docs/user-guide/environment-variables.rst

   1 Environment Variables
   2 =====================
   3
   4 |Gromacs| programs may be influenced by the use of
   5 environment variables.  First of all, the variables set in
   6 the ``GMXRC`` file are essential for running and
   7 compiling |Gromacs|. Some other useful environment variables are
   8 listed in the following sections. Most environment variables function
   9 by being set in your shell to any non-NULL value. Specific
  10 requirements are described below if other values need to be set. You
  11 should consult the documentation for your shell for instructions on
  12 how to set environment variables in the current shell, or in configuration
  13 files for future shells. Note that requirements for exporting
  14 environment variables to jobs run under batch control systems vary and
  15 you should consult your local documentation for details.
  16
  17 Output Control
  18 --------------
  19 ``GMX_CONSTRAINTVIR``
  20         Print constraint virial and force virial energy terms.
  21
  22 ``GMX_MAXBACKUP``
  23         |Gromacs| automatically backs up old
  24         copies of files when trying to write a new file of the same
  25         name, and this variable controls the maximum number of
  26         backups that will be made, default 99. If set to 0 it fails to
  27         run if any output file already exists. And if set to -1 it
  28         overwrites any output file without making a backup.
  29
  30 ``GMX_NO_QUOTES``
  31         if this is explicitly set, no cool quotes
  32         will be printed at the end of a program.
  33
  34 ``GMX_SUPPRESS_DUMP``
  35         prevent dumping of step files during
  36         (for example) blowing up during failure of constraint
  37         algorithms.
  38
  39 ``GMX_TPI_DUMP``
  40         dump all configurations to a :ref:`pdb`
  41         file that have an interaction energy less than the value set
  42         in this environment variable.
  43
  44 ``GMX_VIEW_XPM``
  45         ``GMX_VIEW_XVG``, ``GMX_VIEW_EPS`` and ``GMX_VIEW_PDB``, commands used to
  46         automatically view :ref:`xvg`, :ref:`xpm`, :ref:`eps`
  47         and :ref:`pdb` file types, respectively; they default to ``xv``, ``xmgrace``,
  48         ``ghostview`` and ``rasmol``. Set to empty to disable
  49         automatic viewing of a particular file type. The command will
  50         be forked off and run in the background at the same priority
  51         as the |Gromacs| tool (which might not be what you want).
  52         Be careful not to use a command which blocks the terminal
  53         (e.g. ``vi``), since multiple instances might be run.
  54
  55 ``GMX_VIRIAL_TEMPERATURE``
  56         print virial temperature energy term
  57
  58 ``GMX_LOG_BUFFER``
  59         the size of the buffer for file I/O. When set
  60         to 0, all file I/O will be unbuffered and therefore very slow.
  61         This can be handy for debugging purposes, because it ensures
  62         that all files are always totally up-to-date.
  63
  64 ``GMX_LOGO_COLOR``
  65         set display color for logo in :ref:`gmx view`.
  66
  67 ``GMX_PRINT_LONGFORMAT``
  68         use long float format when printing
  69         decimal values.
  70
  71 ``GMX_COMPELDUMP``
  72         Applies for computational electrophysiology setups
  73         only (see reference manual). The initial structure gets dumped to
  74         :ref:`pdb` file, which allows to check whether multimeric channels have
  75         the correct PBC representation.
  76
  77 ``GMX_TRAJECTORY_IO_VERBOSITY``
  78         Defaults to 1, which prints frame count e.g. when reading trajectory
  79         files. Set to 0 for quiet operation.
  80
  81 ``GMX_ENABLE_GPU_TIMING``
  82         Enables GPU timings in the log file for CUDA. Note that CUDA timings
  83         are incorrect with multiple streams, as happens with domain
  84         decomposition or with both non-bondeds and PME on the GPU (this is
  85         also the main reason why they are not turned on by default).
  86
  87 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
  88         Disables GPU timings in the log file for OpenCL.
  89
  90 Debugging
  91 ---------
  92 ``GMX_PRINT_DEBUG_LINES``
  93         when set, print debugging info on line numbers.
