docs/release-notes/2019/2019.6.rst

   1 GROMACS 2019.6 release notes
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   4 This version was released on February 28th, 2020. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2019.5 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2018.8 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
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  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
  14    a space between the colon and number!
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  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Actually fix PME forces with FE without perturbed q/LJ
  20 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 PME would incorrectly ignore the mesh forces on perturbed atoms when
  23 no charges or LJ atom types were actually perturbed. Note that this
  24 is a rather uncommon scenario.
  25
  26 :issue:`2640`
  27 :issue:`3359`
  28
  29 Avoid overzealous program abort with orientation restraints
  30 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  31
  32 It could happen that mdrun would abort on checking orientation
  33 restraints in multiple molecules even though no restraints where
  34 applied to them.
  35
  36 :issue:`3375`
  37
  38 Calculate Coulomb and LJ reciprocal terms in rerun
  39 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  40
  41 Reruns would not calculate Coulomb and LJ reciprocal terms, leading
  42 to wrong potential energies. This bug only showed up if GROMACS was
  43 compiled without GPU support.
  44
  45 :issue:`3400`
  46
  47 Fixes for ``gmx`` tools
  48 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  49
  50 Added check for inconsistent input of distance restraint labels
  51 in gmx disre.
  52
  53 Fixes that affect portability
  54 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  55
  56 Fix compiler errors with Intel compiler
  57 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  58
  59 Fix compiler error with Intel compiler 2019 update 5 and 2020 initial release.
  60 Compilation was failing with ``mcpcom: core dumped`` for the file :file:`pullutil.cpp`.
  61
  62 Miscellaneous
  63 ^^^^^^^^^^^^^
  64
  65 Avoid cryptic GPU detection errors when devices are unavailable or out of memory
  66 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  67
  68 :issue:`3178`
  69 :issue:`3399`
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