docs/user-guide/environment-variables.rst

   1 .. NOTE: Below is a useful bash one-liner to verify whether there are variables in this file
   2 ..        no longer present in the code.
   3 .. ( export INPUT_FILE='docs/user-guide/environment-variables.rst' GIT_PAGER="cat "; for s in $(grep '^`'  $INPUT_FILE | sed 's/`//g' | sed 's/,/ /g'); do count=$(git grep $s | grep -v $INPUT_FILE | wc -l); [ $count -eq 0 ] && printf "%-30s%s\n" $s $count; done ; )
   4 .. Another useful one-liner to find undocumentedvariables:
   5 ..  ( export INPUT_FILE=docs/user-guide/environment-variables.rst; GIT_PAGER="cat ";   for ss in `for s in $(git grep getenv |  sed 's/.*getenv("\(.*\)".*/\1/' | sort -u  | grep '^[A-Z]'); do [ $(grep $s $INPUT_FILE -c) -eq 0 ] && echo $s; done `; do git grep $ss ; done )
   6
   7 .. TODO: still undocumented GMX_QM_GAUSSIAN_NCPUS
   8
   9 Environment Variables
  10 =====================
  11
  12 |Gromacs| programs may be influenced by the use of
  13 environment variables.  First of all, the variables set in
  14 the ``GMXRC`` file are essential for running and
  15 compiling |Gromacs|. Some other useful environment variables are
  16 listed in the following sections. Most environment variables function
  17 by being set in your shell to any non-NULL value. Specific
  18 requirements are described below if other values need to be set. You
  19 should consult the documentation for your shell for instructions on
  20 how to set environment variables in the current shell, or in configuration
  21 files for future shells. Note that requirements for exporting
  22 environment variables to jobs run under batch control systems vary and
  23 you should consult your local documentation for details.
  24
  25 Output Control
  26 --------------
  27 ``GMX_CONSTRAINTVIR``
  28         Print constraint virial and force virial energy terms.
  29
  30 ``GMX_DUMP_NL``
  31         Neighbour list dump level; default 0.
  32
  33 ``GMX_MAXBACKUP``
  34         |Gromacs| automatically backs up old
  35         copies of files when trying to write a new file of the same
  36         name, and this variable controls the maximum number of
  37         backups that will be made, default 99. If set to 0 it fails to
  38         run if any output file already exists. And if set to -1 it
  39         overwrites any output file without making a backup.
  40
  41 ``GMX_NO_QUOTES``
  42         if this is explicitly set, no cool quotes
  43         will be printed at the end of a program.
  44
  45 ``GMX_SUPPRESS_DUMP``
  46         prevent dumping of step files during
  47         (for example) blowing up during failure of constraint
  48         algorithms.
  49
  50 ``GMX_TPI_DUMP``
  51         dump all configurations to a :ref:`pdb`
  52         file that have an interaction energy less than the value set
  53         in this environment variable.
  54
  55 ``GMX_VIEW_XPM``
  56         ``GMX_VIEW_XVG``, ``GMX_VIEW_EPS`` and ``GMX_VIEW_PDB``, commands used to
  57         automatically view :ref:`xvg`, :ref:`xpm`, :ref:`eps`
  58         and :ref:`pdb` file types, respectively; they default to ``xv``, ``xmgrace``,
  59         ``ghostview`` and ``rasmol``. Set to empty to disable
  60         automatic viewing of a particular file type. The command will
  61         be forked off and run in the background at the same priority
  62         as the |Gromacs| tool (which might not be what you want).
  63         Be careful not to use a command which blocks the terminal
  64         (e.g. ``vi``), since multiple instances might be run.
  65
  66 ``GMX_LOG_BUFFER``
  67         the size of the buffer for file I/O. When set
  68         to 0, all file I/O will be unbuffered and therefore very slow.
  69         This can be handy for debugging purposes, because it ensures
  70         that all files are always totally up-to-date.
  71
  72 ``GMX_LOGO_COLOR``
  73         set display color for logo in :ref:`gmx view`.
  74
  75 ``GMX_PRINT_LONGFORMAT``
  76         use long float format when printing
  77         decimal values.
  78
  79 ``GMX_COMPELDUMP``
  80         Applies for computational electrophysiology setups
  81         only (see reference manual). The initial structure gets dumped to
  82         :ref:`pdb` file, which allows to check whether multimeric channels have
  83         the correct PBC representation.
