).
 443
 444             - NVIDIA GPUs: PTX code is saved in the current directory
 445               with the name ``device_name.ptx``
 446             - AMD GPUs: ``.IL/.ISA`` files will be created for each OpenCL
 447               kernel built.  For details about where these files are
 448               created check AMD documentation for ``-save-temps`` compiler
 449               option.
 450
 451 ``GMX_OCL_DEBUG``
 452         Use in conjunction with ``OCL_FORCE_CPU`` or with an AMD device.
 453         It adds the debug flag to the compiler options (-g).
 454
 455 ``GMX_OCL_NOOPT``
 456         Disable optimisations. Adds the option ``cl-opt-disable`` to the
 457         compiler options.
 458
 459 ``GMX_OCL_FORCE_CPU``
 460         Force the selection of a CPU device instead of a GPU.  This
 461         exists only for debugging purposes. Do not expect |Gromacs| to
 462         function properly with this option on, it is solely for the
 463         simplicity of stepping in a kernel and see what is happening.
 464
 465 ``GMX_OCL_DISABLE_I_PREFETCH``
 466         Disables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowing
 467         testing.
 468
 469 ``GMX_OCL_ENABLE_I_PREFETCH``
 470         Enables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowing
 471         testing on platforms where this behavior is not default.
 472
 473 ``GMX_OCL_NB_ANA_EWALD``
 474         Forces the use of analytical Ewald kernels. Equivalent of
 475         CUDA environment variable ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``
 476
 477 ``GMX_OCL_NB_TAB_EWALD``
 478         Forces the use of tabulated Ewald kernel. Equivalent
 479         of CUDA environment variable ``GMX_OCL_NB_TAB_EWALD``
 480
 481 ``GMX_OCL_NB_EWALD_TWINCUT``
 482         Forces the use of twin-range cutoff kernel. Equivalent of
 483         CUDA environment variable ``GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT``
 484
 485 ``GMX_OCL_FILE_PATH``
 486         Use this parameter to force |Gromacs| to load the OpenCL
 487         kernels from a custom location. Use it only if you want to
 488         override |Gromacs| default behavior, or if you want to test
 489         your own kernels.
 490
 491 ``GMX_OCL_DISABLE_COMPATIBILITY_CHECK``
 492         Disables the hardware compatibility check. Useful for developers
 493         and allows testing the OpenCL kernels on non-supported platforms
 494         (like Intel iGPUs) without source code modification.
 495
 496 Analysis and Core Functions
 497 ---------------------------
 498 ``GMX_QM_ACCURACY``
 499         accuracy in Gaussian L510 (MC-SCF) component program.
 500
 501 ``GMX_QM_ORCA_BASENAME``
 502         prefix of :ref:`tpr` files, used in Orca calculations
 503         for input and output file names.
 504
 505 ``GMX_QM_CPMCSCF``
 506         when set to a nonzero value, Gaussian QM calculations will
 507         iteratively solve the CP-MCSCF equations.
 508
 509 ``GMX_QM_MODIFIED_LINKS_DIR``
 510         location of modified links in Gaussian.
 511
 512 ``DSSP``
 513         used by :ref:`gmx do_dssp` to point to the ``dssp``
 514         executable (not just its path).
 515
 516 ``GMX_QM_GAUSS_DIR``
 517         directory where Gaussian is installed.
 518
 519 ``GMX_QM_GAUSS_EXE``
 520         name of the Gaussian executable.
 521
 522 ``GMX_DIPOLE_SPACING``
 523         spacing used by :ref:`gmx dipoles`.
 524
 525 ``GMX_MAXRESRENUM``
 526         sets the maximum number of residues to be renumbered by
 527         :ref:`gmx grompp`. A value of -1 indicates all residues should be renumbered.
 528
 529 ``GMX_NO_FFRTP_TER_RENAME``
 530         Some force fields (like AMBER) use specific names for N- and C-
 531         terminal residues (NXXX and CXXX) as :ref:`rtp` entries that are normally renamed. Setting
 532         this environment variable disables this renaming.
 533
 534 ``GMX_PATH_GZIP``
 535         ``gunzip`` executable, used by :ref:`gmx wham`.
 536
 537 ``GMX_FONT``
 538         name of X11 font used by :ref:`gmx view`.
 539
 540 ``GMXTIMEUNIT``
 541         the time unit used in output files, can be
 542         anything in fs, ps, ns, us, ms, s, m or h.
 543
 544 ``GMX_QM_GAUSSIAN_MEMORY``
 545         memory used for Gaussian QM calculation.
 546
 547 ``MULTIPROT``
 548         name of the ``multiprot`` executable, used by the
 549         contributed program ``do_multiprot``.
 550
 551 ``NCPUS``
 552         number of CPUs to be used for Gaussian QM calculation
 553
 554 ``GMX_ORCA_PATH``
 555         directory where Orca is installed.
 556
 557 ``GMX_QM_SA_STEP``
 558         simulated annealing step size for Gaussian QM calculation.
 559
 560 ``GMX_QM_GROUND_STATE``
 561         defines state for Gaussian surface hopping calculation.
 562
 563 ``GMX_TOTAL``
 564         name of the ``total`` executable used by the contributed
 565         ``do_shift`` program.
 566
 567 ``GMX_ENER_VERBOSE``
 568         make :ref:`gmx energy` and :ref:`gmx eneconv`
 569         loud and noisy.
 570
 571 ``VMD_PLUGIN_PATH``
 572         where to find VMD plug-ins. Needed to be
 573         able to read file formats recognized only by a VMD plug-in.
 574
 575 ``VMDDIR``
 576         base path of VMD installation.
 577
 578 ``GMX_USE_XMGR``
 579         sets viewer to ``xmgr`` (deprecated) instead of ``xmgrace``.