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   1 GROMACS 2021.1 release notes
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   4 This version was released on TODO, 2021. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2021 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2020.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
   9
  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
  14    a space between the colon and number!
  15
  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Fix MiMiC with virtual sites
  20 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 It is likely that MiMiC with virtual sites has not worked
  23 correctly because the call to construct the sites was placed
  24 after the call that uses the sites. Now it should work, but we have not tested that it does.
  25
  26 :issue:`3866`
  27
  28 Fix mass perturbation to dH/dlambda
  29 """""""""""""""""""""""""""""""""""
  30
  31 The contribution for perturbed mass was missing in dH/dlambda.
  32 Note that this contribution was not missing from the foreign energy
  33 differences used for the Bennett acceptance ratio method.
  34
  35 :issue:`3943`
  36
  37 Running AWH with a convolved potential and an FEP dimension gives wrong results.
  38 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  39
  40 The output PMF is wrong when using awh-potential = convolved with a
  41 pull dimension combined with an FEP dimension. The FEP dimension
  42 always uses an umbrella potential and the combination does not work
  43 properly. This has been disabled in grompp.
  44
  45 :issue:`3946`
  46
  47 Remove velocity from partially frozen atoms in md-vv
  48 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  49
  50 md-vv would add some velocity to the frozen dimensions of partially
  51 frozen atoms during constraining. This did not lead to wrong
  52 trajectories, as the frozen dimensions of the positions are kept fixed
  53 during propagation. The non-zero velocities were, however, reported in
  54 trajectories and final configurations. They might also have lead to
  55 slightly wrong kinetic energies, since the reported kinetic energy is
  56 calculated after the velocities are constrained. All effects are
  57 expected to be relatively small, since they did not accumulate, as the
  58 velocities were regularly reset to zero once per step.
  59
  60 :issue:`3849`
  61
  62 Fixes for ``gmx`` tools
  63 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  64
  65 Fix periodic boundary conditions in analysis framework tools
  66 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  67
  68 There was a bug in the trajectory analysis framework which caused
  69 molecules that were broken over PBC not to be made whole. This would
  70 usually lead to obviously incorrect outliers in analysis output.
  71
  72 :issue:`3900`
  73
  74 Fix range checking bug in ``gmx covar``
  75 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  76
  77 A check was inverted causing range checking to be applied wrong.
  78
  79 :issue:`3902`
  80
  81 Fix various bugs in ``gmx xpm2ps``
  82 """"""""""""""""""""""""""""""""""
  83
  84 Numerous minor issues were introduced in refactoring since
  85 |Gromacs| 5.1, now fixed.
  86
  87 :issue:`3881`
  88
  89 Fixes that affect portability
  90 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  91
  92 Fixed compilation on Cygwin
  93 """""""""""""""""""""""""""
  94
  95 A |Gromacs| header file was not including the necessary standard
  96 header. A problem with the ``M_PI`` math constant defined only by
  97 POSIX and not by C++ was also worked around.
  98
  99 :issue:`3890`
 100
 101 Improve grompp checks of AWH settings when sampling an FEP dimension
 102 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 103
 104 Ensure that the AWH sampling interval is compatible with nstcalcenergy
 105 when sampling an FEP dimension using AWH. This avoids crashes in the
 106 first AWH sampling step (step > 0) if the settings were not correct.
 107
 108 :issue:`3922`
 109
 110 Miscellaneous
 111 ^^^^^^^^^^^^^
 112 * Updated |Gromacs| logos