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   1 GROMACS 2021.2 release notes
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   4 This version was released on May 5th, 2021. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2021.1 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2020.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
   9
  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
  14    a space between the colon and number!
  15
  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Removed a potential race condition with GPU update
  20 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 Fixed possible (but so far unobserved) race condition in coordinate copy when
  23 using GPU update with dipole moment calculation.
  24
  25 :issue:`4024`
  26
  27 Avoided issues with global reduction observed with md-vv
  28 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  29
  30 The new implementation for md-vv in the modular simulator could
  31 produce floating-point exceptions computing values on non-master ranks
  32 that were never used. This is now fixed by avoiding that
  33 computation. The other integrators were unaffected because they
  34 over-wrote the values computed.
  35
  36 :issue:`4031`
  37
  38 Prohibited SETTLE interactions for atoms with perturbed masses
  39 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  40
  41 Older implementations produced varying degrees of wrong results because
  42 this has never been implemented. Now both ``mdrun`` and ``grompp``
  43 refuse to handle such a system, suggesting using normal constraints.
  44
  45 :issue:`3959`
  46
  47 Rerun now writes pull output correctly
  48 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  49
  50 Refactoring omitted to preserve that pullf.xvg and pullx.xvg files
  51 should be written during a rerun. All 2019 and 2020 versions were
  52 affected, as well as 2021 and 2021.1. The pull output files are
  53 now written as they used to be in 2018 and earlier.
  54
  55 :issue:`4043`
  56
  57 Fixes for ``gmx`` tools
  58 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  59
  60 Fix incorrect behaviour with single residue chains in pdb2gmx
  61 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  62
  63 The code for chcking for cyclic molecules could lead to single residue chains
  64 incorrectly to be assigned as circular molecules.
  65
  66 :issue:`4029`
  67
  68 Fix grompp check for position restraints with absolute reference
  69 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  70
  71 Fixed that grompp with position restraints would always issue a warning about
  72 using an absolute reference, even when an absolute reference was not used.
  73
  74 :issue:`3996`
  75
  76 Fix error when using VMD plugin
  77 """""""""""""""""""""""""""""""
  78
  79 Tools would crash with a C++ library assertion because the plugin loading
  80 code incorrectly tried to construct a string from nullptr.
  81
  82 :issue:`3055`
  83
  84 Fix file permissions with ``gmx solvate`` and ``gmx genion``
  85 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  86
  87 These used to write temporary files with Unix permissions 0600. Now
  88 they respect the umask of the process (typically 0644).
  89
  90 :issue:`4040`
  91
  92 Fixes that affect portability
  93 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  94
  95 Support for Intel oneAPI compiler 2021.2
  96 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  97
  98 Fixed compiler infinity math and MKL flags.
  99
 100 Fix Apple OpenCL build
 101 """"""""""""""""""""""
 102
 103 :issue:`4008`
 104
 105 Fixed compilation issue with GCC 11
 106 """"""""""""""""""""""""""""""""""""
 107
 108 :issue:`4039`
 109
 110 Miscellaneous
 111 ^^^^^^^^^^^^^
 112
 113 Fix bond type in GROMOS force fields
 114 """"""""""""""""""""""""""""""""""""
 115
 116 The bond type for C and +N in [ACE] was incorrect.
 117
 118 :issue:`3995`
 119
 120
 121 Allow PME on CPU in runs with domain decomposition and GPU update
 122 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 123
 124 Relaxed a limitation which prevented running parallel runs with domain
 125 decomposition and GPU update to use the CPU for PME (as long as combined
 126 PP-PME ranks are used). This allows parallel runs to scale when the CPU
 127 resources are sufficient for PME.
 128
 129 :issue:`4035`