  94
  95 ``GMX_DD_NST_DUMP``
  96         number of steps that elapse between dumping
  97         the current DD to a PDB file (default 0). This only takes effect
  98         during domain decomposition, so it should typically be
  99         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
 100
 101 ``GMX_DD_NST_DUMP_GRID``
 102         number of steps that elapse between dumping
 103         the current DD grid to a PDB file (default 0). This only takes effect
 104         during domain decomposition, so it should typically be
 105         0 (never), 1 (every DD phase) or a multiple of :mdp:`nstlist`.
 106
 107 ``GMX_DD_DEBUG``
 108         general debugging trigger for every domain
 109         decomposition (default 0, meaning off). Currently only checks
 110         global-local atom index mapping for consistency.
 111
 112 ``GMX_DD_NPULSE``
 113         over-ride the number of DD pulses used
 114         (default 0, meaning no over-ride). Normally 1 or 2.
 115
 116 There are a number of extra environment variables like these
 117 that are used in debugging - check the code!
 118
 119 Performance and Run Control
 120 ---------------------------
 121 ``GMX_DO_GALACTIC_DYNAMICS``
 122         planetary simulations are made possible (just for fun) by setting
 123         this environment variable, which allows setting :mdp:`epsilon-r` to -1 in the :ref:`mdp`
 124         file. Normally, :mdp:`epsilon-r` must be greater than zero to prevent a fatal error.
 125         See webpage_ for example input files for a planetary simulation.
 126
 127 ``GMX_ALLOW_CPT_MISMATCH``
 128         when set, runs will not exit if the
 129         ensemble set in the :ref:`tpr` file does not match that of the
 130         :ref:`cpt` file.
 131
 132 ``GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT``
 133         force the use of twin-range cutoff kernel even if :mdp:`rvdw` equals
 134         :mdp:`rcoulomb` after PP-PME load balancing. The switch to twin-range kernels is automated,
 135         so this variable should be used only for benchmarking.
 136
 137 ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``
 138         force the use of analytical Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 139
 140 ``GMX_CUDA_NB_TAB_EWALD``
 141         force the use of tabulated Ewald kernels. Should be used only for benchmarking.
 142
 143 ``GMX_CUDA_STREAMSYNC``
 144         force the use of cudaStreamSynchronize on ECC-enabled GPUs, which leads
 145         to performance loss due to a known CUDA driver bug present in API v5.0 NVIDIA drivers (pre-30x.xx).
 146         Cannot be set simultaneously with ``GMX_NO_CUDA_STREAMSYNC``.
 147
 148 ``GMX_DISABLE_CUDALAUNCH``
 149         disable the use of the lower-latency cudaLaunchKernel API even when supported (CUDA >=v7.0).
 150         Should only be used for benchmarking purposes.
 151
 152 ``GMX_DISABLE_CUDA_TIMING``
 153         Disables GPU timing of CUDA tasks; synonymous with ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``.
 154
 155 ``GMX_CYCLE_ALL``
 156         times all code during runs.  Incompatible with threads.
 157
 158 ``GMX_CYCLE_BARRIER``
 159         calls MPI_Barrier before each cycle start/stop call.
 160
 161 ``GMX_DD_ORDER_ZYX``
 162         build domain decomposition cells in the order
 163         (z, y, x) rather than the default (x, y, z).
 164
 165 ``GMX_DD_USE_SENDRECV2``
 166         during constraint and vsite communication, use a pair
 167         of ``MPI_Sendrecv`` calls instead of two simultaneous non-blocking calls
 168         (default 0, meaning off). Might be faster on some MPI implementations.
 169
 170 ``GMX_DLB_BASED_ON_FLOPS``
 171         do domain-decomposition dynamic load balancing based on flop count rather than
 172         measured time elapsed (default 0, meaning off).
 173         This makes the load balancing reproducible, which can be useful for debugging purposes.
 174         A value of 1 uses the flops; a value > 1 adds (value - 1)*5% of noise to the flops to increase the imbalance and the scaling.
 175
 176 ``GMX_DLB_MAX_BOX_SCALING``
 177         maximum percentage box scaling permitted per domain-decomposition
 178         load-balancing step (default 10)
 179
 180 ``GMX_DD_RECORD_LOAD``
 181         record DD load statistics for reporting at end of the run (default 1, meaning on)
 182
 183 ``GMX_DETAILED_PERF_STATS``
 184         when set, print slightly more detailed performance information
 185         to the :ref:`log` file. The resulting output is the way performance summary is reported in versions
 186         4.5.x and thus may be useful for anyone using scripts to parse :ref:`log` files or standard output.
