docs/user-guide/environment-variables.rst

   1 Environment Variables
   2 =====================
   3
   4 |Gromacs| programs may be influenced by the use of
   5 environment variables.  First of all, the variables set in
   6 the ``GMXRC`` file are essential for running and
   7 compiling |Gromacs|. Some other useful environment variables are
   8 listed in the following sections. Most environment variables function
   9 by being set in your shell to any non-NULL value. Specific
  10 requirements are described below if other values need to be set. You
  11 should consult the documentation for your shell for instructions on
  12 how to set environment variables in the current shell, or in configuration
  13 files for future shells. Note that requirements for exporting
  14 environment variables to jobs run under batch control systems vary and
  15 you should consult your local documentation for details.
  16
  17 Output Control
  18 --------------
  19 ``GMX_CONSTRAINTVIR``
  20         Print constraint virial and force virial energy terms.
  21
  22 ``GMX_MAXBACKUP``
  23         |Gromacs| automatically backs up old
  24         copies of files when trying to write a new file of the same
  25         name, and this variable controls the maximum number of
  26         backups that will be made, default 99. If set to 0 it fails to
  27         run if any output file already exists. And if set to -1 it
  28         overwrites any output file without making a backup.
  29
  30 ``GMX_NO_QUOTES``
  31         if this is explicitly set, no cool quotes
  32         will be printed at the end of a program.
  33
  34 ``GMX_SUPPRESS_DUMP``
  35         prevent dumping of step files during
  36         (for example) blowing up during failure of constraint
  37         algorithms.
  38
  39 ``GMX_TPI_DUMP``
  40         dump all configurations to a :ref:`pdb`
  41         file that have an interaction energy less than the value set
  42         in this environment variable.
  43
  44 ``GMX_VIEW_XPM``
  45         ``GMX_VIEW_XVG``, ``GMX_VIEW_EPS`` and ``GMX_VIEW_PDB``, commands used to
  46         automatically view :ref:`xvg`, :ref:`xpm`, :ref:`eps`
  47         and :ref:`pdb` file types, respectively; they default to ``xv``, ``xmgrace``,
  48         ``ghostview`` and ``rasmol``. Set to empty to disable
  49         automatic viewing of a particular file type. The command will
  50         be forked off and run in the background at the same priority
  51         as the |Gromacs| tool (which might not be what you want).
  52         Be careful not to use a command which blocks the terminal
  53         (e.g. ``vi``), since multiple instances might be run.
  54
  55 ``GMX_VIRIAL_TEMPERATURE``
  56         print virial temperature energy term
  57
  58 ``GMX_LOG_BUFFER``
  59         the size of the buffer for file I/O. When set
  60         to 0, all file I/O will be unbuffered and therefore very slow.
  61         This can be handy for debugging purposes, because it ensures
  62         that all files are always totally up-to-date.
  63
  64 ``GMX_LOGO_COLOR``
  65         set display color for logo in :ref:`gmx view`.
  66
  67 ``GMX_PRINT_LONGFORMAT``
  68         use long float format when printing
  69         decimal values.
  70
  71 ``GMX_COMPELDUMP``
  72         Applies for computational electrophysiology setups
  73         only (see reference manual). The initial structure gets dumped to
  74         :ref:`pdb` file, which allows to check whether multimeric channels have
  75         the correct PBC representation.
  76
  77 Debugging
  78 ---------
  79 ``GMX_PRINT_DEBUG_LINES``
  80         when set, print debugging info on line numbers.
  81
  82 ``GMX_DD_NST_DUMP``
  83         number of steps that elapse between dumping
  84         the current DD to a PDB file (default 0). This only takes effect
  85         during domain decomposition, so it should typically be
  86         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
  87
  88 ``GMX_DD_NST_DUMP_GRID``
  89         number of steps that elapse between dumping
  90         the current DD grid to a PDB file (default 0). This only takes effect
  91         during domain decomposition, so it should typically be
  92         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
  93
  94 ``GMX_DD_DEBUG``
  95         general debugging trigger for every domain
  96         decomposition (default 0, meaning off). Currently only checks
  97         global-local atom index mapping for consistency.
