docs/release-notes/2021/2021.3.rst

   1 GROMACS 2021.3 release notes
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   4 This version was released on TODO, 2021. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2021.2 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2020.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
   9
  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
  14    a space between the colon and number!
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  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Fixes for ``gmx`` tools
  20 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  21
  22 Fix gmx nmr -viol option
  23 """"""""""""""""""""""""
  24
  25 The tool would previously fail with a cryptic error.
  26 Also enforces that this option is exclusive with other analysis modes.
  27
  28 :issue:`4060`
  29
  30 Fixed gmx dipoles -quad option
  31 """"""""""""""""""""""""""""""
  32
  33 The tool now reports correct values.
  34
  35 :issue:`4080`
  36
  37 Make sure gmx convert-tpr -until works
  38 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""
  39
  40 This got broken during reworking the internals of the tool and didn't
  41 calculate the number of remaining steps correctly.
  42
  43 :issue:`4056`
  44
  45 Fixes that affect portability
  46 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  47
  48 Check that necessary python modules are available
  49 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  50
  51 The source code validation could otherwise fail a build with cryptic errors.
  52
  53 :issue:`3985`
  54
  55 Ensure that NB-LIB and gmxapi can be build even without tests enabled
  56 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  57
  58 Could otherwise lead to cryptic build errors.
  59
  60 Miscellaneous
  61 ^^^^^^^^^^^^^
  62
  63 Removed performance loss in the mdrun domain decomposition
  64 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  65
  66 With 16 or more so-called PP MPI ranks, the domain decomposition
  67 repartitioning could incur large performance overheads due to a sub-optimally
  68 sized hash table. This has now been fixed.
  69
  70 :issue:`4054`