docs/user-guide/environment-variables.rst

   1 .. NOTE: Below is a useful bash one-liner to verify whether there are variables in this file
   2 ..        no longer present in the code.
   3 .. ( export INPUT_FILE='docs/user-guide/environment-variables.rst' GIT_PAGER="cat "; for s in $(grep '^`'  $INPUT_FILE | sed 's/`//g' | sed 's/,/ /g'); do count=$(git grep $s | grep -v $INPUT_FILE | wc -l); [ $count -eq 0 ] && printf "%-30s%s\n" $s $count; done ; )
   4 .. Another useful one-liner to find undocumentedvariables:
   5 ..  ( export INPUT_FILE=docs/user-guide/environment-variables.rst; GIT_PAGER="cat ";   for ss in `for s in $(git grep getenv |  sed 's/.*getenv("\(.*\)".*/\1/' | sort -u  | grep '^[A-Z]'); do [ $(grep $s $INPUT_FILE -c) -eq 0 ] && echo $s; done `; do git grep $ss ; done )
   6
   7 Environment Variables
   8 =====================
   9
  10 |Gromacs| programs may be influenced by the use of
  11 environment variables.  First of all, the variables set in
  12 the ``GMXRC`` file are essential for running and
  13 compiling |Gromacs|. Some other useful environment variables are
  14 listed in the following sections. Most environment variables function
  15 by being set in your shell to any non-NULL value. Specific
  16 requirements are described below if other values need to be set. You
  17 should consult the documentation for your shell for instructions on
  18 how to set environment variables in the current shell, or in configuration
  19 files for future shells. Note that requirements for exporting
  20 environment variables to jobs run under batch control systems vary and
  21 you should consult your local documentation for details.
  22
  23 Output Control
  24 --------------
  25 ``GMX_CONSTRAINTVIR``
  26         Print constraint virial and force virial energy terms.
  27
  28 ``GMX_DUMP_NL``
  29         Neighbour list dump level; default 0.
  30
  31 ``GMX_MAXBACKUP``
  32         |Gromacs| automatically backs up old
  33         copies of files when trying to write a new file of the same
  34         name, and this variable controls the maximum number of
  35         backups that will be made, default 99. If set to 0 it fails to
  36         run if any output file already exists. And if set to -1 it
  37         overwrites any output file without making a backup.
  38
  39 ``GMX_NO_QUOTES``
  40         if this is explicitly set, no cool quotes
  41         will be printed at the end of a program.
  42
  43 ``GMX_SUPPRESS_DUMP``
  44         prevent dumping of step files during
  45         (for example) blowing up during failure of constraint
  46         algorithms.
  47
  48 ``GMX_TPI_DUMP``
  49         dump all configurations to a :ref:`pdb`
  50         file that have an interaction energy less than the value set
  51         in this environment variable.
  52
  53 ``GMX_VIEW_XPM``
  54         ``GMX_VIEW_XVG``, ``GMX_VIEW_EPS`` and ``GMX_VIEW_PDB``, commands used to
  55         automatically view :ref:`xvg`, :ref:`xpm`, :ref:`eps`
  56         and :ref:`pdb` file types, respectively; they default to ``xv``, ``xmgrace``,
  57         ``ghostview`` and ``rasmol``. Set to empty to disable
  58         automatic viewing of a particular file type. The command will
  59         be forked off and run in the background at the same priority
  60         as the |Gromacs| tool (which might not be what you want).
  61         Be careful not to use a command which blocks the terminal
  62         (e.g. ``vi``), since multiple instances might be run.
  63
  64 ``GMX_LOG_BUFFER``
  65         the size of the buffer for file I/O. When set
  66         to 0, all file I/O will be unbuffered and therefore very slow.
  67         This can be handy for debugging purposes, because it ensures
  68         that all files are always totally up-to-date.
  69
  70 ``GMX_LOGO_COLOR``
  71         set display color for logo in :ref:`gmx view`.
  72
  73 ``GMX_PRINT_LONGFORMAT``
  74         use long float format when printing
  75         decimal values.
  76
  77 ``GMX_COMPELDUMP``
  78         Applies for computational electrophysiology setups
  79         only (see reference manual). The initial structure gets dumped to
  80         :ref:`pdb` file, which allows to check whether multimeric channels have
  81         the correct PBC representation.
