docs/release-notes/2019/2019.5.rst

   1 GROMACS 2019.5 release notes
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   4 This version was released on December 23rd, 2019. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2019.4 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2018.8 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
   9
  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
  14    a space between the colon and number!
  15
  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Fix use of uninitialized data on PME only ranks
  20 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 When building GPU enabled versions of |Gromacs| with clang as either host only or host
  23 and device side compiler, PME datastructures could be left uninitialized, leading
  24 to the use of random values for LJ PME energies, virial and pressure.
  25
  26 The effect of this bug was that the potential and total energy could
  27 be wrong, but not the Coulomb mesh energy. This didn't affect sampling.
  28 The pressure could also be wrong, which would affect sampling when pressure
  29 coupling is used, but likely the simulation would explode after a few steps.
  30
  31 This doesn't seem to have affected versions of |Gromacs| built
  32 with gcc as the host side compiler.
  33
  34 :issue:`3120`
  35
  36 Fix out of range memory access with free-energy calculations
  37 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  38
  39 With free-energy calculations not using lambda states, an output
  40 buffer would be accessed one element beyond it's allocated size.
  41 We don't expect this to have caused incorrect results, but
  42 a memory checker would complain.
  43
  44 :issue:`3173`
  45
  46 Work around broken Apple Clang compiler in Mac OS Catalina
  47 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  48 In Mac OS Catalina, the default XCode compilers checks and
  49 enforces stack alignment. This would have been a good idea
  50 if Apple itself did not ship a C library that violates the
  51 stack alignment with AVX instructions are enabled.
  52
  53 :issue:`3199`
  54
  55 Fix error with intermolecular interactions and domain decomposition
  56 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  57
  58 With intermolecular interactions at distances longer than the cutoff
  59 and domain decomposition, mdrun could exit with an error message
  60 about missing interactions.
  61
  62 :issue:`3204`
  63
  64 Fix issues with AWH with pull-geometry 'direction' to be periodic
  65 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  66
  67 Removed fatal error with AWH with periodic pull-geometry 'direction'
  68 when the distance was within 2% of half the box size.
  69 Changed an assertion failure when the AWH interval was larger than
  70 the box size to a fatal error.
  71 Clarified the documentation for pull geometry 'direction-periodic'.
  72
  73 :issue:`2946`
  74
  75 Remove assertion failure with AWH when not using the initial stage
  76 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  77
  78 :issue:`3217`
  79
  80 Fixes for ``gmx`` tools
  81 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  82
  83 Make histogram output clearer
  84 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  85
  86 Output gave number of events included in histogram bar as *a.u.*,
  87 which was not clear for users.
  88
  89
  90 Fix dihedral angle calculation near 180 degree boundary
  91 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  92
  93 The analysis tools could incorrectly calculate properties of torsion angles and their averages
  94 when close to the -180 or 180 degree boundary.
  95
  96 :issue:`3225`
  97
  98
  99 Remove problematic output of gmx angle tool
 100 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 101
 102 It could happen that the calculation of the standard deviation
 103 for angles caused a divide by zero error for empty populations.
 104 Because this standard deviation was meaningless, it has been
 105 removed.
 106
 107 :issue:`3206`
 108
 109 Fixes that affect portability
 110 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 111
 112 Check that libhwloc headers and runtime match
 113 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 114
 115 It could happen that the libhwloc headers and library detection would
 116 lead to a mismatch at compile or runtime that could cause cryptic
 117 crashes while using mdrun.
 118
 119 :issue:`3200`
 120
 121 Miscellaneous
 122 ^^^^^^^^^^^^^
 123
 124 Fix .gro file formatting with large boxes
 125 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 126
 127 The |Gromacs| manual says the box components in the .gro file
 128 format are separated by spaces. But no space was printed when
 129 a box component, except for the first, was 1000 nm or larger
 130 or an off-diagonal component was -100 nm or smaller.
 131 Now at least one space is always printed. Content that was written
 132 in a way that already had at least one space between components
 133 is unchanged. Existing parsers that conform to the documentation
 134 and expect whitespace separation will continue to work in all cases.
 135
 136 :issue:`3176`
 137
 138 Fix duplicate PDB CONECT record output
 139 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""
 140
 141 PDB "CONECT" record output was duplicated in some instances. Since |Gromacs| does
 142 not use these anywhere, analysis was not affected. The behavior is now fixed.
 143
 144 :issue:`3206`
 145
 146 Fix performance issue with bonded interactions in wrong GPU stream
 147 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 148
 149 This could lead to a significant loss in performance.
 150
 151 :issue:`3241`