 187
 188 ``GMX_DISABLE_SIMD_KERNELS``
 189         disables architecture-specific SIMD-optimized (SSE2, SSE4.1, AVX, etc.)
 190         non-bonded kernels thus forcing the use of plain C kernels.
 191
 192 ``GMX_DISABLE_GPU_TIMING``
 193         timing of asynchronously executed GPU operations can have a
 194         non-negligible overhead with short step times. Disabling timing can improve performance in these cases.
 195
 196 ``GMX_DISABLE_GPU_DETECTION``
 197         when set, disables GPU detection even if :ref:`gmx mdrun` was compiled
 198         with GPU support.
 199
 200 ``GMX_GPU_APPLICATION_CLOCKS``
 201         setting this variable to a value of "0", "ON", or "DISABLE" (case insensitive)
 202         allows disabling the CUDA GPU allication clock support.
 203
 204 ``GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE``
 205         the number of systems for distance restraint ensemble
 206         averaging. Takes an integer value.
 207
 208 ``GMX_EMULATE_GPU``
 209         emulate GPU runs by using algorithmically equivalent CPU reference code instead of
 210         GPU-accelerated functions. As the CPU code is slow, it is intended to be used only for debugging purposes.
 211
 212 ``GMX_ENX_NO_FATAL``
 213         disable exiting upon encountering a corrupted frame in an :ref:`edr`
 214         file, allowing the use of all frames up until the corruption.
 215
 216 ``GMX_FORCE_UPDATE``
 217         update forces when invoking ``mdrun -rerun``.
 218
 219 ``GMX_GPU_ID``
 220         set in the same way as ``mdrun -gpu_id``, ``GMX_GPU_ID``
 221         allows the user to specify different GPU IDs for different ranks, which can be useful for selecting different
 222         devices on different compute nodes in a cluster.  Cannot be used in conjunction with ``mdrun -gpu_id``.
 223
 224 ``GMX_GPUTASKS``
 225         set in the same way as ``mdrun -gputasks``, ``GMX_GPUTASKS`` allows the mapping
 226         of GPU tasks to GPU device IDs to be different on different ranks, if e.g. the MPI
 227         runtime permits this variable to be different for different ranks. Cannot be used
 228         in conjunction with ``mdrun -gputasks``. Has all the same requirements as ``mdrun -gputasks``.
 229
 230 ``GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV``
 231         allow :ref:`gmx mdrun` to continue even if
 232         a file is missing.
 233
 234 ``GMX_LJCOMB_TOL``
 235         when set to a floating-point value, overrides the default tolerance of
 236         1e-5 for force-field floating-point parameters.
 237
 238 ``GMX_MAXCONSTRWARN``
 239         if set to -1, :ref:`gmx mdrun` will
 240         not exit if it produces too many LINCS warnings.
 241
 242 ``GMX_NB_GENERIC``
 243         use the generic C kernel.  Should be set if using
 244         the group-based cutoff scheme and also sets ``GMX_NO_SOLV_OPT`` to be true,
 245         thus disabling solvent optimizations as well.
 246
 247 ``GMX_NB_MIN_CI``
 248         neighbor list balancing parameter used when running on GPU. Sets the
 249         target minimum number pair-lists in order to improve multi-processor load-balance for better
 250         performance with small simulation systems. Must be set to a non-negative integer,
 251         the 0 value disables list splitting.
 252         The default value is optimized for supported GPUs (NVIDIA Fermi to Maxwell),
 253         therefore changing it is not necessary for normal usage, but it can be useful on future architectures.
 254
 255 ``GMX_NBLISTCG``
 256         use neighbor list and kernels based on charge groups.
 257
 258 ``GMX_NBNXN_CYCLE``
 259         when set, print detailed neighbor search cycle counting.
 260
 261 ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``
 262         force the use of analytical Ewald non-bonded kernels,
 263         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``.
 264
 265 ``GMX_NBNXN_EWALD_TABLE``
 266         force the use of tabulated Ewald non-bonded kernels,
 267         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL``.
 268
 269 ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``
 270         force the use of 2x(N+N) SIMD CPU non-bonded kernels,
 271         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``.
 272
 273 ``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``
 274         force the use of 4xN SIMD CPU non-bonded kernels,
 275         mutually exclusive of ``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``.