  82
  83 ``GMX_TRAJECTORY_IO_VERBOSITY``
  84         Defaults to 1, which prints frame count e.g. when reading trajectory
  85         files. Set to 0 for quiet operation.
  86
  87 ``GMX_ENABLE_GPU_TIMING``
  88         Enables GPU timings in the log file for CUDA. Note that CUDA timings
  89         are incorrect with multiple streams, as happens with domain
  90         decomposition or with both non-bondeds and PME on the GPU (this is
  91         also the main reason why they are not turned on by default).
  92
  93 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
  94         Disables GPU timings in the log file for OpenCL.
  95
  96 Debugging
  97 ---------
  98 ``GMX_PRINT_DEBUG_LINES``
  99         when set, print debugging info on line numbers.
 100
 101 ``GMX_DD_NST_DUMP``
 102         number of steps that elapse between dumping
 103         the current DD to a PDB file (default 0). This only takes effect
 104         during domain decomposition, so it should typically be
 105         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
 106
 107 ``GMX_DD_NST_DUMP_GRID``
 108         number of steps that elapse between dumping
 109         the current DD grid to a PDB file (default 0). This only takes effect
 110         during domain decomposition, so it should typically be
 111         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
 112
 113 ``GMX_DD_DEBUG``
 114         general debugging trigger for every domain
 115         decomposition (default 0, meaning off). Currently only checks
 116         global-local atom index mapping for consistency.
 117
 118 ``GMX_DD_NPULSE``
 119         over-ride the number of DD pulses used
 120         (default 0, meaning no over-ride). Normally 1 or 2.
 121
 122 ``GMX_DISABLE_ALTERNATING_GPU_WAIT``
 123         disables the specialized polling wait path used to wait for the PME and nonbonded
 124         GPU tasks completion to overlap to do the reduction of the resulting forces that
 125         arrive first. Setting this variable switches to the generic path with fixed waiting
 126         order.
 127
 128 ``GMX_TEST_REQUIRED_NUMBER_OF_DEVICES``
 129         sets the number of GPUs required by the test suite. By default, the test suite would
 130         fall-back to using CPU if GPUs could not be detected. Set it to a positive integer value
 131         to ensure that at least this at least this number of usable GPUs are detected. Default:
 132         0 (not testing GPU availability).
 133
 134 There are a number of extra environment variables like these
 135 that are used in debugging - check the code!
 136
 137 Performance and Run Control
 138 ---------------------------
 139 ``GMX_DO_GALACTIC_DYNAMICS``
 140         planetary simulations are made possible (just for fun) by setting
 141         this environment variable, which allows setting :mdp:`epsilon-r` to -1 in the :ref:`mdp`
 142         file. Normally, :mdp:`epsilon-r` must be greater than zero to prevent a fatal error.
 143         See webpage_ for example input files for a planetary simulation.
 144
 145 ``GMX_BONDED_NTHREAD_UNIFORM``
 146         Value of the number of threads per rank from which to switch from uniform
 147         to localized bonded interaction distribution; optimal value dependent on
 148         system and hardware, default value is 4.
 149
 150 ``GMX_GPU_NB_EWALD_TWINCUT``
 151         force the use of twin-range cutoff kernel even if :mdp:`rvdw` equals
 152         :mdp:`rcoulomb` after PP-PME load balancing. The switch to twin-range kernels is automated,
 153         so this variable should be used only for benchmarking.
 154
 155 ``GMX_GPU_NB_ANA_EWALD``
 156         force the use of analytical Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 157
 158 ``GMX_GPU_NB_TAB_EWALD``
 159         force the use of tabulated Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 160
 161 ``GMX_DISABLE_CUDA_TIMING``
 162         Deprecated. Use ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING`` instead.
 163
 164 ``GMX_GPU_DD_COMMS``
 165         perform domain decomposition halo exchange communication operations (on coordinate and force buffers)
 166         directly on GPU memory spaces, without the staging of data through CPU memory, where possible.
 167
 168 ``GMX_GPU_PME_PP_COMMS``
 169         when the simulation uses a separate PME rank, perform communication operations between PP and PME rank
 170         (for coordinate and force buffers) directly on GPU memory spaces, without the staging of data through CPU
 171         memory, where possible.
