docs/reference-manual/topologies/constraint-algorithm-section.rst

   1 .. _constraintalg:
   2
   3 Constraint algorithms
   4 ---------------------
   5
   6 Constraints are defined in the ``[ constraints ]`` section. The format is two atom numbers
   7 followed by the function type, which can be 1 or 2, and the constraint
   8 distance. The only difference between the two types is that type 1 is
   9 used for generating exclusions and type 2 is not (see sec. :ref:`excl`).
  10 The distances are constrained using the LINCS or the SHAKE algorithm,
  11 which can be selected in the :ref:`mdp` file. Both types of constraints can be
  12 perturbed in free-energy calculations by adding a second constraint
  13 distance (see :ref:`constraintforce`). Several types of bonds and
  14 angles (see :numref:`Table %s <tab-topfile2>`) can be converted automatically to
  15 constraints by :ref:`grompp <gmx grompp>`. There are several options for this in the :ref:`mdp`
  16 file.
  17
  18 We have also implemented the SETTLE
  19 algorithm \ :ref:`47 <refMiyamoto92>`, which is an analytical solution of SHAKE, specifically for
  20 water. SETTLE can be selected in the topology file. See, for instance,
  21 the SPC molecule definition:
  22
  23 ::
  24
  25     [ moleculetype ]
  26     ; molname       nrexcl
  27     SOL             1
  28
  29     [ atoms ]
  30     ; nr    at type res nr  ren nm  at nm   cg nr   charge
  31     1       OW      1       SOL     OW1     1       -0.82
  32     2       HW      1       SOL     HW2     1        0.41
  33     3       HW      1       SOL     HW3     1        0.41
  34
  35     [ settles ]
  36     ; OW    funct   doh     dhh
  37     1       1       0.1     0.16333
  38
  39     [ exclusions ]
  40     1       2       3
  41     2       1       3
  42     3       1       2
  43
  44 The ``[ settles ]`` directive defines the first atom of the
  45 water molecule. The settle funct is always 1, and the distance between
  46 O-H and H-H distances must be given. **Note** that the algorithm can
  47 also be used for TIP3P and TIP4P \ :ref:`128 <refJorgensen83>`. TIP3P just has
  48 another geometry. TIP4P has a virtual site, but since that is generated
  49 it does not need to be shaken (nor stirred).