 276
 277 ``GMX_NO_ALLVSALL``
 278         disables optimized all-vs-all kernels.
 279
 280 ``GMX_NO_CART_REORDER``
 281         used in initializing domain decomposition communicators. Rank reordering
 282         is default, but can be switched off with this environment variable.
 283
 284 ``GMX_NO_LJ_COMB_RULE``
 285         force the use of LJ paremeter lookup instead of using combination rules
 286         in the non-bonded kernels.
 287
 288 ``GMX_NO_CUDA_STREAMSYNC``
 289         the opposite of ``GMX_CUDA_STREAMSYNC``. Disables the use of the
 290         standard cudaStreamSynchronize-based GPU waiting to improve performance when using CUDA driver API
 291         ealier than v5.0 with ECC-enabled GPUs.
 292
 293 ``GMX_NO_INT``, ``GMX_NO_TERM``, ``GMX_NO_USR1``
 294         disable signal handlers for SIGINT,
 295         SIGTERM, and SIGUSR1, respectively.
 296
 297 ``GMX_NO_NODECOMM``
 298         do not use separate inter- and intra-node communicators.
 299
 300 ``GMX_NO_NONBONDED``
 301         skip non-bonded calculations; can be used to estimate the possible
 302         performance gain from adding a GPU accelerator to the current hardware setup -- assuming that this is
 303         fast enough to complete the non-bonded calculations while the CPU does bonded force and PME computation.
 304         Freezing the particles will be required to stop the system blowing up.
 305
 306 ``GMX_NO_PULLVIR``
 307         when set, do not add virial contribution to COM pull forces.
 308
 309 ``GMX_NOPREDICT``
 310         shell positions are not predicted.
 311
 312 ``GMX_NO_SOLV_OPT``
 313         turns off solvent optimizations; automatic if ``GMX_NB_GENERIC``
 314         is enabled.
 315
 316 ``GMX_NSCELL_NCG``
 317         the ideal number of charge groups per neighbor searching grid cell is hard-coded
 318         to a value of 10. Setting this environment variable to any other integer value overrides this hard-coded
 319         value.
 320
 321 ``GMX_PME_NTHREADS``
 322         set the number of OpenMP or PME threads (overrides the number guessed by
 323         :ref:`gmx mdrun`.
 324
 325 ``GMX_PME_P3M``
 326         use P3M-optimized influence function instead of smooth PME B-spline interpolation.
 327
 328 ``GMX_PME_THREAD_DIVISION``
 329         PME thread division in the format "x y z" for all three dimensions. The
 330         sum of the threads in each dimension must equal the total number of PME threads (set in
 331         `GMX_PME_NTHREADS`).
 332
 333 ``GMX_PMEONEDD``
 334         if the number of domain decomposition cells is set to 1 for both x and y,
 335         decompose PME in one dimension.
 336
 337 ``GMX_REQUIRE_SHELL_INIT``
 338         require that shell positions are initiated.
 339
 340 ``GMX_REQUIRE_TABLES``
 341         require the use of tabulated Coulombic
 342         and van der Waals interactions.
 343
 344 ``GMX_SCSIGMA_MIN``
 345         the minimum value for soft-core sigma. **Note** that this value is set
 346         using the :mdp:`sc-sigma` keyword in the :ref:`mdp` file, but this environment variable can be used
 347         to reproduce pre-4.5 behavior with respect to this parameter.
 348
 349 ``GMX_TPIC_MASSES``
 350         should contain multiple masses used for test particle insertion into a cavity.
 351         The center of mass of the last atoms is used for insertion into the cavity.
 352
 353 ``GMX_USE_GRAPH``
 354         use graph for bonded interactions.
 355
 356 ``GMX_VERLET_BUFFER_RES``
 357         resolution of buffer size in Verlet cutoff scheme.  The default value is
 358         0.001, but can be overridden with this environment variable.
 359
 360 ``HWLOC_XMLFILE``
 361         Not strictly a |Gromacs| environment variable, but on large machines
 362         the hwloc detection can take a few seconds if you have lots of MPI processes.
 363         If you run the hwloc command `lstopo out.xml` and set this environment
 364         variable to point to the location of this file, the hwloc library will use
 365         the cached information instead, which can be faster.