 172
 173 ``GMX_CYCLE_ALL``
 174         times all code during runs.  Incompatible with threads.
 175
 176 ``GMX_CYCLE_BARRIER``
 177         calls MPI_Barrier before each cycle start/stop call.
 178
 179 ``GMX_DD_ORDER_ZYX``
 180         build domain decomposition cells in the order
 181         (z, y, x) rather than the default (x, y, z).
 182
 183 ``GMX_DD_USE_SENDRECV2``
 184         during constraint and vsite communication, use a pair
 185         of ``MPI_Sendrecv`` calls instead of two simultaneous non-blocking calls
 186         (default 0, meaning off). Might be faster on some MPI implementations.
 187
 188 ``GMX_DLB_BASED_ON_FLOPS``
 189         do domain-decomposition dynamic load balancing based on flop count rather than
 190         measured time elapsed (default 0, meaning off).
 191         This makes the load balancing reproducible, which can be useful for debugging purposes.
 192         A value of 1 uses the flops; a value > 1 adds (value - 1)*5% of noise to the flops to increase the imbalance and the scaling.
 193
 194 ``GMX_DLB_MAX_BOX_SCALING``
 195         maximum percentage box scaling permitted per domain-decomposition
 196         load-balancing step (default 10)
 197
 198 ``GMX_DD_RECORD_LOAD``
 199         record DD load statistics for reporting at end of the run (default 1, meaning on)
 200
 201 ``GMX_DETAILED_PERF_STATS``
 202         when set, print slightly more detailed performance information
 203         to the :ref:`log` file. The resulting output is the way performance summary is reported in versions
 204         4.5.x and thus may be useful for anyone using scripts to parse :ref:`log` files or standard output.
 205
 206 ``GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS``
 207         disables architecture-specific SIMD-optimized (SSE2, SSE4.1, AVX, etc.)
 208         non-bonded kernels thus forcing the use of plain C kernels.
 209
 210 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
 211         timing of asynchronously executed GPU operations can have a
 212         non-negligible overhead with short step times. Disabling timing can improve performance in these cases.
 213
 214 ``GMX_DISABLE_GPU_DETECTION``
 215         when set, disables GPU detection even if :ref:`gmx mdrun` was compiled
 216         with GPU support.
 217
 218 ``GMX_GPU_APPLICATION_CLOCKS``
 219         setting this variable to a value of "0", "ON", or "DISABLE" (case insensitive)
 220         allows disabling the CUDA GPU allication clock support.
 221
 222 ``GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE``
 223         the number of systems for distance restraint ensemble
 224         averaging. Takes an integer value.
 225
 226 ``GMX_EMULATE_GPU``
 227         emulate GPU runs by using algorithmically equivalent CPU reference code instead of
 228         GPU-accelerated functions. As the CPU code is slow, it is intended to be used only for debugging purposes.
 229
 230 ``GMX_ENX_NO_FATAL``
 231         disable exiting upon encountering a corrupted frame in an :ref:`edr`
 232         file, allowing the use of all frames up until the corruption.
 233
 234 ``GMX_FORCE_UPDATE``
 235         update forces when invoking ``mdrun -rerun``.
 236
 237 ``GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU``
 238         Force update to run on the GPU by default, overriding the ``mdrun -update auto`` option. Works similar to setting
 239         ``mdrun -update gpu``, but (1) falls back to the CPU code-path, if set with input that is not supported and
 240         (2) can be used to run update on GPUs in multi-rank cases. The latter case should be
 241         considered experimental since it lacks substantial testing. Also, GPU update is only supported with the GPU direct
 242         communications and ``GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU`` variable should be set simultaneously with ``GMX_GPU_DD_COMMS``
 243         and ``GMX_GPU_PME_PP_COMMS`` environment variables in multi-rank case. Does not override ``mdrun -update cpu``.
 244
 245 ``GMX_GPU_ID``
 246         set in the same way as ``mdrun -gpu_id``, ``GMX_GPU_ID``
 247         allows the user to specify different GPU IDs for different ranks, which can be useful for selecting different
 248         devices on different compute nodes in a cluster.  Cannot be used in conjunction with ``mdrun -gpu_id``.
