docs/release-notes/2019/2019.3.rst

   1 GROMACS 2019.3 release notes
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   4 This version was released on TODO, 2019. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2019.2 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2018.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
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  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on redmine, without the
  14    a space between the colon and number!
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  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Fix missing intermolecular interactions with domain decomposition
  20 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 When running with domain decomposition, all intermolecular interactions
  23 (when present) were ignored.
  24
  25 :issue:`2953`
  26
  27 Fix possible floating point exception during minimization.
  28 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  29
  30 It was possible that very small forces during minimization could lead to
  31 a crash due to a divide by zero error. Fixed by introducing a check.
  32
  33 :issue:`2917`
  34
  35 Fix segmentation fault when using membrane embedding
  36 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  37
  38 :issue:`2947`
  39
  40 Fixes for ``gmx`` tools
  41 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  42
  43 Fix PQR formatting
  44 """"""""""""""""""""
  45
  46 The formatting was incorrect for some tools that use PQR files.
  47
  48 :issue:`2955`
  49
  50 Fix gmx wham with angle geometries
  51 """"""""""""""""""""""""""""""""""
  52
  53 gmx wham would mix up degree and radian units leading to no overlap
  54 or not-a-number output.
  55
  56 :issue:`2609`
  57
  58 Add some information for grompp error with wrong line endings
  59 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  60
  61 Give meaningful error with too large grid in hbond
  62 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  63
  64 When using a grid that is too large :ref:`hbond <gmx hbond>` could try to
  65 allocate enough memory to cause a crash.
  66
  67 :issue:`2962`
  68
  69 Fixes that affect portability
  70 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  71
  72 Fixed wider reference SIMD setups
  73 """""""""""""""""""""""""""""""""
  74
  75 The reference SIMD builds could use a too small memory alignment,
  76 leading to mdrun exiting with an alignment error
  77
  78 :issue:`2952`
  79
  80 Miscellaneous
  81 ^^^^^^^^^^^^^
  82
  83 Removed non-existent mdp option awh1-dim1-period from user guide
  84 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  85
  86 :issue:`2940`
  87
  88 Add checks for too many interactions during memory allocation
  89 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  90
  91 :issue:`2932`
  92