  98
  99 ``GMX_DD_NPULSE``
 100         over-ride the number of DD pulses used
 101         (default 0, meaning no over-ride). Normally 1 or 2.
 102
 103 There are a number of extra environment variables like these
 104 that are used in debugging - check the code!
 105
 106 Performance and Run Control
 107 ---------------------------
 108 ``GMX_DO_GALACTIC_DYNAMICS``
 109         planetary simulations are made possible (just for fun) by setting
 110         this environment variable, which allows setting :mdp:`epsilon-r` to -1 in the :ref:`mdp`
 111         file. Normally, :mdp:`epsilon-r` must be greater than zero to prevent a fatal error.
 112         See webpage_ for example input files for a planetary simulation.
 113
 114 ``GMX_ALLOW_CPT_MISMATCH``
 115         when set, runs will not exit if the
 116         ensemble set in the :ref:`tpr` file does not match that of the
 117         :ref:`cpt` file.
 118
 119 ``GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT``
 120         force the use of twin-range cutoff kernel even if :mdp:`rvdw` equals
 121         :mdp:`rcoulomb` after PP-PME load balancing. The switch to twin-range kernels is automated,
 122         so this variable should be used only for benchmarking.
 123
 124 ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``
 125         force the use of analytical Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 126
 127 ``GMX_CUDA_NB_TAB_EWALD``
 128         force the use of tabulated Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 129
 130 ``GMX_CUDA_STREAMSYNC``
 131         force the use of cudaStreamSynchronize on ECC-enabled GPUs, which leads
 132         to performance loss due to a known CUDA driver bug present in API v5.0 NVIDIA drivers (pre-30x.xx).
 133         Cannot be set simultaneously with ``GMX_NO_CUDA_STREAMSYNC``.
 134
 135 ``GMX_DISABLE_CUDALAUNCH``
 136         disable the use of the lower-latency cudaLaunchKernel API even when supported (CUDA >=v7.0).
 137         Should only be used for benchmarking purposes.
 138
 139 ``GMX_DISABLE_CUDA_TIMING``
 140         Disables GPU timing of CUDA tasks; synonymous with ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``.
 141
 142 ``GMX_CYCLE_ALL``
 143         times all code during runs.  Incompatible with threads.
 144
 145 ``GMX_CYCLE_BARRIER``
 146         calls MPI_Barrier before each cycle start/stop call.
 147
 148 ``GMX_DD_ORDER_ZYX``
 149         build domain decomposition cells in the order
 150         (z, y, x) rather than the default (x, y, z).
 151
 152 ``GMX_DD_USE_SENDRECV2``
 153         during constraint and vsite communication, use a pair
 154         of ``MPI_Sendrecv`` calls instead of two simultaneous non-blocking calls
 155         (default 0, meaning off). Might be faster on some MPI implementations.
 156
 157 ``GMX_DLB_BASED_ON_FLOPS``
 158         do domain-decomposition dynamic load balancing based on flop count rather than
 159         measured time elapsed (default 0, meaning off).
 160         This makes the load balancing reproducible, which can be useful for debugging purposes.
 161         A value of 1 uses the flops; a value > 1 adds (value - 1)*5% of noise to the flops to increase the imbalance and the scaling.
 162
 163 ``GMX_DLB_MAX_BOX_SCALING``
 164         maximum percentage box scaling permitted per domain-decomposition
 165         load-balancing step (default 10)
 166
 167 ``GMX_DD_RECORD_LOAD``
 168         record DD load statistics for reporting at end of the run (default 1, meaning on)
 169
 170 ``GMX_DETAILED_PERF_STATS``
 171         when set, print slightly more detailed performance information
 172         to the :ref:`log` file. The resulting output is the way performance summary is reported in versions
 173         4.5.x and thus may be useful for anyone using scripts to parse :ref:`log` files or standard output.
 174
 175 ``GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS``
 176         disables architecture-specific SIMD-optimized (SSE2, SSE4.1, AVX, etc.)
 177         non-bonded kernels thus forcing the use of plain C kernels.
