docs/release-notes/2021/major/features.rst

   1 New and improved features
   2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 .. Note to developers!
   5    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
   6    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
   7    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
   8    a space between the colon and number!
   9
  10 Virtual site with single constructing atom
  11 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  12
  13 Added a virtual site that is constructed on top if its single constructing
  14 atom. This can be useful for free-energy calculations.
  15
  16 Density-guided simulations can apply matrix multiplication and shift vector to structures
  17 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  18
  19 The new mdp option "density-guided-simulation-shift-vector" defines a
  20 shift vector that shifts the density-guided simulation group before the
  21 density forces are evaluated. With a known shift vector that aligns structure
  22 and input density, this feature enables structure refinement to non-aligned
  23 densities without the need to manipulate the input density data or structure.
  24 The mdp option "density-guided-simulation-transformation-matrix" allows to
  25 define a matrix with which to multiply the structure coordinates, before the shift
  26 vector is applied. This allows arbitrary rotation, skewing and scaling of input
  27 structures with respect to the input densities.
  28 A typical use case are membrane-embedded proteins which cannot easily be
  29 shifted and rotated within membranes.
  30
  31 Lower energy drift due to SETTLE
  32 """"""""""""""""""""""""""""""""
  33
  34 |Gromacs| already applied an improvement to the center of mass calculation in
  35 SETTLE to reduce energy drift in single precision. Now the center of mass
  36 calculation is completely avoided, which significantly reduces the energy
  37 drift when large coordinate values are present. This allows for accurate
  38 simulations of systems with SETTLE up to 1000 nm in size (but note that
  39 constraining with LINCS and SHAKE still introduces significant drift,
  40 which limits the system size to 100 to 200 nm).
  41
  42 FEP using AWH
  43 """""""""""""
  44
  45 It is now possible to control the lambda state of a free energy perturbation
  46 simulation using the Accelerated Weight Histogram method. This can be used
  47 as one of multiple AWH dimensions, where the other(s) are coupled to pull
  48 coordinates.