docs/release-notes/2021/major/miscellaneous.rst

   1 Miscellaneous
   2 ^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 .. Note to developers!
   5    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
   6    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
   7    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
   8    a space between the colon and number!
   9
  10 Default values for temperature and pressure coupling intervals are now 10
  11 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  12 With the default mdp input value of -1 for nsttcouple and nstpcouple, grompp would
  13 set these values to nstlist. Now these are set to 10 and thus independent of nstlist
  14 (note that grompp may choose smaller values when needed for accurate integration).
  15
  16 Uniform and manual CMake GPU-support configuration
  17 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  18 The GPU accelerations setup has been changed to be uniform for CUDA and OpenCL. Either
  19 option is now enabled by setting GMX_GPU to CUDA or OpenCL in the CMake configuration.
  20 To simplify the CMake code, we have also moved away from automated option selection
  21 based on the build host. In particular, this means that CUDA will not be enabled unless
  22 the GMX_GPU option is explicitly enabled, and CMake will no longer perform the extra
  23 steps of trying to detect hardware and propose to install CUDA if hardware is available.
  24 Apart from the simplification, this should also make it easier to handle multiple
  25 different accelerator APIs targeting e.g. NVIDIA hardware.
  26
  27 Configuration-time trivalue options changed from autodetection to boolean on/off
  28 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  29 To simplify the CMake configuration and avoid having multiple settings that
  30 change outside of the users direct control we have removed the support for
  31 automatically setting booleans. GMX_BUILD_HELP and GMX_HWLOC are now
  32 disabled by default, while GMX_LOAD_PLUGINS is enabled by default.
  33
  34 gmxapi C++ interface
  35 """"""""""""""""""""
  36
  37 ``gmxapi::Context`` is now created with ``gmxapi::createContext()``, which allows
  38 the client to provide an MPI communicator for the library to use instead of its default
  39 (e.g MPI_COMM_WORLD). MPI-enabled clients may use the :file:`gmxapi/mpi/gmxapi_mpi.h`
  40 template header and the ``assignResource()`` helper to generate the argument to
  41 ``createContext``.
  42
  43 Unification of several CUDA and OpenCL environment variables
  44 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  45
  46 The environment variables that had exactly the same meaning in OpenCL and CUDA were unified:
  47
  48 * GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD and GMX_OCL_NB_ANA_EWALD into GMX_GPU_NB_ANA_EWALD
  49 * GMX_CUDA_NB_TAB_EWALD and GMX_OCL_NB_TAB_EWALD into GMX_GPU_NB_TAB_EWALD
  50 * GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT and GMX_OCL_NB_EWALD_TWINCUT into GMX_GPU_NB_EWALD_TWINCUT
  51
  52 Dysfunctional parts of the QMMM interface has been removed
  53 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  54
  55 Currently, GROMACS supports QM/MM officially only via MiMiC. All other QM/MM
  56 support has been untested and likely dysfunctional for years and has now been removed from .mdp
  57 input and output, resulting in smaller .mdp output files from grompp.