docs/release-notes/2020/major/tools.rst

   1 Improvements to |Gromacs| tools
   2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 .. Note to developers!
   5    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
   6    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
   7    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
   8    a space between the colon and number!
   9
  10 Fixed bug in gmx order -calcdist
  11 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  12 The reference position for the distance calculation was calculated
  13 wrongly.
  14
  15 Improved grompp usability by rejecting more invalid .mdp lines
  16 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  17 Lines like
  18
  19     ref-t 298
  20     = 0.1
  21     =
  22
  23 are now all rejected with a descriptive message, which will help
  24 prevent some kinds of errors in constructing .mdp inputs. Note that an
  25 .mdp parameter name with a missing value is still accepted, and leads
  26 to the default behavior for that parameter.
  27
  28 Added convert-trj
  29 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  30 A new tool :ref:`convert-trj <gmx convert-trj>` has been added to allow
  31 users to interchange trajectory formats without having to use legacy :ref:`gmx trjconv`.
  32 Supported actions include the generation of slimmed down output trajectories, as well
  33 as the replacement of particle information in individual frames with data from a structure file.
  34 The new tool allows the usage of command line selections, meaning it is no longer
  35 necessary to write :ref:`index <ndx>` files to select certain atoms.
  36 It is part of the drive to split up the :ref:`trjconv <gmx trjconv>` tool
  37 into smaller parts.
  38
  39 Added extract-cluster
  40 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  41
  42 Added a dedicated tool to extract trajectory frames corresponding to different clusters obtained
  43 from :ref:`gmx cluster`. The new :ref:`extract-cluster <gmx extract-cluster>` tool
  44 generates new trajectories that contain only those frames that correspond to the correct cluster.