docs/reference-manual/protein-related.rst

   1 Protein-related items
   2 ---------------------
   3
   4 | :ref:`gmx do_dssp <gmx do_dssp>`, :ref:`gmx rama <gmx rama>`,
   5   :ref:`gmx wheel <gmx wheel>`
   6 | To analyze structural changes of a protein, you can calculate the
   7   radius of gyration or the minimum residue distances over time (see
   8   sec. :ref:`rg`), or calculate the RMSD (sec. :ref:`rmsd`).
   9
  10 You can also look at the changing of *secondary structure elements*
  11 during your run. For this, you can use the program
  12 :ref:`gmx do_dssp <gmx do_dssp>`, which is an interface for the
  13 commercial program ``DSSP``  :ref:`176 <refKabsch83>`. For
  14 further information, see the ``DSSP`` manual. A typical
  15 output plot of :ref:`gmx do_dssp <gmx do_dssp>` is given in
  16 :numref:`Fig. %s <fig-dssp>`.
  17
  18 .. _fig-dssp:
  19
  20 .. figure:: plots/dssp.*
  21    :width: 12.00000cm
  22
  23    Analysis of the secondary structure elements of a peptide in time.
  24
  25 One other important analysis of proteins is the so-called *Ramachandran
  26 plot*. This is the projection of the structure on the two dihedral
  27 angles :math:`\phi` and :math:`\psi` of the protein backbone, see
  28 :numref:`Fig. %s <fig-phipsi>`:
  29
  30 .. _fig-phipsi:
  31
  32 .. figure:: plots/phipsi.*
  33    :width: 5.00000cm
  34
  35    Definition of the dihedral angles :math:`\phi` and :math:`\psi` of
  36    the protein backbone.
  37
  38 To evaluate this Ramachandran plot you can use the program
  39 :ref:`gmx rama <gmx rama>`. A typical output
  40 is given in :numref:`Fig. %s <fig-rama>`.
  41
  42 .. _fig-rama:
  43
  44 .. figure:: plots/rama.*
  45     :width: 5.00000cm
  46
  47     Ramachandran plot of a small protein.
  48
  49 When studying :math:`\alpha`-helices it is useful to have a *helical
  50 wheel* projection of your peptide, to see whether a peptide is
  51 amphipathic. This can be done using the :ref:`gmx wheel <gmx wheel>`
  52 program. Two examples are plotted in
  53 :numref:`Fig. %s <fig-hprwheel>`.
  54
  55 .. _fig-hprwheel:
  56
  57 .. figure:: plots/hpr-wheel.*
  58    :width: 5.00000cm
  59
  60    Helical wheel projection of the N-terminal helix of HPr.
  61