  84
  85 ``GMX_TRAJECTORY_IO_VERBOSITY``
  86         Defaults to 1, which prints frame count e.g. when reading trajectory
  87         files. Set to 0 for quiet operation.
  88
  89 ``GMX_ENABLE_GPU_TIMING``
  90         Enables GPU timings in the log file for CUDA. Note that CUDA timings
  91         are incorrect with multiple streams, as happens with domain
  92         decomposition or with both non-bondeds and PME on the GPU (this is
  93         also the main reason why they are not turned on by default).
  94
  95 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
  96         Disables GPU timings in the log file for OpenCL.
  97
  98 Debugging
  99 ---------
 100 ``GMX_PRINT_DEBUG_LINES``
 101         when set, print debugging info on line numbers.
 102
 103 ``GMX_DD_NST_DUMP``
 104         number of steps that elapse between dumping
 105         the current DD to a PDB file (default 0). This only takes effect
 106         during domain decomposition, so it should typically be
 107         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
 108
 109 ``GMX_DD_NST_DUMP_GRID``
 110         number of steps that elapse between dumping
 111         the current DD grid to a PDB file (default 0). This only takes effect
 112         during domain decomposition, so it should typically be
 113         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
 114
 115 ``GMX_DD_DEBUG``
 116         general debugging trigger for every domain
 117         decomposition (default 0, meaning off). Currently only checks
 118         global-local atom index mapping for consistency.
 119
 120 ``GMX_DD_NPULSE``
 121         over-ride the number of DD pulses used
 122         (default 0, meaning no over-ride). Normally 1 or 2.
 123
 124 ``GMX_DISABLE_ALTERNATING_GPU_WAIT``
 125         disables the specialized polling wait path used to wait for the PME and nonbonded
 126         GPU tasks completion to overlap to do the reduction of the resulting forces that
 127         arrive first. Setting this variable switches to the generic path with fixed waiting
 128         order.
 129
 130 There are a number of extra environment variables like these
 131 that are used in debugging - check the code!
 132
 133 Performance and Run Control
 134 ---------------------------
 135 ``GMX_DO_GALACTIC_DYNAMICS``
 136         planetary simulations are made possible (just for fun) by setting
 137         this environment variable, which allows setting :mdp:`epsilon-r` to -1 in the :ref:`mdp`
 138         file. Normally, :mdp:`epsilon-r` must be greater than zero to prevent a fatal error.
 139         See webpage_ for example input files for a planetary simulation.
 140
 141 ``GMX_BONDED_NTHREAD_UNIFORM``
 142         Value of the number of threads per rank from which to switch from uniform
 143         to localized bonded interaction distribution; optimal value dependent on
 144         system and hardware, default value is 4.
 145
 146 ``GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT``
 147         force the use of twin-range cutoff kernel even if :mdp:`rvdw` equals
 148         :mdp:`rcoulomb` after PP-PME load balancing. The switch to twin-range kernels is automated,
 149         so this variable should be used only for benchmarking.
 150
 151 ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``
 152         force the use of analytical Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 153
 154 ``GMX_CUDA_NB_TAB_EWALD``
 155         force the use of tabulated Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 156
 157 ``GMX_DISABLE_CUDA_TIMING``
 158         Deprecated. Use ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING`` instead.
 159
 160 ``GMX_CYCLE_ALL``
 161         times all code during runs.  Incompatible with threads.
 162
 163 ``GMX_CYCLE_BARRIER``
 164         calls MPI_Barrier before each cycle start/stop call.
 165
 166 ``GMX_DD_ORDER_ZYX``
 167         build domain decomposition cells in the order
 168         (z, y, x) rather than the default (x, y, z).
 169
 170 ``GMX_DD_USE_SENDRECV2``
 171         during constraint and vsite communication, use a pair
 172         of ``MPI_Sendrecv`` calls instead of two simultaneous non-blocking calls
 173         (default 0, meaning off). Might be faster on some MPI implementations.
 174
 175 ``GMX_DLB_BASED_ON_FLOPS``
 176         do domain-decomposition dynamic load balancing based on flop count rather than
 177         measured time elapsed (default 0, meaning off).
 178         This makes the load balancing reproducible, which can be useful for debugging purposes.
 179         A value of 1 uses the flops; a value > 1 adds (value - 1)*5% of noise to the flops to increase the imbalance and the scaling.