 178
 179 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
 180         timing of asynchronously executed GPU operations can have a
 181         non-negligible overhead with short step times. Disabling timing can improve performance in these cases.
 182
 183 ``GMX_DISABLE_GPU_DETECTION``
 184         when set, disables GPU detection even if :ref:`gmx mdrun` was compiled
 185         with GPU support.
 186
 187 ``GMX_GPU_APPLICATION_CLOCKS``
 188         setting this variable to a value of "0", "ON", or "DISABLE" (case insensitive)
 189         allows disabling the CUDA GPU allication clock support.
 190
 191 ``GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE``
 192         the number of systems for distance restraint ensemble
 193         averaging. Takes an integer value.
 194
 195 ``GMX_EMULATE_GPU``
 196         emulate GPU runs by using algorithmically equivalent CPU reference code instead of
 197         GPU-accelerated functions. As the CPU code is slow, it is intended to be used only for debugging purposes.
 198
 199 ``GMX_ENX_NO_FATAL``
 200         disable exiting upon encountering a corrupted frame in an :ref:`edr`
 201         file, allowing the use of all frames up until the corruption.
 202
 203 ``GMX_FORCE_UPDATE``
 204         update forces when invoking ``mdrun -rerun``.
 205
 206 ``GMX_GPU_ID``
 207         set in the same way as ``mdrun -gpu_id``, ``GMX_GPU_ID``
 208         allows the user to specify different GPU id-s, which can be useful for selecting different
 209         devices on different compute nodes in a cluster.  Cannot be used in conjunction with ``mdrun -gpu_id``.
 210
 211 ``GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV``
 212         allow :ref:`gmx mdrun` to continue even if
 213         a file is missing.
 214
 215 ``GMX_LJCOMB_TOL``
 216         when set to a floating-point value, overrides the default tolerance of
 217         1e-5 for force-field floating-point parameters.
 218
 219 ``GMX_MAXCONSTRWARN``
 220         if set to -1, :ref:`gmx mdrun` will
 221         not exit if it produces too many LINCS warnings.
 222
 223 ``GMX_NB_GENERIC``
 224         use the generic C kernel.  Should be set if using
 225         the group-based cutoff scheme and also sets ``GMX_NO_SOLV_OPT`` to be true,
 226         thus disabling solvent optimizations as well.
 227
 228 ``GMX_NB_MIN_CI``
 229         neighbor list balancing parameter used when running on GPU. Sets the
 230         target minimum number pair-lists in order to improve multi-processor load-balance for better
 231         performance with small simulation systems. Must be set to a non-negative integer,
 232         the 0 value disables list splitting.
 233         The default value is optimized for supported GPUs (NVIDIA Fermi to Maxwell),
 234         therefore changing it is not necessary for normal usage, but it can be useful on future architectures.
 235
 236 ``GMX_NBLISTCG``
 237         use neighbor list and kernels based on charge groups.
 238
 239 ``GMX_NBNXN_CYCLE``
 240         when set, print detailed neighbor search cycle counting.
 241
 242 ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``
 243         force the use of analytical Ewald non-bonded kernels,
 244         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``.
 245
 246 ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``
 247         force the use of tabulated Ewald non-bonded kernels,
 248         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``.
 249
 250 ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``
 251         force the use of 2x(N+N) SIMD CPU non-bonded kernels,
 252         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``.
 253
 254 ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``
 255         force the use of 4xN SIMD CPU non-bonded kernels,
 256         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``.
 257
 258 ``GMX_NO_ALLVSALL``
 259         disables optimized all-vs-all kernels.
 260
 261 ``GMX_NO_CART_REORDER``
 262         used in initializing domain decomposition communicators. Rank reordering
 263         is default, but can be switched off with this environment variable.
 264
 265 ``GMX_NO_LJ_COMB_RULE``
 266         force the use of LJ paremeter lookup instead of using combination rules
 267         in the non-bonded kernels.
 268
 269 ``GMX_NO_CUDA_STREAMSYNC``
 270         the opposite of ``GMX_CUDA_STREAMSYNC``. Disables the use of the
 271         standard cudaStreamSynchronize-based GPU waiting to improve performance when using CUDA driver API
 272         ealier than v5.0 with ECC-enabled GPUs.
