docs/release-notes/2021/2021.2.rst

   1 GROMACS 2021.2 release notes
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   4 This version was released on TODO, 2021. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2021.1 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2020.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
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  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
  14    a space between the colon and number!
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  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Removed a potential race condition with GPU update
  20 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 Fixed possible (but so far unobserved) race condition in coordinate copy when
  23 using GPU update with dipole moment calculation.
  24
  25 :issue:`4024`
  26
  27 Prohibited SETTLE interactions for atoms with perturbed masses
  28 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  29
  30 Older implementations produced varying degrees of wrong results because
  31 this has never been implemented. Now both ``mdrun`` and ``grompp``
  32 refuse to handle such a system, suggesting using normal constraints.
  33
  34 :issue:`3959`
  35
  36 Fixes for ``gmx`` tools
  37 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  38
  39 Fix incorrect behaviour with single residue chains in pdb2gmx
  40 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  41
  42 The code for chcking for cyclic molecules could lead to single residue chains
  43 incorrectly to be assigned as circular molecules.
  44
  45 :issue:`4029`
  46
  47 Fix grompp check for position restraints with absolute reference
  48 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  49
  50 Fixed that grompp with position restraints would always issue a warning about
  51 using an absolute reference, even when an absolute reference was not used.
  52
  53 :issue:`3996`
  54
  55 Fix error when using VMD plugin
  56 """""""""""""""""""""""""""""""
  57
  58 Tools would crash with a C++ library assertion because the plugin loading
  59 code incorrectly tried to construct a string from nullptr.
  60
  61 :issue:`3055`
  62
  63 Fixes that affect portability
  64 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  65
  66 Support for Intel oneAPI compiler 2021.2
  67 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  68
  69 Fixed compiler infinity math and MKL flags.
  70
  71 Fix Apple OpenCL build
  72 """"""""""""""""""""""
  73
  74 :issue:`4008`
  75
  76 Miscellaneous
  77 ^^^^^^^^^^^^^
  78
  79 Fix bond type in GROMOS force fields
  80 """"""""""""""""""""""""""""""""""""
  81
  82 The bond type for C and +N in [ACE] was incorrect.
  83
  84 :issue:`3995`