docs/release-notes/2020/major/deprecated-functionality.rst

   1 .. _anticipated-changes:
   2
   3 .. Note to developers!
   4    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
   5    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
   6    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
   7    a space between the colon and number!
   8
   9 Changes anticipated to |Gromacs| 2020 functionality
  10 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  11
  12 Functionality deprecated in |Gromacs| 2020
  13 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  14
  15 Support for 32bit architectures
  16 """""""""""""""""""""""""""""""
  17 There are no current or planned large scale resources using 32bit architectures,
  18 and we have no ability to properly test and evaluate them.
  19
  20
  21 Functionality deprecated in |Gromacs| 2019
  22 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  23
  24 Generation of virtual sites to replace aromatic rings in standard residues
  25 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  26 These are thought to produce artefacts under some circumstances
  27 (unpublished results), were never well tested, are not widely used,
  28 and we need to simplify pdb2gmx.
  29
  30 Benchmarking options only available with ``gmx benchmark``
  31 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  32 Options such as ``-confout``, ``-resethway``, ``-resetstep`` are not
  33 intended for use by regular mdrun users, so making them only available
  34 with a dedicated tool is more clear. Also, this permits us to customize
  35 defaults for e.g. writing files at the end of a simulation part in ways
  36 that suit the respective mdrun and benchmark use cases, so ``-confout``
  37 will no longer be required.
  38
  39 ``gmx mdrun -nsteps``
  40 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  41 The number of simulation steps described by the .tpr file can be
  42 changed with ``gmx convert-tpr``, or altered in .mdp file before the
  43 call to ``gmx grompp``. The convenience of this mdrun option was
  44 outweighted by the doubtful quality of its implementation, no clear
  45 record in the log file, and lack of maintenance.