docs/release-notes/2021/major/features.rst

   1 New and improved features
   2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 .. Note to developers!
   5    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
   6    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
   7    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
   8    a space between the colon and number!
   9
  10 Virtual site with single constructing atom
  11 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  12
  13 Added a virtual site that is constructed on top if its single constructing
  14 atom. This can be useful for free-energy calculations.
  15
  16 Lower energy drift due to SETTLE
  17 """"""""""""""""""""""""""""""""
  18
  19 |Gromacs| already applied an improvement to the center of mass calculation in
  20 SETTLE to reduce energy drift in single precision. Now the center of mass
  21 calculation is completely avoided, which significantly reduces the energy
  22 drift when large coordinate values are present. This allows for accurate
  23 simulations of systems with SETTLE up to 1000 nm in size (but note that
  24 constraining with LINCS and SHAKE still introduces significant drift,
  25 which limits the system size to 100 to 200 nm).
  26
  27 FEP using AWH
  28 """""""""""""
  29
  30 It is now possible to control the lambda state of a free energy perturbation
  31 simulation using the Accelerated Weight Histogram method. This can be used
  32 as one of multiple AWH dimensions, where the other(s) are coupled to pull
  33 coordinates.