docs/reference-manual/analysis/general-properties.rst

   1 General properties
   2 ------------------
   3
   4 | :ref:`gmx energy <gmx energy>`, :ref:`gmx traj <gmx traj>`
   5 | To analyze some or all *energies* and other properties, such as *total
   6   pressure*, *pressure tensor*, *density*, *box-volume* and *box-sizes*,
   7   use the program :ref:`gmx energy <gmx energy>`. A choice can be made from a
   8   list a set of energies, like potential, kinetic or total energy, or
   9   individual contributions, like Lennard-Jones or dihedral energies.
  10
  11 The *center-of-mass velocity*, defined as
  12
  13 .. math:: {\bf v}_{com} = {1 \over M} \sum_{i=1}^N m_i {\bf v}_i
  14
  15 with :math:`M = \sum_{i=1}^N m_i` the total mass of the system, can be
  16 monitored in time by the program :ref:`gmx traj <gmx traj>` ``-com -ov``. It is however
  17 recommended to remove the center-of-mass velocity every step (see
  18 chapter :ref:`algorithms`)!