 249
 250 ``GMX_GPUTASKS``
 251         set in the same way as ``mdrun -gputasks``, ``GMX_GPUTASKS`` allows the mapping
 252         of GPU tasks to GPU device IDs to be different on different ranks, if e.g. the MPI
 253         runtime permits this variable to be different for different ranks. Cannot be used
 254         in conjunction with ``mdrun -gputasks``. Has all the same requirements as ``mdrun -gputasks``.
 255
 256 ``GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV``
 257         allow :ref:`gmx mdrun` to continue even if
 258         a file is missing.
 259
 260 ``GMX_LJCOMB_TOL``
 261         when set to a floating-point value, overrides the default tolerance of
 262         1e-5 for force-field floating-point parameters.
 263
 264 ``GMX_MAXCONSTRWARN``
 265         if set to -1, :ref:`gmx mdrun` will
 266         not exit if it produces too many LINCS warnings.
 267
 268 ``GMX_NB_MIN_CI``
 269         neighbor list balancing parameter used when running on GPU. Sets the
 270         target minimum number pair-lists in order to improve multi-processor load-balance for better
 271         performance with small simulation systems. Must be set to a non-negative integer,
 272         the 0 value disables list splitting.
 273         The default value is optimized for supported GPUs
 274         therefore changing it is not necessary for normal usage, but it can be useful on future architectures.
 275
 276 ``GMX_NBLISTCG``
 277         use neighbor list and kernels based on charge groups.
 278
 279 ``GMX_NBNXN_CYCLE``
 280         when set, print detailed neighbor search cycle counting.
 281
 282 ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``
 283         force the use of analytical Ewald non-bonded kernels,
 284         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``.
 285
 286 ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``
 287         force the use of tabulated Ewald non-bonded kernels,
 288         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``.
 289
 290 ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``
 291         force the use of 2x(N+N) SIMD CPU non-bonded kernels,
 292         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``.
 293
 294 ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``
 295         force the use of 4xN SIMD CPU non-bonded kernels,
 296         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``.
 297
 298 ``GMX_NOOPTIMIZEDKERNELS``
 299         deprecated, use ``GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS`` instead.
 300
 301 ``GMX_NO_CART_REORDER``
 302         used in initializing domain decomposition communicators. Rank reordering
 303         is default, but can be switched off with this environment variable.
 304
 305 ``GMX_NO_LJ_COMB_RULE``
 306         force the use of LJ paremeter lookup instead of using combination rules
 307         in the non-bonded kernels.
 308
 309 ``GMX_NO_INT``, ``GMX_NO_TERM``, ``GMX_NO_USR1``
 310         disable signal handlers for SIGINT,
 311         SIGTERM, and SIGUSR1, respectively.
 312
 313 ``GMX_NO_NODECOMM``
 314         do not use separate inter- and intra-node communicators.
 315
 316 ``GMX_NO_NONBONDED``
 317         skip non-bonded calculations; can be used to estimate the possible
 318         performance gain from adding a GPU accelerator to the current hardware setup -- assuming that this is
 319         fast enough to complete the non-bonded calculations while the CPU does bonded force and PME computation.
 320         Freezing the particles will be required to stop the system blowing up.
 321
 322 ``GMX_PULL_PARTICIPATE_ALL``
 323         disable the default heuristic for when to use a separate pull MPI communicator (at >=32 ranks).
 324
 325 ``GMX_NOPREDICT``
 326         shell positions are not predicted.
 327
 328 ``GMX_NO_UPDATEGROUPS``
 329         turns off update groups. May allow for a decomposition of more
 330         domains for small systems at the cost of communication during update.
 331
 332 ``GMX_NSCELL_NCG``
 333         the ideal number of charge groups per neighbor searching grid cell is hard-coded
 334         to a value of 10. Setting this environment variable to any other integer value overrides this hard-coded
 335         value.
 336
 337 ``GMX_PME_NUM_THREADS``
 338         set the number of OpenMP or PME threads; overrides the default set by
 339         :ref:`gmx mdrun`; can be used instead of the ``-npme`` command line option,
 340         also useful to set heterogeneous per-process/-node thread count.
 341
 342 ``GMX_PME_P3M``
 343         use P3M-optimized influence function instead of smooth PME B-spline interpolation.
