docs/release-notes/features.rst

   1 New and improved features
   2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 |Gromacs| build is now more reproducible
   5 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
   6 The build system no longer embeds information about who built the
   7 binary and where.  We used to include this information to help
   8 troubleshoot problems and ensure checkpoint continuations are exact
   9 where possible, but this does not seem necessary. This makes the build
  10 closer to ``reproducible by default`` which is useful for projects
  11 that offer distributions of reproducible software, including
  12 |Gromacs|.
  13
  14 Update gmx cluster to write correct PDB files and index files with cluster frames
  15 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  16
  17 :ref:`PDB <pdb>` files from gmx cluster were missing the CRYST header for box information, making
  18 it more difficult than needed to use them with our |Gromacs| tools. Also, the :ref:`index <ndx>`
  19 files needed for :ref:`gmx trjconv` to split up trajectories into frames corresponding
  20 to the clusters were not written. This adds support for writing this :ref:`index <ndx>` file
  21 as well as proper :ref:`PDB <pdb>` files.
  22
  23 Allow using COM of previous step as PBC reference
  24 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  25
  26 Added an option (``pull-pbc-ref-from-prev-step-com``), when pulling, to use
  27 the COM of the group of the previous step, to calculate PBC jumps instead of a
  28 reference atom, which can sometimes move a lot during the simulation.
  29 With this option the PBC reference atom is only used at initialization.
  30 This can be of use when using large pull groups or groups with potentially
  31 large relative movement of atoms.