 180
 181 ``GMX_DLB_MAX_BOX_SCALING``
 182         maximum percentage box scaling permitted per domain-decomposition
 183         load-balancing step (default 10)
 184
 185 ``GMX_DD_RECORD_LOAD``
 186         record DD load statistics for reporting at end of the run (default 1, meaning on)
 187
 188 ``GMX_DETAILED_PERF_STATS``
 189         when set, print slightly more detailed performance information
 190         to the :ref:`log` file. The resulting output is the way performance summary is reported in versions
 191         4.5.x and thus may be useful for anyone using scripts to parse :ref:`log` files or standard output.
 192
 193 ``GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS``
 194         disables architecture-specific SIMD-optimized (SSE2, SSE4.1, AVX, etc.)
 195         non-bonded kernels thus forcing the use of plain C kernels.
 196
 197 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
 198         timing of asynchronously executed GPU operations can have a
 199         non-negligible overhead with short step times. Disabling timing can improve performance in these cases.
 200
 201 ``GMX_DISABLE_GPU_DETECTION``
 202         when set, disables GPU detection even if :ref:`gmx mdrun` was compiled
 203         with GPU support.
 204
 205 ``GMX_GPU_APPLICATION_CLOCKS``
 206         setting this variable to a value of "0", "ON", or "DISABLE" (case insensitive)
 207         allows disabling the CUDA GPU allication clock support.
 208
 209 ``GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE``
 210         the number of systems for distance restraint ensemble
 211         averaging. Takes an integer value.
 212
 213 ``GMX_EMULATE_GPU``
 214         emulate GPU runs by using algorithmically equivalent CPU reference code instead of
 215         GPU-accelerated functions. As the CPU code is slow, it is intended to be used only for debugging purposes.
 216
 217 ``GMX_ENX_NO_FATAL``
 218         disable exiting upon encountering a corrupted frame in an :ref:`edr`
 219         file, allowing the use of all frames up until the corruption.
 220
 221 ``GMX_FORCE_UPDATE``
 222         update forces when invoking ``mdrun -rerun``.
 223
 224 ``GMX_GPU_ID``
 225         set in the same way as ``mdrun -gpu_id``, ``GMX_GPU_ID``
 226         allows the user to specify different GPU IDs for different ranks, which can be useful for selecting different
 227         devices on different compute nodes in a cluster.  Cannot be used in conjunction with ``mdrun -gpu_id``.
 228
 229 ``GMX_GPUTASKS``
 230         set in the same way as ``mdrun -gputasks``, ``GMX_GPUTASKS`` allows the mapping
 231         of GPU tasks to GPU device IDs to be different on different ranks, if e.g. the MPI
 232         runtime permits this variable to be different for different ranks. Cannot be used
 233         in conjunction with ``mdrun -gputasks``. Has all the same requirements as ``mdrun -gputasks``.
 234
 235 ``GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV``
 236         allow :ref:`gmx mdrun` to continue even if
 237         a file is missing.
 238
 239 ``GMX_LJCOMB_TOL``
 240         when set to a floating-point value, overrides the default tolerance of
 241         1e-5 for force-field floating-point parameters.
 242
 243 ``GMX_MAXCONSTRWARN``
 244         if set to -1, :ref:`gmx mdrun` will
 245         not exit if it produces too many LINCS warnings.
 246
 247 ``GMX_NB_GENERIC``
 248         use the generic C kernel.  Should be set if using
 249         the group-based cutoff scheme and also sets ``GMX_NO_SOLV_OPT`` to be true,
 250         thus disabling solvent optimizations as well.
 251
 252 ``GMX_NB_MIN_CI``
 253         neighbor list balancing parameter used when running on GPU. Sets the
 254         target minimum number pair-lists in order to improve multi-processor load-balance for better
 255         performance with small simulation systems. Must be set to a non-negative integer,
 256         the 0 value disables list splitting.
 257         The default value is optimized for supported GPUs (NVIDIA Fermi to Maxwell),
 258         therefore changing it is not necessary for normal usage, but it can be useful on future architectures.
 259
 260 ``GMX_NBLISTCG``
 261         use neighbor list and kernels based on charge groups.
 262
 263 ``GMX_NBNXN_CYCLE``
 264         when set, print detailed neighbor search cycle counting.
 265
 266 ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``
 267         force the use of analytical Ewald non-bonded kernels,
 268         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``.