 366
 367 ``MPIRUN``
 368         the ``mpirun`` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 369
 370 ``MDRUN``
 371         the :ref:`gmx mdrun` command used by :ref:`gmx tune_pme`.
 372
 373 ``GMX_DISABLE_DYNAMICPRUNING``
 374         disables dynamic pair-list pruning. Note that :ref:`gmx mdrun` will
 375         still tune nstlist to the optimal value picked assuming dynamic pruning. Thus
 376         for good performance the -nstlist option should be used.
 377
 378 ``GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING``
 379         overrides the dynamic pair-list pruning interval chosen heuristically
 380         by mdrun. Values should be between the pruning frequency value
 381         (1 for CPU and 2 for GPU) and :mdp:`nstlist` ``- 1``.
 382
 383 ``GMX_USE_TREEREDUCE``
 384         use tree reduction for nbnxn force reduction. Potentially faster for large number of
 385         OpenMP threads (if memory locality is important).
 386
 387 .. _opencl-management:
 388
 389 OpenCL management
 390 -----------------
 391 Currently, several environment variables exist that help customize some aspects
 392 of the OpenCL_ version of |Gromacs|. They are mostly related to the runtime
 393 compilation of OpenCL kernels, but they are also used in device selection.
 394
 395 ``GMX_OCL_NOGENCACHE``
 396         If set, disable caching for OpenCL kernel builds. Caching is
 397         normally useful so that future runs can re-use the compiled
 398         kernels from previous runs. Currently, caching is always
 399         disabled, until we solve concurrency issues.
 400
 401 ``GMX_OCL_GENCACHE``
 402         Enable OpenCL binary caching. Only intended to be used for
 403         development and (expert) testing as neither concurrency
 404         nor cache invalidation is implemented safely!
 405
 406 ``GMX_OCL_NOFASTGEN``
 407         If set, generate and compile all algorithm flavors, otherwise
 408         only the flavor required for the simulation is generated and
 409         compiled.
 410
 411 ``GMX_OCL_DISABLE_FASTMATH``
 412         Prevents the use of ``-cl-fast-relaxed-math`` compiler option.
 413
 414 ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 415         If defined, the OpenCL build log is always written to the
 416         mdrun log file. Otherwise, the build log is written to the
 417         log file only when an error occurs.
 418
 419 ``GMX_OCL_VERBOSE``
 420         If defined, it enables verbose mode for OpenCL kernel build.
 421         Currently available only for NVIDIA GPUs. See ``GMX_OCL_DUMP_LOG``
 422         for details about how to obtain the OpenCL build log.
 423
 424 ``GMX_OCL_DUMP_INTERM_FILES``
 425
 426         If defined, intermediate language code corresponding to the
 427         OpenCL build process is saved to file. Caching has to be
 428         turned off in order for this option to take effect (see
 429         ``GMX_OCL_NOGENCACHE``).
 430
 431             - NVIDIA GPUs: PTX code is saved in the current directory
 432               with the name ``device_name.ptx``
 433             - AMD GPUs: ``.IL/.ISA`` files will be created for each OpenCL
 434               kernel built.  For details about where these files are
 435               created check AMD documentation for ``-save-temps`` compiler
 436               option.
 437
 438 ``GMX_OCL_DEBUG``
 439         Use in conjunction with ``OCL_FORCE_CPU`` or with an AMD device.
 440         It adds the debug flag to the compiler options (-g).
 441
 442 ``GMX_OCL_NOOPT``
 443         Disable optimisations. Adds the option ``cl-opt-disable`` to the
 444         compiler options.
 445
 446 ``GMX_OCL_FORCE_CPU``
 447         Force the selection of a CPU device instead of a GPU.  This
 448         exists only for debugging purposes. Do not expect |Gromacs| to
 449         function properly with this option on, it is solely for the
 450         simplicity of stepping in a kernel and see what is happening.
 451
 452 ``GMX_OCL_DISABLE_I_PREFETCH``
 453         Disables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowig
 454         testing.
 455
 456 ``GMX_OCL_ENABLE_I_PREFETCH``
 457         Enables i-atom data (type or LJ parameter) prefetch allowig
 458         testing on platforms where this behavior is not default.
