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   1 GROMACS 2020.5 release notes
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   4 This version was released on TODO, 2020. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2020.4 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2019.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
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  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
  14    a space between the colon and number!
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  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
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  19 Fix mdrun writing zero dH/dlambda and foreign lambda energies before checkpointing
  20 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 With free-energy runs with separate-dhdl-file=no and nstdhdl not a multiple of
  23 nstenergy, mdrun would write zeros for dH/dlambda and foreign energies to
  24 the energy file for steps between the last energy frame and the checkpoint.
  25 This would lead to errors in free-energy estimates which could go unnoticed
  26 as values only deviate for a few steps.
  27
  28 :issue:`3763`
  29
  30 Fixed bugs with COM pulling and domain decompostion with weight or >32 ranks
  31 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  32
  33 When using COM pulling and domain decomposition, the results would be
  34 incorrect when using relative weights per atom or when using more than
  35 32 DD MPI ranks. This would usually lead to crashes or obviously wrong
  36 results.
  37
  38 :issue:`3750`
  39
  40 Fixed conserved energy for MTTK
  41 """""""""""""""""""""""""""""""
  42
  43 When using `pcoupl=MTTK` and `tcoupl=nose-hoover`, the calculated conserved
  44 energy was incorrect due to two errors dating back to GROMACS 4.6 and 2018,
  45 respectively. As a result, all reported conserved energies using this
  46 combination of temperature and pressure coupling algorithms in any GROMACS
  47 version since GROMACS 4.6 are likely to be wrong. Note that these errors did
  48 not impact the dynamics, as the conserved energy is only reported, but never
  49 used in calculations. Also note that this bug only affects this exact
  50 combination of temperature / pressure coupling algorithms.
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  52 :issue:`3796`
  53
  54 Fix pull error message with angles and dihedrals
  55 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  56
  57 The COM pull code could print incorrect pull group indices when mdrun exited
  58 with an error about a too long pull distance in angle and dihedral geometries.
  59
  60 :issue:`3613`
  61
  62 Fixes for ``gmx`` tools
  63 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  64
  65 Improve CHARMM support in gmx do_dssp
  66 """""""""""""""""""""""""""""""""""""
  67
  68 :issue:`3568`
  69
  70 Fix non-funtioning gmx h2order -d option
  71 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  72
  73 The gmx h2order tool would always take the normal along the z-axis.
  74
  75 :issue:`3820`
  76
  77 Fixes that affect portability
  78 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  79
  80 Fix building on OSX
  81 """""""""""""""""""
  82
  83 The code wouldn't compile due to a missing include.
  84
  85 :issue:`3730`
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  87 Miscellaneous
  88 ^^^^^^^^^^^^^