 269
 270 ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``
 271         force the use of tabulated Ewald non-bonded kernels,
 272         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``.
 273
 274 ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``
 275         force the use of 2x(N+N) SIMD CPU non-bonded kernels,
 276         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``.
 277
 278 ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``
 279         force the use of 4xN SIMD CPU non-bonded kernels,
 280         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``.
 281
 282 ``GMX_NOOPTIMIZEDKERNELS``
 283         deprecated, use ``GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS`` instead.
 284
 285 ``GMX_NO_ALLVSALL``
 286         disables optimized all-vs-all kernels.
 287
 288 ``GMX_NO_CART_REORDER``
 289         used in initializing domain decomposition communicators. Rank reordering
 290         is default, but can be switched off with this environment variable.
 291
 292 ``GMX_NO_LJ_COMB_RULE``
 293         force the use of LJ paremeter lookup instead of using combination rules
 294         in the non-bonded kernels.
 295
 296 ``GMX_NO_INT``, ``GMX_NO_TERM``, ``GMX_NO_USR1``
 297         disable signal handlers for SIGINT,
 298         SIGTERM, and SIGUSR1, respectively.
 299
 300 ``GMX_NO_NODECOMM``
 301         do not use separate inter- and intra-node communicators.
 302
 303 ``GMX_NO_NONBONDED``
 304         skip non-bonded calculations; can be used to estimate the possible
 305         performance gain from adding a GPU accelerator to the current hardware setup -- assuming that this is
 306         fast enough to complete the non-bonded calculations while the CPU does bonded force and PME computation.
 307         Freezing the particles will be required to stop the system blowing up.
 308
 309 ``GMX_PULL_PARTICIPATE_ALL``
 310         disable the default heuristic for when to use a separate pull MPI communicator (at >=32 ranks).
 311
 312 ``GMX_NOPREDICT``
 313         shell positions are not predicted.
 314
 315 ``GMX_NO_SOLV_OPT``
 316         turns off solvent optimizations; automatic if ``GMX_NB_GENERIC``
 317         is enabled.
 318
 319 ``GMX_NSCELL_NCG``
 320         the ideal number of charge groups per neighbor searching grid cell is hard-coded
 321         to a value of 10. Setting this environment variable to any other integer value overrides this hard-coded
 322         value.
 323
 324 ``GMX_PME_NUM_THREADS``
 325         set the number of OpenMP or PME threads; overrides the default set by
 326         :ref:`gmx mdrun`; can be used instead of the `-npme` command line option,
 327         also useful to set heterogeneous per-process/-node thread count.
 328
 329 ``GMX_PME_P3M``
 330         use P3M-optimized influence function instead of smooth PME B-spline interpolation.
 331
 332 ``GMX_PME_THREAD_DIVISION``
 333         PME thread division in the format "x y z" for all three dimensions. The
 334         sum of the threads in each dimension must equal the total number of PME threads (set in
 335         `GMX_PME_NTHREADS`).
 336
 337 ``GMX_PMEONEDD``
 338         if the number of domain decomposition cells is set to 1 for both x and y,
 339         decompose PME in one dimension.
 340
 341 ``GMX_REQUIRE_SHELL_INIT``
 342         require that shell positions are initiated.
 343
 344 ``GMX_REQUIRE_TABLES``
 345         require the use of tabulated Coulombic
 346         and van der Waals interactions.
 347
 348 ``GMX_SCSIGMA_MIN``
 349         the minimum value for soft-core sigma. **Note** that this value is set
 350         using the :mdp:`sc-sigma` keyword in the :ref:`mdp` file, but this environment variable can be used
 351         to reproduce pre-4.5 behavior with respect to this parameter.
 352
 353 ``GMX_TPIC_MASSES``
 354         should contain multiple masses used for test particle insertion into a cavity.
 355         The center of mass of the last atoms is used for insertion into the cavity.
 356
 357 ``GMX_USE_GRAPH``
 358         use graph for bonded interactions.
 359
 360 ``GMX_VERLET_BUFFER_RES``
 361         resolution of buffer size in Verlet cutoff scheme.  The default value is
 362         0.001, but can be overridden with this environment variable.
 363
 364 ``HWLOC_XMLFILE``
 365         Not strictly a |Gromacs| environment variable, but on large machines
 366         the hwloc detection can take a few seconds if you have lots of MPI processes.
