docs/release-notes/2020/2020.4.rst

   1 GROMACS 2020.4 release notes
   2 ----------------------------
   3
   4 This version was released on TODO, 2020. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2020.3 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2019.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
   9
  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
  14    a space between the colon and number!
  15
  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Bug fix for the GPU version of LINCS in multiple domain case
  20 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 Increase in the maximum number of coupled constraints in the
  23 domain did not trigger memory re-allocation, which is now fixed.
  24 This can happen, e.g. when big molecule enters the domain, previously
  25 occupied by smaller molecules. The bug does not affect the single
  26 domain case.
  27
  28 Fix index handling of N-body virtual sites with domain decomposition
  29 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  30
  31 Incorrect indexing would be used to handle N-body virtual sites in
  32 the domain decomposition code. This would usually lead to crashes
  33 due to illegal or incorrect memory usage.
  34
  35 :issue:`3635`
  36
  37 Fixes for ``gmx`` tools
  38 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  39
  40 Fix default output with gmx trjcat -demux
  41 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  42
  43 Files would not be written when using default file name output.
  44
  45 :issue:`3653`
  46
  47 Fixes that affect portability
  48 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  49
  50 CUDA 11.0 supported
  51 """""""""""""""""""
  52
  53 A build with CUDA 11.0 now configures and passes tests.
  54 Building with CUDA 11.0 means that hardware with CC 3.0 is no longer supported,
  55 while CC 8.0 can now be used.
  56
  57 :issue:`3632`
  58
  59 Fix building with MSVC
  60 """"""""""""""""""""""
  61
  62 The build would fail due to a missing header.
  63
  64 :issue:`3669`
  65
  66 Only check for RDTSCP on x86 platforms
  67 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""
  68
  69
  70 Miscellaneous
  71 ^^^^^^^^^^^^^
  72
  73 Fixes the unexpected change in molecule indexing in output after simulation
  74 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  75
  76 Molecule indices of repeat molecules are now again numbered consecutively as
  77 expected (instead of all ``1``).
  78
  79 :issue:`3575`
  80
  81 Fix ``INTERFACE_INCLUDE_DIRECTORIES`` for ``libgromacs`` CMake target
  82 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  83
  84 :file:`libgromacs.cmake` was malformed, referencing non-existent directories.
  85
  86 :issue:`3592`