 344
 345 ``GMX_PME_THREAD_DIVISION``
 346         PME thread division in the format "x y z" for all three dimensions. The
 347         sum of the threads in each dimension must equal the total number of PME threads (set in
 348         :envvar:`GMX_PME_NTHREADS`).
 349
 350 ``GMX_PMEONEDD``
 351         if the number of domain decomposition cells is set to 1 for both x and y,
 352         decompose PME in one dimension.
 353
 354 ``GMX_REQUIRE_SHELL_INIT``
 355         require that shell positions are initiated.
 356
 357 ``GMX_REQUIRE_TABLES``
 358         require the use of tabulated Coulombic
 359         and van der Waals interactions.
 360
 361 ``GMX_TPIC_MASSES``
 362         should contain multiple masses used for test particle insertion into a cavity.
 363         The center of mass of the last atoms is used for insertion into the cavity.
 364
 365 ``GMX_USE_GRAPH``
 366         use graph for bonded interactions.
 367
 368 ``GMX_VERLET_BUFFER_RES``
 369         resolution of buffer size in Verlet cutoff scheme.  The default value is
 370         0.001, but can be overridden with this environment variable.
 371
 372 ``HWLOC_XMLFILE``
 373         Not strictly a |Gromacs| environment variable, but on large machines
 374         the hwloc detection can take a few seconds if you have lots of MPI processes.
 375         If you run the hwloc command :command:`lstopo out.xml` and set this environment
 376         variable to point to the location of this file, the hwloc library will use
 377         the cached information instead, which can be faster.
 378
 379 ``MPIRUN``
 380         the ``mpirun`` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 381
 382 ``MDRUN``
 383         the :ref:`gmx mdrun` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 384
 385 ``GMX_DISABLE_DYNAMICPRUNING``
 386         disables dynamic pair-list pruning. Note that :ref:`gmx mdrun` will
 387         still tune nstlist to the optimal value picked assuming dynamic pruning. Thus
 388         for good performance the -nstlist option should be used.
 389
 390 ``GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING``
 391         overrides the dynamic pair-list pruning interval chosen heuristically
 392         by mdrun. Values should be between the pruning frequency value
 393         (1 for CPU and 2 for GPU) and :mdp:`nstlist` ``- 1``.
 394
 395 ``GMX_USE_TREEREDUCE``
 396         use tree reduction for nbnxn force reduction. Potentially faster for large number of
 397         OpenMP threads (if memory locality is important).
 398
 399 .. _opencl-management:
 400
 401 OpenCL management
 402 -----------------
 403 Currently, several environment variables exist that help customize some aspects
 404 of the OpenCL_ version of |Gromacs|. They are mostly related to the runtime
 405 compilation of OpenCL kernels, but they are also used in device selection.
 406
 407 ``GMX_OCL_NOGENCACHE``
 408         If set, disable caching for OpenCL kernel builds. Caching is
 409         normally useful so that future runs can re-use the compiled
 410         kernels from previous runs. Currently, caching is always
 411         disabled, until we solve concurrency issues.
 412
 413 ``GMX_OCL_GENCACHE``
 414         Enable OpenCL binary caching. Only intended to be used for
 415         development and (expert) testing as neither concurrency
 416         nor cache invalidation is implemented safely!
 417
 418 ``GMX_OCL_NOFASTGEN``
 419         If set, generate and compile all algorithm flavors, otherwise
 420         only the flavor required for the simulation is generated and
 421         compiled.
 422
 423 ``GMX_OCL_DISABLE_FASTMATH``
 424         Prevents the use of ``-cl-fast-relaxed-math`` compiler option.
 425
 426 ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 427         If defined, the OpenCL build log is always written to the
 428         mdrun log file. Otherwise, the build log is written to the
 429         log file only when an error occurs.
 430
 431 ``GMX_OCL_VERBOSE``
 432         If defined, it enables verbose mode for OpenCL kernel build.
 433         Currently available only for NVIDIA GPUs. See ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 434         for details about how to obtain the OpenCL build log.
 435
 436 ``GMX_OCL_DUMP_INTERM_FILES``
 437
 438         If defined, intermediate language code corresponding to the
 439         OpenCL build process is saved to file. Caching has to be
 440         turned off in order for this option to take effect (see
 441         ``GMX_OCL_NOGENCACHE``).