 367         If you run the hwloc command `lstopo out.xml` and set this environment
 368         variable to point to the location of this file, the hwloc library will use
 369         the cached information instead, which can be faster.
 370
 371 ``MPIRUN``
 372         the ``mpirun`` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 373
 374 ``MDRUN``
 375         the :ref:`gmx mdrun` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 376
 377 ``GMX_DISABLE_DYNAMICPRUNING``
 378         disables dynamic pair-list pruning. Note that :ref:`gmx mdrun` will
 379         still tune nstlist to the optimal value picked assuming dynamic pruning. Thus
 380         for good performance the -nstlist option should be used.
 381
 382 ``GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING``
 383         overrides the dynamic pair-list pruning interval chosen heuristically
 384         by mdrun. Values should be between the pruning frequency value
 385         (1 for CPU and 2 for GPU) and :mdp:`nstlist` ``- 1``.
 386
 387 ``GMX_USE_TREEREDUCE``
 388         use tree reduction for nbnxn force reduction. Potentially faster for large number of
 389         OpenMP threads (if memory locality is important).
 390
 391 .. _opencl-management:
 392
 393 OpenCL management
 394 -----------------
 395 Currently, several environment variables exist that help customize some aspects
 396 of the OpenCL_ version of |Gromacs|. They are mostly related to the runtime
 397 compilation of OpenCL kernels, but they are also used in device selection.
 398
 399 ``GMX_OCL_NOGENCACHE``
 400         If set, disable caching for OpenCL kernel builds. Caching is
 401         normally useful so that future runs can re-use the compiled
 402         kernels from previous runs. Currently, caching is always
 403         disabled, until we solve concurrency issues.
 404
 405 ``GMX_OCL_GENCACHE``
 406         Enable OpenCL binary caching. Only intended to be used for
 407         development and (expert) testing as neither concurrency
 408         nor cache invalidation is implemented safely!
 409
 410 ``GMX_OCL_NOFASTGEN``
 411         If set, generate and compile all algorithm flavors, otherwise
 412         only the flavor required for the simulation is generated and
 413         compiled.
 414
 415 ``GMX_OCL_DISABLE_FASTMATH``
 416         Prevents the use of ``-cl-fast-relaxed-math`` compiler option.
 417
 418 ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 419         If defined, the OpenCL build log is always written to the
 420         mdrun log file. Otherwise, the build log is written to the
 421         log file only when an error occurs.
 422
 423 ``GMX_OCL_VERBOSE``
 424         If defined, it enables verbose mode for OpenCL kernel build.
 425         Currently available only for NVIDIA GPUs. See ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 426         for details about how to obtain the OpenCL build log.
 427
 428 ``GMX_OCL_DUMP_INTERM_FILES``
 429
 430         If defined, intermediate language code corresponding to the
 431         OpenCL build process is saved to file. Caching has to be
 432         turned off in order for this option to take effect (see
 433         ``GMX_OCL_NOGENCACHE``).
 434
 435             - NVIDIA GPUs: PTX code is saved in the current directory
 436               with the name ``device_name.ptx``
 437             - AMD GPUs: ``.IL/.ISA`` files will be created for each OpenCL
 438               kernel built.  For details about where these files are
 439               created check AMD documentation for ``-save-temps`` compiler
 440               option.
 441
 442 ``GMX_OCL_DEBUG``
 443         Use in conjunction with ``OCL_FORCE_CPU`` or with an AMD device.
 444         It adds the debug flag to the compiler options (-g).
 445
 446 ``GMX_OCL_NOOPT``
 447         Disable optimisations. Adds the option ``cl-opt-disable`` to the
 448         compiler options.
 449
 450 ``GMX_OCL_FORCE_CPU``
 451         Force the selection of a CPU device instead of a GPU.  This
 452         exists only for debugging purposes. Do not expect |Gromacs| to
 453         function properly with this option on, it is solely for the
 454         simplicity of stepping in a kernel and see what is happening.
 455
 456 ``GMX_OCL_DISABLE_I_PREFETCH``
 457         Disables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowing
 458         testing.
 459
 460 ``GMX_OCL_ENABLE_I_PREFETCH``
 461         Enables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowing
 462         testing on platforms where this behavior is not default.