 273
 274 ``GMX_NO_INT``, ``GMX_NO_TERM``, ``GMX_NO_USR1``
 275         disable signal handlers for SIGINT,
 276         SIGTERM, and SIGUSR1, respectively.
 277
 278 ``GMX_NO_NODECOMM``
 279         do not use separate inter- and intra-node communicators.
 280
 281 ``GMX_NO_NONBONDED``
 282         skip non-bonded calculations; can be used to estimate the possible
 283         performance gain from adding a GPU accelerator to the current hardware setup -- assuming that this is
 284         fast enough to complete the non-bonded calculations while the CPU does bonded force and PME computation.
 285         Freezing the particles will be required to stop the system blowing up.
 286
 287 ``GMX_NO_PULLVIR``
 288         when set, do not add virial contribution to COM pull forces.
 289
 290 ``GMX_NOPREDICT``
 291         shell positions are not predicted.
 292
 293 ``GMX_NO_SOLV_OPT``
 294         turns off solvent optimizations; automatic if ``GMX_NB_GENERIC``
 295         is enabled.
 296
 297 ``GMX_NSCELL_NCG``
 298         the ideal number of charge groups per neighbor searching grid cell is hard-coded
 299         to a value of 10. Setting this environment variable to any other integer value overrides this hard-coded
 300         value.
 301
 302 ``GMX_PME_NTHREADS``
 303         set the number of OpenMP or PME threads (overrides the number guessed by
 304         :ref:`gmx mdrun`.
 305
 306 ``GMX_PME_P3M``
 307         use P3M-optimized influence function instead of smooth PME B-spline interpolation.
 308
 309 ``GMX_PME_THREAD_DIVISION``
 310         PME thread division in the format "x y z" for all three dimensions. The
 311         sum of the threads in each dimension must equal the total number of PME threads (set in
 312         `GMX_PME_NTHREADS`).
 313
 314 ``GMX_PMEONEDD``
 315         if the number of domain decomposition cells is set to 1 for both x and y,
 316         decompose PME in one dimension.
 317
 318 ``GMX_REQUIRE_SHELL_INIT``
 319         require that shell positions are initiated.
 320
 321 ``GMX_REQUIRE_TABLES``
 322         require the use of tabulated Coulombic
 323         and van der Waals interactions.
 324
 325 ``GMX_SCSIGMA_MIN``
 326         the minimum value for soft-core sigma. **Note** that this value is set
 327         using the :mdp:`sc-sigma` keyword in the :ref:`mdp` file, but this environment variable can be used
 328         to reproduce pre-4.5 behavior with respect to this parameter.
 329
 330 ``GMX_TPIC_MASSES``
 331         should contain multiple masses used for test particle insertion into a cavity.
 332         The center of mass of the last atoms is used for insertion into the cavity.
 333
 334 ``GMX_USE_GRAPH``
 335         use graph for bonded interactions.
 336
 337 ``GMX_VERLET_BUFFER_RES``
 338         resolution of buffer size in Verlet cutoff scheme.  The default value is
 339         0.001, but can be overridden with this environment variable.
 340
 341 ``HWLOC_XMLFILE``
 342         Not strictly a |Gromacs| environment variable, but on large machines
 343         the hwloc detection can take a few seconds if you have lots of MPI processes.
 344         If you run the hwloc command `lstopo out.xml` and set this environment
 345         variable to point to the location of this file, the hwloc library will use
 346         the cached information instead, which can be faster.
 347
 348 ``MPIRUN``
 349         the ``mpirun`` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 350
 351 ``MDRUN``
 352         the :ref:`gmx mdrun` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 353
 354 ``GMX_DISABLE DYNAMICPRUNING``
 355         disables dynamic pair-list pruning. Note that :ref:`gmx mdrun` will
 356         still tune nstlist to the optimal value with dynamic pruning. Thus
 357         for good performance the -nstlist option should be used.