 442
 443             - NVIDIA GPUs: PTX code is saved in the current directory
 444               with the name ``device_name.ptx``
 445             - AMD GPUs: ``.IL/.ISA`` files will be created for each OpenCL
 446               kernel built.  For details about where these files are
 447               created check AMD documentation for ``-save-temps`` compiler
 448               option.
 449
 450 ``GMX_OCL_DEBUG``
 451         Use in conjunction with ``OCL_FORCE_CPU`` or with an AMD device.
 452         It adds the debug flag to the compiler options (-g).
 453
 454 ``GMX_OCL_NOOPT``
 455         Disable optimisations. Adds the option ``cl-opt-disable`` to the
 456         compiler options.
 457
 458 ``GMX_OCL_FORCE_CPU``
 459         Force the selection of a CPU device instead of a GPU.  This
 460         exists only for debugging purposes. Do not expect |Gromacs| to
 461         function properly with this option on, it is solely for the
 462         simplicity of stepping in a kernel and see what is happening.
 463
 464 ``GMX_OCL_DISABLE_I_PREFETCH``
 465         Disables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowing
 466         testing.
 467
 468 ``GMX_OCL_ENABLE_I_PREFETCH``
 469         Enables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowing
 470         testing on platforms where this behavior is not default.
 471
 472 ``GMX_OCL_FILE_PATH``
 473         Use this parameter to force |Gromacs| to load the OpenCL
 474         kernels from a custom location. Use it only if you want to
 475         override |Gromacs| default behavior, or if you want to test
 476         your own kernels.
 477
 478 ``GMX_OCL_DISABLE_COMPATIBILITY_CHECK``
 479         Disables the hardware compatibility check. Useful for developers
 480         and allows testing the OpenCL kernels on non-supported platforms
 481         (like Intel iGPUs) without source code modification.
 482
 483 ``GMX_OCL_SHOW_DIAGNOSTICS``
 484         Use Intel OpenCL extension to show additional runtime performance
 485         diagnostics.
 486
 487 Analysis and Core Functions
 488 ---------------------------
 489
 490 ``DSSP``
 491         used by :ref:`gmx do_dssp` to point to the ``dssp``
 492         executable (not just its path).
 493
 494 ``GMX_DIPOLE_SPACING``
 495         spacing used by :ref:`gmx dipoles`.
 496
 497 ``GMX_MAXRESRENUM``
 498         sets the maximum number of residues to be renumbered by
 499         :ref:`gmx grompp`. A value of -1 indicates all residues should be renumbered.
 500
 501 ``GMX_NO_FFRTP_TER_RENAME``
 502         Some force fields (like AMBER) use specific names for N- and C-
 503         terminal residues (NXXX and CXXX) as :ref:`rtp` entries that are normally renamed. Setting
 504         this environment variable disables this renaming.
 505
 506 ``GMX_PATH_GZIP``
 507         ``gunzip`` executable, used by :ref:`gmx wham`.
 508
 509 ``GMX_FONT``
 510         name of X11 font used by :ref:`gmx view`.
 511
 512 ``GMXTIMEUNIT``
 513         the time unit used in output files, can be
 514         anything in fs, ps, ns, us, ms, s, m or h.
 515
 516 ``MULTIPROT``
 517         name of the ``multiprot`` executable, used by the
 518         contributed program ``do_multiprot``.
 519
 520 ``NCPUS``
 521         number of CPUs to be used for Gaussian QM calculation
 522
 523 ``GMX_TOTAL``
 524         name of the ``total`` executable used by the contributed
 525         ``do_shift`` program.
 526
 527 ``GMX_ENER_VERBOSE``
 528         make :ref:`gmx energy` and :ref:`gmx eneconv`
 529         loud and noisy.
 530
 531 ``VMD_PLUGIN_PATH``
 532         where to find VMD plug-ins. Needed to be
 533         able to read file formats recognized only by a VMD plug-in.
 534
 535 ``VMDDIR``
 536         base path of VMD installation.
 537
 538 ``GMX_USE_XMGR``
 539         sets viewer to ``xmgr`` (deprecated) instead of ``xmgrace``.