 463
 464 ``GMX_OCL_NB_ANA_EWALD``
 465         Forces the use of analytical Ewald kernels. Equivalent of
 466         CUDA environment variable ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``
 467
 468 ``GMX_OCL_NB_TAB_EWALD``
 469         Forces the use of tabulated Ewald kernel. Equivalent
 470         of CUDA environment variable ``GMX_OCL_NB_TAB_EWALD``
 471
 472 ``GMX_OCL_NB_EWALD_TWINCUT``
 473         Forces the use of twin-range cutoff kernel. Equivalent of
 474         CUDA environment variable ``GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT``
 475
 476 ``GMX_OCL_FILE_PATH``
 477         Use this parameter to force |Gromacs| to load the OpenCL
 478         kernels from a custom location. Use it only if you want to
 479         override |Gromacs| default behavior, or if you want to test
 480         your own kernels.
 481
 482 ``GMX_OCL_DISABLE_COMPATIBILITY_CHECK``
 483         Disables the hardware compatibility check. Useful for developers
 484         and allows testing the OpenCL kernels on non-supported platforms
 485         (like Intel iGPUs) without source code modification.
 486
 487 Analysis and Core Functions
 488 ---------------------------
 489 ``GMX_QM_ACCURACY``
 490         accuracy in Gaussian L510 (MC-SCF) component program.
 491
 492 ``GMX_QM_ORCA_BASENAME``
 493         prefix of :ref:`tpr` files, used in Orca calculations
 494         for input and output file names.
 495
 496 ``GMX_QM_CPMCSCF``
 497         when set to a nonzero value, Gaussian QM calculations will
 498         iteratively solve the CP-MCSCF equations.
 499
 500 ``GMX_QM_MODIFIED_LINKS_DIR``
 501         location of modified links in Gaussian.
 502
 503 ``DSSP``
 504         used by :ref:`gmx do_dssp` to point to the ``dssp``
 505         executable (not just its path).
 506
 507 ``GMX_QM_GAUSS_DIR``
 508         directory where Gaussian is installed.
 509
 510 ``GMX_QM_GAUSS_EXE``
 511         name of the Gaussian executable.
 512
 513 ``GMX_DIPOLE_SPACING``
 514         spacing used by :ref:`gmx dipoles`.
 515
 516 ``GMX_MAXRESRENUM``
 517         sets the maximum number of residues to be renumbered by
 518         :ref:`gmx grompp`. A value of -1 indicates all residues should be renumbered.
 519
 520 ``GMX_NO_FFRTP_TER_RENAME``
 521         Some force fields (like AMBER) use specific names for N- and C-
 522         terminal residues (NXXX and CXXX) as :ref:`rtp` entries that are normally renamed. Setting
 523         this environment variable disables this renaming.
 524
 525 ``GMX_PATH_GZIP``
 526         ``gunzip`` executable, used by :ref:`gmx wham`.
 527
 528 ``GMX_FONT``
 529         name of X11 font used by :ref:`gmx view`.
 530
 531 ``GMXTIMEUNIT``
 532         the time unit used in output files, can be
 533         anything in fs, ps, ns, us, ms, s, m or h.
 534
 535 ``GMX_QM_GAUSSIAN_MEMORY``
 536         memory used for Gaussian QM calculation.
 537
 538 ``MULTIPROT``
 539         name of the ``multiprot`` executable, used by the
 540         contributed program ``do_multiprot``.
 541
 542 ``NCPUS``
 543         number of CPUs to be used for Gaussian QM calculation
 544
 545 ``GMX_ORCA_PATH``
 546         directory where Orca is installed.
 547
 548 ``GMX_QM_SA_STEP``
 549         simulated annealing step size for Gaussian QM calculation.
 550
 551 ``GMX_QM_GROUND_STATE``
 552         defines state for Gaussian surface hopping calculation.
 553
 554 ``GMX_TOTAL``
 555         name of the ``total`` executable used by the contributed
 556         ``do_shift`` program.
 557
 558 ``GMX_ENER_VERBOSE``
 559         make :ref:`gmx energy` and :ref:`gmx eneconv`
 560         loud and noisy.
 561
 562 ``VMD_PLUGIN_PATH``
 563         where to find VMD plug-ins. Needed to be
 564         able to read file formats recognized only by a VMD plug-in.
 565
 566 ``VMDDIR``
 567         base path of VMD installation.
 568
 569 ``GMX_USE_XMGR``
 570         sets viewer to ``xmgr`` (deprecated) instead of ``xmgrace``.