 358
 359 ``GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING``
 360         overrides the dynamic pair-list pruning interval chosen heuristically
 361         by mdrun. Values should be between the pruning frequency value
 362         (1 for CPU and 2 for GPU) and :mdp:`nstlist - 1`.
 363
 364 ``GMX_USE_TREEREDUCE``
 365         use tree reduction for nbnxn force reduction. Potentially faster for large number of
 366         OpenMP threads (if memory locality is important).
 367
 368 .. _opencl-management:
 369
 370 OpenCL management
 371 -----------------
 372 Currently, several environment variables exist that help customize some aspects
 373 of the OpenCL_ version of |Gromacs|. They are mostly related to the runtime
 374 compilation of OpenCL kernels, but they are also used in device selection.
 375
 376 ``GMX_OCL_NOGENCACHE``
 377         If set, disable caching for OpenCL kernel builds. Caching is
 378         normally useful so that future runs can re-use the compiled
 379         kernels from previous runs. Currently, caching is always
 380         disabled, until we solve concurrency issues.
 381
 382 ``GMX_OCL_GENCACHE``
 383         Enable OpenCL binary caching. Only intended to be used for
 384         development and (expert) testing as neither concurrency
 385         nor cache invalidation is implemented safely!
 386
 387 ``GMX_OCL_NOFASTGEN``
 388         If set, generate and compile all algorithm flavors, otherwise
 389         only the flavor required for the simulation is generated and
 390         compiled.
 391
 392 ``GMX_OCL_DISABLE_FASTMATH``
 393         Prevents the use of ``-cl-fast-relaxed-math`` compiler option.
 394
 395 ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 396         If defined, the OpenCL build log is always written to the
 397         mdrun log file. Otherwise, the build log is written to the
 398         log file only when an error occurs.
 399
 400 ``GMX_OCL_VERBOSE``
 401         If defined, it enables verbose mode for OpenCL kernel build.
 402         Currently available only for NVIDIA GPUs. See ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 403         for details about how to obtain the OpenCL build log.
 404
 405 ``GMX_OCL_DUMP_INTERM_FILES``
 406
 407         If defined, intermediate language code corresponding to the
 408         OpenCL build process is saved to file. Caching has to be
 409         turned off in order for this option to take effect (see
 410         ``GMX_OCL_NOGENCACHE``).
 411
 412             - NVIDIA GPUs: PTX code is saved in the current directory
 413               with the name ``device_name.ptx``
 414             - AMD GPUs: ``.IL/.ISA`` files will be created for each OpenCL
 415               kernel built.  For details about where these files are
 416               created check AMD documentation for ``-save-temps`` compiler
 417               option.
 418
 419 ``GMX_OCL_DEBUG``
 420         Use in conjunction with ``OCL_FORCE_CPU`` or with an AMD device.
 421         It adds the debug flag to the compiler options (-g).
 422
 423 ``GMX_OCL_NOOPT``
 424         Disable optimisations. Adds the option ``cl-opt-disable`` to the
 425         compiler options.
 426
 427 ``GMX_OCL_FORCE_CPU``
 428         Force the selection of a CPU device instead of a GPU.  This
 429         exists only for debugging purposes. Do not expect |Gromacs| to
 430         function properly with this option on, it is solely for the
 431         simplicity of stepping in a kernel and see what is happening.
 432
 433 ``GMX_OCL_DISABLE_I_PREFETCH``
 434         Disables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowig
 435         testing.
 436
 437 ``GMX_OCL_ENABLE_I_PREFETCH``
 438         Enables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowig
 439         testing on platforms where this behavior is not default.
 440
 441 ``GMX_OCL_NB_ANA_EWALD``
 442         Forces the use of analytical Ewald kernels. Equivalent of
 443         CUDA environment variable ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``
 444
 445 ``GMX_OCL_NB_TAB_EWALD``
 446         Forces the use of tabulated Ewald kernel. Equivalent
 447         of CUDA environment variable ``GMX_OCL_NB_TAB_EWALD``
 448
 449 ``GMX_OCL_NB_EWALD_TWINCUT``
 450         Forces the use of twin-range cutoff kernel. Equivalent of
 451         CUDA environment variable ``GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT``
 452
 453 ``GMX_DISABLE_OCL_TIMING``
 454         Disables timing for OpenCL operations
 455
 456 ``GMX_OCL_FILE_PATH``
 457         Use this parameter to force |Gromacs| to load the OpenCL
 458         kernels from a custom location. Use it only if you want to
 459         override |Gromacs| default behavior, or if you want to test
 460         your own kernels.
