docs/release-notes/2021/2021.1.rst

   1 GROMACS 2021.1 release notes
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   4 This version was released on TODO, 2021. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2021 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2020.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
   9
  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
  14    a space between the colon and number!
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  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
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  19 Fixes for ``gmx`` tools
  20 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  21
  22 Fix periodic boundary conditions in analysis framework tools
  23 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  24
  25 There was a bug in the trajectory analysis framework which caused
  26 molecules that were broken over PBC not to be made whole. This would
  27 usually lead to obviously incorrect outliers in analysis output.
  28
  29 :issue:`3900`
  30
  31 Fix range checking bug in gmx covar
  32 """""""""""""""""""""""""""""""""""
  33
  34 A check was inverted causing range checking to be applied wrong.
  35
  36 :issue:`3902`
  37
  38 Fixes that affect portability
  39 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  40
  41 Fixed compilation on Cygwin
  42 """""""""""""""""""""""""""
  43
  44 A |Gromacs| header file was not including the necessary standard
  45 header. A problem with the ``M_PI`` math constant defined only by
  46 POSIX and not by C++ was also worked around.
  47
  48 :issue:`3890`
  49
  50 Improve grompp checks of AWH settings when sampling an FEP dimension
  51 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  52
  53 Ensure that the AWH sampling interval is compatible with nstcalcenergy
  54 when sampling an FEP dimension using AWH. This avoids crashes in the
  55 first AWH sampling step (step > 0) if the settings were not correct.
  56
  57 :issue:`3922`
  58
  59 Miscellaneous
  60 ^^^^^^^^^^^^^
  61 * Updated |Gromacs| logos