 459
 460 ``GMX_OCL_NB_ANA_EWALD``
 461         Forces the use of analytical Ewald kernels. Equivalent of
 462         CUDA environment variable ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``
 463
 464 ``GMX_OCL_NB_TAB_EWALD``
 465         Forces the use of tabulated Ewald kernel. Equivalent
 466         of CUDA environment variable ``GMX_OCL_NB_TAB_EWALD``
 467
 468 ``GMX_OCL_NB_EWALD_TWINCUT``
 469         Forces the use of twin-range cutoff kernel. Equivalent of
 470         CUDA environment variable ``GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT``
 471
 472 ``GMX_OCL_FILE_PATH``
 473         Use this parameter to force |Gromacs| to load the OpenCL
 474         kernels from a custom location. Use it only if you want to
 475         override |Gromacs| default behavior, or if you want to test
 476         your own kernels.
 477
 478 ``GMX_OCL_DISABLE_COMPATIBILITY_CHECK``
 479         Disables the hardware compatibility check. Useful for developers
 480         and allows testing the OpenCL kernels on non-supported platforms
 481         (like Intel iGPUs) without source code modification.
 482
 483 Analysis and Core Functions
 484 ---------------------------
 485 ``GMX_QM_ACCURACY``
 486         accuracy in Gaussian L510 (MC-SCF) component program.
 487
 488 ``GMX_QM_ORCA_BASENAME``
 489         prefix of :ref:`tpr` files, used in Orca calculations
 490         for input and output file names.
 491
 492 ``GMX_QM_CPMCSCF``
 493         when set to a nonzero value, Gaussian QM calculations will
 494         iteratively solve the CP-MCSCF equations.
 495
 496 ``GMX_QM_MODIFIED_LINKS_DIR``
 497         location of modified links in Gaussian.
 498
 499 ``DSSP``
 500         used by :ref:`gmx do_dssp` to point to the ``dssp``
 501         executable (not just its path).
 502
 503 ``GMX_QM_GAUSS_DIR``
 504         directory where Gaussian is installed.
 505
 506 ``GMX_QM_GAUSS_EXE``
 507         name of the Gaussian executable.
 508
 509 ``GMX_DIPOLE_SPACING``
 510         spacing used by :ref:`gmx dipoles`.
 511
 512 ``GMX_MAXRESRENUM``
 513         sets the maximum number of residues to be renumbered by
 514         :ref:`gmx grompp`. A value of -1 indicates all residues should be renumbered.
 515
 516 ``GMX_FFRTP_TER_RENAME``
 517         Some force fields (like AMBER) use specific names for N- and C-
 518         terminal residues (NXXX and CXXX) as :ref:`rtp` entries that are normally renamed. Setting
 519         this environment variable disables this renaming.
 520
 521 ``GMX_PATH_GZIP``
 522         ``gunzip`` executable, used by :ref:`gmx wham`.
 523
 524 ``GMX_FONT``
 525         name of X11 font used by :ref:`gmx view`.
 526
 527 ``GMXTIMEUNIT``
 528         the time unit used in output files, can be
 529         anything in fs, ps, ns, us, ms, s, m or h.
 530
 531 ``GMX_QM_GAUSSIAN_MEMORY``
 532         memory used for Gaussian QM calculation.
 533
 534 ``MULTIPROT``
 535         name of the ``multiprot`` executable, used by the
 536         contributed program ``do_multiprot``.
 537
 538 ``NCPUS``
 539         number of CPUs to be used for Gaussian QM calculation
 540
 541 ``GMX_ORCA_PATH``
 542         directory where Orca is installed.
 543
 544 ``GMX_QM_SA_STEP``
 545         simulated annealing step size for Gaussian QM calculation.
 546
 547 ``GMX_QM_GROUND_STATE``
 548         defines state for Gaussian surface hopping calculation.
 549
 550 ``GMX_TOTAL``
 551         name of the ``total`` executable used by the contributed
 552         ``do_shift`` program.
 553
 554 ``GMX_ENER_VERBOSE``
 555         make :ref:`gmx energy` and :ref:`gmx eneconv`
 556         loud and noisy.
 557
 558 ``VMD_PLUGIN_PATH``
 559         where to find VMD plug-ins. Needed to be
 560         able to read file formats recognized only by a VMD plug-in.
 561
 562 ``VMDDIR``
 563         base path of VMD installation.
 564
 565 ``GMX_USE_XMGR``
 566         sets viewer to ``xmgr`` (deprecated) instead of ``xmgrace``.