 461
 462 ``GMX_OCL_DISABLE_COMPATIBILITY_CHECK``
 463         Disables the hardware compatibility check. Useful for developers
 464         and allows testing the OpenCL kernels on non-supported platforms
 465         (like Intel iGPUs) without source code modification.
 466
 467 Analysis and Core Functions
 468 ---------------------------
 469 ``GMX_QM_ACCURACY``
 470         accuracy in Gaussian L510 (MC-SCF) component program.
 471
 472 ``GMX_QM_ORCA_BASENAME``
 473         prefix of :ref:`tpr` files, used in Orca calculations
 474         for input and output file names.
 475
 476 ``GMX_QM_CPMCSCF``
 477         when set to a nonzero value, Gaussian QM calculations will
 478         iteratively solve the CP-MCSCF equations.
 479
 480 ``GMX_QM_MODIFIED_LINKS_DIR``
 481         location of modified links in Gaussian.
 482
 483 ``DSSP``
 484         used by :ref:`gmx do_dssp` to point to the ``dssp``
 485         executable (not just its path).
 486
 487 ``GMX_QM_GAUSS_DIR``
 488         directory where Gaussian is installed.
 489
 490 ``GMX_QM_GAUSS_EXE``
 491         name of the Gaussian executable.
 492
 493 ``GMX_DIPOLE_SPACING``
 494         spacing used by :ref:`gmx dipoles`.
 495
 496 ``GMX_MAXRESRENUM``
 497         sets the maximum number of residues to be renumbered by
 498         :ref:`gmx grompp`. A value of -1 indicates all residues should be renumbered.
 499
 500 ``GMX_FFRTP_TER_RENAME``
 501         Some force fields (like AMBER) use specific names for N- and C-
 502         terminal residues (NXXX and CXXX) as :ref:`rtp` entries that are normally renamed. Setting
 503         this environment variable disables this renaming.
 504
 505 ``GMX_PATH_GZIP``
 506         ``gunzip`` executable, used by :ref:`gmx wham`.
 507
 508 ``GMX_FONT``
 509         name of X11 font used by :ref:`gmx view`.
 510
 511 ``GMXTIMEUNIT``
 512         the time unit used in output files, can be
 513         anything in fs, ps, ns, us, ms, s, m or h.
 514
 515 ``GMX_QM_GAUSSIAN_MEMORY``
 516         memory used for Gaussian QM calculation.
 517
 518 ``MULTIPROT``
 519         name of the ``multiprot`` executable, used by the
 520         contributed program ``do_multiprot``.
 521
 522 ``NCPUS``
 523         number of CPUs to be used for Gaussian QM calculation
 524
 525 ``GMX_ORCA_PATH``
 526         directory where Orca is installed.
 527
 528 ``GMX_QM_SA_STEP``
 529         simulated annealing step size for Gaussian QM calculation.
 530
 531 ``GMX_QM_GROUND_STATE``
 532         defines state for Gaussian surface hopping calculation.
 533
 534 ``GMX_TOTAL``
 535         name of the ``total`` executable used by the contributed
 536         ``do_shift`` program.
 537
 538 ``GMX_ENER_VERBOSE``
 539         make :ref:`gmx energy` and :ref:`gmx eneconv`
 540         loud and noisy.
 541
 542 ``VMD_PLUGIN_PATH``
 543         where to find VMD plug-ins. Needed to be
 544         able to read file formats recognized only by a VMD plug-in.
 545
 546 ``VMDDIR``
 547         base path of VMD installation.
 548
 549 ``GMX_USE_XMGR``
 550         sets viewer to ``xmgr`` (deprecated) instead of ``xmgrace``.